EVOLUZZJONI TAL-ĠENOME, PANGENOME
X'inhu Pan-genoma?
Evidenzi akkumulati juru li l-varjanza bejn razez differenti ta 'speċi tista' tkun enormi.Ġenoma wieħed huwa 'l bogħod milli biżżejjed biex tikseb l-istampa sħiħa ta' informazzjoni ġenetika ta 'speċi waħda.L-iskop ta 'studju Pan-ġenomu huwa li tinkiseb grafika ġenomika aktar komprensiva ta' speċi u jiddekowdja r-relazzjonijiet bejn il-karatteristiċi u l-kodiċi ġenetiċi billi twettaq assemblaġġ de novo tal-ġenoma ta 'diversi razez, li jippermetti tħaffir aktar profond u usa' tal-varjazzjonijiet.
Xejriet ta' Studju Pan-ġenoma
Figura 1 Ix-xejriet ta 'dokumenti ta' riċerka ppubblikati ta 'Pan-genome.
Nota: Iċ-ċifra turi r-riżultat li jittieħed "pan-genome" bħala l-kelma ewlenija biex tfittex it-titli tal-artikli ppubblikati f'ġurnali tas-serje Nature, Cell u Science
a.Qari minn kampjuni multipli huma allinjati ma 'referenza u dawk mhux allinjati huma mmuntati f'kontigs ġodda.Billi żżid dawn il-kontigs ġodda mas-sekwenza ta' referenza oriġinali, tista' tinbena referenza tal-panġenoma.Ir-reġjuni dispensabbli huma determinati abbażi tal-immappjar tal-qari kollha lura għall-panġenoma.
b.L-assemblaġġ de novo tal-ġenomi ta 'adeżjonijiet multipli jippermetti approċċi ta' allinjament tal-ġenoma kollu biex jidentifikaw reġjuni ġenomiċi dispensabbli.
c.Grafika pan-ġenoma tista 'tinbena minn allinjamenti tal-ġenoma sħaħ jew permezz ta' assemblaġġ ta 'graff de novo, li jaħżen b'mod effiċjenti informazzjoni varjanti ta' reġjuni dispensabbli bħala mogħdijiet uniċi permezz tal-graff.
Kif tibni Pan-ġenoma?
Figura 2 Tqabbil ta 'approċċi pan-ġenoma1
a.Qari minn kampjuni multipli huma allinjati ma 'referenza u dawk mhux allinjati huma mmuntati f'kontigs ġodda.Billi żżid dawn il-kontigs ġodda mas-sekwenza ta' referenza oriġinali, tista' tinbena referenza tal-panġenoma.Ir-reġjuni dispensabbli huma determinati abbażi tal-immappjar tal-qari kollha lura għall-panġenoma.
b.L-assemblaġġ de novo tal-ġenomi ta 'adeżjonijiet multipli jippermetti approċċi ta' allinjament tal-ġenoma kollu biex jidentifikaw reġjuni ġenomiċi dispensabbli.
c.Grafika pan-ġenoma tista 'tinbena minn allinjamenti tal-ġenoma sħaħ jew permezz ta' assemblaġġ ta 'graff de novo, li jaħżen b'mod effiċjenti informazzjoni varjanti ta' reġjuni dispensabbli bħala mogħdijiet uniċi permezz tal-graff.
Pan-genomes Ippubblikati Riċentement
● Stupru pan-ġenomi2
● Pan-ġenomi tat-tadam 3
● Ross Pan -ġenoma4
● Pan-ġenoma tal-ġirasol5
● Pan-ġenoma tas-sojja 6
● Ross Pan-ġenoma7
● Xgħir Pan-ġenoma8
● Pan-ġenoma tal-qamħ9
● Sorgu Pan-ġenoma10
● Fitoplankton Pan-ġenoma11
Referenza
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Pan-genomes tal-pjanti huma r-referenza l-ġdida.Pjanti Nat.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Kanzunetta JM, Guan Z, Hu J, et al.Tmien ġenomi ta 'kwalità għolja jiżvelaw arkitettura pan-ġenoma u differenzjazzjoni tal-ekotip ta' Brassica napus.Pjanti Nat.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.Il-pan-ġenoma tat-tadam jikxef ġeni ġodda u alleli rari li jirregolaw it-togħma tal-frott.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.L-analiżi pan-ġenoma tenfasizza l-estent tal-varjazzjoni ġenomika fir-ross ikkultivat u selvaġġ [korrezzjoni ppubblikata tidher f'Nat Genet.2018 Awissu;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.L-analiżi pan-ġenoma tal-ġirasol turi li l-ibridizzazzjoni bidlet il-kontenut tal-ġeni u r-reżistenza għall-mard.Pjanti Nat.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-Genome tas-Sojja Selvaġġa u Kkultivata.Ċellula.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Analiżi pan-ġenoma ta’ 33 adeżjoni ta’ ross ġenetikament differenti tiżvela varjazzjonijiet ġenomiċi moħbija [ippubblikata onlajn qabel l-istampar, 25 ta’ Mejju 2021].Ċellula.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Il-pan-ġenoma tax-xgħir jiżvela l-wirt moħbi tat-trobbija tal-mutazzjoni.Natura.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Ġenomi multipli tal-qamħ jiżvelaw varjazzjoni globali fit-tnissil modern.Natura.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Varjazzjoni estensiva fi ħdan il-pan-ġenoma tas-sorgu kkultivat u selvaġġ [ippubblikat onlajn qabel l-istampar, 20 ta' Mejju 2021].Pjanti Nat.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Phytoplankton pangenome jiżvela trasferiment estensiv ta 'ġene orizzontali prokaryotic ta' funzjonijiet diversi.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Ippubblikat 2020 Apr 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Ħin tal-post: Jan-04-2022