게놈 진화, 팬게놈
범게놈이란 무엇입니까?
축적된 증거는 한 종의 다양한 계통 사이의 차이가 엄청날 수 있음을 보여줍니다.하나의 단일 게놈은 단일 종의 유전 정보에 대한 전체 그림을 얻기에는 충분하지 않습니다.범게놈 연구의 목적은 종의 보다 포괄적인 게놈 그래프를 얻고, 수많은 계통의 게놈 드 노보 조립을 수행하여 형질과 유전 코드 사이의 관계를 해독하는 것입니다. 이를 통해 변이를 더 깊고 광범위하게 채굴할 수 있습니다.
범유전체 연구 동향
그림 1 범게놈(Pan-genome) 관련 논문 발표 동향.
참고: 그림은 Nature, Cell, Science 시리즈 저널에 게재된 논문 제목을 검색할 때 “pan-genome”을 키워드로 삼은 결과를 나타냅니다.
ㅏ.여러 샘플의 판독값은 참조에 맞춰 정렬되고 정렬되지 않은 샘플은 새로운 연속체로 조립됩니다.이러한 새로운 콘티그를 원래 참조 서열에 추가함으로써 팬게놈 참조가 구성될 수 있습니다.분배 가능한 영역은 모든 읽기를 팬게놈에 다시 매핑하여 결정됩니다.
비.여러 가입의 게놈을 새롭게 조립하면 전체 게놈 정렬 접근법을 통해 불필요한 게놈 영역을 식별할 수 있습니다.
씨.팬-게놈 그래프는 전체 게놈 정렬이나 그래프를 통한 고유한 경로로 분배 가능한 영역의 변형 정보를 효율적으로 저장하는 드 노보 그래프 어셈블리로 구성할 수 있습니다.
범게놈을 구성하는 방법은 무엇입니까?
그림 2 범게놈 접근법 비교1
ㅏ.여러 샘플의 판독값은 참조에 맞춰 정렬되고 정렬되지 않은 샘플은 새로운 연속체로 조립됩니다.이러한 새로운 콘티그를 원래 참조 서열에 추가함으로써 팬게놈 참조가 구성될 수 있습니다.분배 가능한 영역은 모든 읽기를 팬게놈에 다시 매핑하여 결정됩니다.
비.여러 가입의 게놈을 새롭게 조립하면 전체 게놈 정렬 접근법을 통해 불필요한 게놈 영역을 식별할 수 있습니다.
씨.팬-게놈 그래프는 전체 게놈 정렬이나 그래프를 통한 고유한 경로로 분배 가능한 영역의 변형 정보를 효율적으로 저장하는 드 노보 그래프 어셈블리로 구성할 수 있습니다.
최근 출판된 범유전체
● 강간 범유전체2
● 토마토 팬 게놈 3
● 라이스 팬 -게놈4
● 해바라기 팬게놈5
● 대두 범게놈 6
● 라이스 팬 게놈7
● 보리 팬게놈8
● 밀 팬 게놈9
● 수수 범게놈10
● 식물성 플랑크톤 팬게놈11
참조
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. 식물 팬 게놈이 새로운 참조입니다.Nat 식물.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. 송 JM, Guan Z, Hu J, 외.8개의 고품질 게놈은 브라시카 나푸스(Brassica napus)의 범 게놈 구조와 생태형 차별화를 보여줍니다.Nat 식물.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, 외.토마토 팬 게놈은 새로운 유전자와 과일 맛을 조절하는 희귀 대립유전자를 밝혀냈습니다.냇 제넷.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H 등.범게놈 분석은 재배 벼와 야생 벼의 게놈 변이 정도를 강조합니다[게시된 수정 사항은 Nat Genet에 나와 있습니다.2018년 8월;50(8):1196].냇 제넷.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, 외.해바라기 범게놈 분석에 따르면 혼성화가 유전자 함량과 질병 저항성을 변화시키는 것으로 나타났습니다.Nat 식물.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, 외.야생 및 재배 대두의 범게놈.셀.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, 외.33개의 유전적으로 다양한 벼 품종에 대한 범유전체 분석을 통해 숨겨진 게놈 변이가 드러났습니다[인쇄에 앞서 온라인에 게시됨, 2021년 5월 25일].셀.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, 외.보리 팬-게놈은 돌연변이 육종의 숨겨진 유산을 드러냅니다.자연.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, 외.여러 밀 게놈은 현대 육종의 세계적인 변화를 보여줍니다.자연.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, 외.재배 수수와 야생 수수의 범게놈 내 광범위한 변이 [인쇄 전 온라인 출판, 2021년 5월 20일].Nat 식물.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. 팬 X, Qiu H, Han W, 외.식물성 플랑크톤 범게놈은 다양한 기능의 광범위한 원핵 수평 유전자 전달을 보여줍니다.과학 고급2020;6(18):eaba0111.2020년 4월 29일 게시. doi:10.1126/sciadv.aba0111
게시 시간: 2022년 1월 4일