ການສຶກສາ Pan-genome ໃຫ້ທັດສະນະທາງພັນທຸກໍາຢ່າງເລິກເຊິ່ງແລະເຕັມທີ່ຂອງຊະນິດພັນ

GENOME Evolution, PANGENOME

Pan-genome ແມ່ນຫຍັງ?

ຫຼັກຖານສະສົມສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າຄວາມແຕກຕ່າງກັນລະຫວ່າງສາຍພັນທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງຊະນິດພັນສາມາດມີຂະຫນາດໃຫຍ່.genome ດຽວແມ່ນຢູ່ໄກຈາກພຽງພໍທີ່ຈະໄດ້ຮັບຮູບພາບທັງຫມົດຂອງຂໍ້ມູນພັນທຸກໍາຂອງຊະນິດດຽວ.ຈຸດປະສົງຂອງການສຶກສາ Pan-genome ແມ່ນເພື່ອໄດ້ຮັບເສັ້ນສະແດງ genomic ທີ່ສົມບູນແບບຂອງຊະນິດພັນແລະຖອດລະຫັດຄວາມສໍາພັນລະຫວ່າງລັກສະນະແລະລະຫັດພັນທຸກໍາໂດຍການດໍາເນີນການປະກອບ genome de novo ຂອງສາຍພັນຈໍານວນຫລາຍ, ເຊິ່ງອະນຸຍາດໃຫ້ຂຸດຄົ້ນບໍ່ແຮ່ທີ່ເລິກເຊິ່ງແລະກວ້າງຂວາງຂອງການປ່ຽນແປງ.

ແນະນຳຜະລິດຕະພັນ

ແນວໂນ້ມຂອງການສຶກສາ Pan-genome

ຮູບທີ 1 ທ່າອ່ຽງຂອງເອກະສານການຄົ້ນຄວ້າທີ່ພິມເຜີຍແຜ່ຂອງ Pan-genome.
ຫມາຍເຫດ: ຕົວເລກສະແດງໃຫ້ເຫັນຜົນຂອງການກິນ "pan-genome" ເປັນຄໍາສໍາຄັນໃນການຄົ້ນຫາຫົວຂໍ້ຂອງບົດຄວາມທີ່ຕີພິມໃນວາລະສານຊຸດ Nature, Cell ແລະວິທະຍາສາດ.

ກ.ການອ່ານຈາກຫຼາຍໆຕົວຢ່າງແມ່ນສອດຄ່ອງກັບການອ້າງອິງແລະ unaligned ໄດ້ຖືກປະກອບເຂົ້າໄປໃນ contigs ໃຫມ່.ໂດຍການເພີ່ມ contigs ນິຍາຍເຫຼົ່ານີ້ໃສ່ລໍາດັບການອ້າງອິງຕົ້ນສະບັບ, ການອ້າງອີງ pangenome ສາມາດສ້າງໄດ້.ພາກພື້ນທີ່ໃຊ້ໄດ້ຖືກກໍານົດໂດຍອີງໃສ່ການສ້າງແຜນທີ່ທັງຫມົດທີ່ອ່ານກັບຄືນໄປບ່ອນ pangenome.

ຂ.ການປະກອບ de novo ຂອງ genomes ຂອງການເຂົ້າເຖິງຫຼາຍອະນຸຍາດໃຫ້ວິທີການຈັດລໍາດັບ genome ທັງຫມົດເພື່ອກໍານົດພາກພື້ນ genomic dispensable.

ຄ.ກຣາຟ pan-genome ສາມາດສ້າງໄດ້ຈາກການຈັດລຽງຂອງ genome ທັງຫມົດຫຼືໂດຍການປະກອບກາຟ de novo, ເຊິ່ງເກັບຮັກສາຂໍ້ມູນທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງພາກພື້ນທີ່ສາມາດຈ່າຍໄດ້ຢ່າງມີປະສິດທິພາບເປັນເສັ້ນທາງທີ່ເປັນເອກະລັກໂດຍຜ່ານເສັ້ນສະແດງ.

ວິທີການສ້າງ Pan-genome?

ຮູບທີ 2 ການປຽບທຽບວິທີການຂອງ pan-genome¹

ລ່າສຸດ Pan-genomes

● rape pan-genomes²

● ພືດພັນໝາກເລັ່ນ³

● Rice Pan -genome⁴

● Sunflower Pan-genome⁵

● Soybean Pan-genome⁶

● Rice Pan-genome⁷

● Barley Pan-genome⁸

● Wheat Pan-genome⁹

● Sorghum Pan-genome¹⁰

● Phytoplankton Pan-genome¹¹

ອ້າງອິງ

1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes ແມ່ນການອ້າງອີງໃໝ່.ພືດ Nat.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0

2. ເພງ JM, Guan Z, Hu J, et al.8 genomes ທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງເປີດເຜີຍສະຖາປັດຕະຍະກໍາ pan-genome ແລະຄວາມແຕກຕ່າງຂອງ ecotype ຂອງ Brassica napus.ພືດ Nat.2020;6(1:34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7

3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.genome ແຊ່ຫມາກເລັ່ນເປີດເຜີຍພັນທຸກໍາໃຫມ່ແລະ allele ທີ່ຫາຍາກຄວບຄຸມລົດຊາດຫມາກໄມ້.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2

4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.ການວິເຄາະ genome ຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງຂອບເຂດຂອງການປ່ຽນແປງທາງພັນທຸກໍາໃນການປູກຝັງແລະເຂົ້າປ່າ [ການແກ້ໄຂທີ່ຈັດພີມມາຢູ່ໃນ Nat Genet.2018 ສິງຫາ;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z

5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.ການວິເຄາະ genome ຂອງ sunflower ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າການປະສົມພັນໄດ້ປ່ຽນແປງເນື້ອໃນຂອງ gene ແລະການຕໍ່ຕ້ານພະຍາດ.ພືດ Nat.2019;5(1:54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0

6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-Genome ຂອງຖົ່ວເຫຼືອງຈາກທຳມະຊາດ ແລະ ການປູກຝັງ.ເຊລ.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023

7. Qin P, Lu H, Du H, et al.ການວິເຄາະ Pan-genome ຂອງ 33 ແນວພັນເຂົ້າທີ່ມີຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງພັນທຸກໍາສະແດງໃຫ້ເຫັນເຖິງການປ່ຽນແປງທາງພັນທຸກໍາທີ່ເຊື່ອງໄວ້ [ຈັດພີມມາອອນໄລນ໌ກ່ອນການພິມ, 2021 ພຶດສະພາ 25].ເຊລ.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046

8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.genome ແຊ່ barley ສະແດງໃຫ້ເຫັນມໍລະດົກທີ່ເຊື່ອງໄວ້ຂອງການປັບປຸງພັນການກາຍພັນ.ທໍາມະຊາດ.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8

9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.ພັນທຸ ກຳ ເຂົ້າສາລີຫຼາຍຊະນິດເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນການປ່ຽນແປງທົ່ວໂລກໃນການປັບປຸງພັນທັນສະ ໄໝ.ທໍາມະຊາດ.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x

10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.ການປ່ຽນແປງຢ່າງກວ້າງຂວາງພາຍໃນພັນທຸກໍາຂອງການປູກຝັງ ແລະເຂົ້າສາລີປ່າ [ຈັດພີມມາອອນໄລນ໌ກ່ອນການພິມ, 2021 ພຶດສະພາ 20].ພືດ Nat.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x

11. ພັດລົມ X, Qiu H, Han W, et al.Phytoplankton pangenome ເປີດເຜີຍການຖ່າຍທອດ gene ລວງນອນ prokaryotic ຢ່າງກວ້າງຂວາງຂອງຫນ້າທີ່ຫຼາກຫຼາຍຊະນິດ.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.ຈັດພີມມາວັນທີ 29 ເມສາ 2020. doi:10.1126/sciadv.aba0111

ຕິດຕໍ່ພວກເຮົາສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ

ເວລາປະກາດ: ມັງກອນ-04-2022

ຂ່າວ