जीनोम उत्क्रांती, पॅनजीनोम
पॅन-जीनोम म्हणजे काय?
संचित पुरावे दर्शवतात की प्रजातींच्या विविध जातींमधील फरक प्रचंड असू शकतो.एकाच प्रजातीच्या जनुकीय माहितीचे संपूर्ण चित्र मिळविण्यासाठी एक एकल जीनोम पुरेसा नाही.पॅन-जीनोम अभ्यासाचा उद्देश प्रजातींचा अधिक व्यापक जीनोमिक आलेख मिळवणे आणि गुण आणि अनुवांशिक कोडमधील संबंध डीकोड करणे हा आहे जीनोम डी नोव्हो असेंब्ली करून असंख्य स्ट्रॅन्सचे संयोजन केले जाते, ज्यामुळे विविधतांचे सखोल आणि व्यापक खाणकाम करता येते.
पॅन-जीनोम अभ्यासाचे ट्रेंड
आकृती 1 पॅन-जीनोमच्या प्रकाशित शोधनिबंधांचे ट्रेंड.
टीप: आकृती नेचर, सेल आणि सायन्स मालिका जर्नल्समध्ये प्रकाशित लेखांची शीर्षके शोधण्यासाठी मुख्य शब्द म्हणून "पॅन-जीनोम" घेतल्याचे परिणाम दर्शविते.
aएकाधिक नमुन्यांमधील वाचन एका संदर्भासाठी संरेखित केले जातात आणि अलाइन केलेले वाचन कादंबरी कॉन्टिगमध्ये एकत्र केले जातात.मूळ संदर्भ क्रमामध्ये या कादंबरी कॉन्टिग्स जोडून, एक पॅन्जेनोम संदर्भ तयार केला जाऊ शकतो.पॅन्जेनोममध्ये सर्व वाचन मॅपिंगच्या आधारे डिस्पेन्सेबल प्रदेश निर्धारित केले जातात.
bबहुविध प्रवेशांच्या जीनोमचे डी नोव्हो असेंब्ली संपूर्ण जीनोम संरेखन पद्धतींना डिस्पेन्सेबल जीनोमिक क्षेत्रे ओळखण्यास अनुमती देते.
cएक पॅन-जीनोम आलेख संपूर्ण जीनोम संरेखनातून किंवा डी नोव्हो आलेख असेंब्लीद्वारे तयार केला जाऊ शकतो, जो आलेखाद्वारे अद्वितीय मार्ग म्हणून डिस्पेन्सेबल प्रदेशांची भिन्न माहिती कार्यक्षमतेने संग्रहित करतो.
पॅन-जीनोम कसा तयार करायचा?
आकृती 2 पॅन-जीनोम पद्धतींची तुलना१
aएकाधिक नमुन्यांमधील वाचन एका संदर्भासाठी संरेखित केले जातात आणि अलाइन केलेले वाचन कादंबरी कॉन्टिगमध्ये एकत्र केले जातात.मूळ संदर्भ क्रमामध्ये या कादंबरी कॉन्टिग्स जोडून, एक पॅन्जेनोम संदर्भ तयार केला जाऊ शकतो.पॅन्जेनोममध्ये सर्व वाचन मॅपिंगच्या आधारे डिस्पेन्सेबल प्रदेश निर्धारित केले जातात.
bबहुविध प्रवेशांच्या जीनोमचे डी नोव्हो असेंब्ली संपूर्ण जीनोम संरेखन पद्धतींना डिस्पेन्सेबल जीनोमिक क्षेत्रे ओळखण्यास अनुमती देते.
cएक पॅन-जीनोम आलेख संपूर्ण जीनोम संरेखनातून किंवा डी नोव्हो आलेख असेंब्लीद्वारे तयार केला जाऊ शकतो, जो आलेखाद्वारे अद्वितीय मार्ग म्हणून डिस्पेन्सेबल प्रदेशांची भिन्न माहिती कार्यक्षमतेने संग्रहित करतो.
अलीकडे प्रकाशित पॅन-जीनोम
● बलात्कार पॅन-जीनोम2
● टोमॅटो पॅन-जीनोम 3
● तांदूळ पॅन -जीनोम4
● सूर्यफूल पॅन-जीनोम५
● सोयाबीन पॅन-जीनोम 6
● तांदूळ पॅन-जीनोम७
● बार्ली पॅन-जीनोम8
● गहू पॅन-जीनोम९
● ज्वारी पॅन-जीनोम10
● फायटोप्लँक्टन पॅन-जीनोम11
संदर्भ
1. बायर पीई, गोलिकझ एए, शेबेन ए, बॅटली जे, एडवर्ड्स डी. प्लांट पॅन-जीनोम हे नवीन संदर्भ आहेत.नॅट वनस्पती.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. गाणे JM, Guan Z, Hu J, et al.आठ उच्च-गुणवत्तेचे जीनोम पॅन-जीनोम आर्किटेक्चर आणि ब्रासिका नॅपसचे इकोटाइप भिन्नता प्रकट करतात.नॅट वनस्पती.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. गाओ एल, गोंडा I, सन एच, इत्यादी.टोमॅटो पॅन-जीनोम नवीन जीन्स आणि फळांच्या चवचे नियमन करणारे दुर्मिळ एलील शोधून काढते.नॅट जेनेट.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. झाओ Q, Feng Q, Lu H, et al.पॅन-जीनोम विश्लेषण लागवडीत आणि जंगली तांदूळांमधील जीनोमिक भिन्नतेची व्याप्ती हायलाइट करते [प्रकाशित सुधारणा नॅट जेनेटमध्ये दिसते.2018 ऑगस्ट;50(8):1196].नॅट जेनेट.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.सूर्यफूल पॅन-जीनोम विश्लेषण दर्शविते की संकरीकरणामुळे जीन सामग्री आणि रोग प्रतिकारशक्ती बदलली.नॅट वनस्पती.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.वन्य आणि लागवडीच्या सोयाबीनचे पॅन-जीनोम.सेल.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. किन पी, लू एच, डु एच, एट अल.33 अनुवांशिकदृष्ट्या वैविध्यपूर्ण तांदूळ प्रवेशाचे पॅन-जीनोम विश्लेषण लपविलेले जीनोमिक भिन्नता प्रकट करते [मुद्रित करण्यापूर्वी ऑनलाइन प्रकाशित, 2021 मे 25].सेल.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. जयकोडी एम, पद्मारासू एस, हेबेर जी, इत्यादी.बार्ली पॅन-जीनोम उत्परिवर्तन प्रजननाचा छुपा वारसा प्रकट करतो.निसर्ग.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.अनेक गहू जीनोम आधुनिक प्रजननामध्ये जागतिक भिन्नता प्रकट करतात.निसर्ग.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.लागवड केलेल्या आणि जंगली ज्वारीच्या पॅन-जीनोममध्ये विस्तृत फरक [मुद्रित करण्यापूर्वी ऑनलाइन प्रकाशित, 2021 मे 20].नॅट वनस्पती.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. फॅन X, Qiu H, Han W, et al.Phytoplankton pangenome विविध कार्यांचे विस्तृत प्रोकेरियोटिक क्षैतिज जनुक हस्तांतरण प्रकट करते.विज्ञान अ‍ॅड.2020;6(18):eaba0111.प्रकाशित 29 एप्रिल 2020. doi:10.1126/sciadv.aba0111
पोस्ट वेळ: जानेवारी-०४-२०२२