GENOME ÞRÓUN, PANGENOME
Hvað er Pan-genome?
Uppsöfnuð sönnunargögn sýna að munur milli mismunandi stofna tegundar getur verið mikill.Eitt erfðamengi er langt frá því að vera nóg til að fá heildarmynd af erfðafræðilegum upplýsingum einstakrar tegundar.Tilgangur Pan-genome rannsókna er að fá ítarlegri erfðafræðilegt línurit af tegund og afkóða tengslin milli eiginleika og erfðakóða með því að framkvæma erfðamengi de novo samsetningu fjölmargra stofna, sem gerir dýpri og víðtækari námuvinnslu á afbrigðum.
Stefna Pan-genome Study
Mynd 1 Stefna birtra rannsóknargreina um Pan-genome.
Athugið: Myndin sýnir niðurstöðuna af því að taka „pan-genome“ sem lykilorð til að leita í titlum greina sem birtar eru í Nature, Cell og Science röð tímaritum
a.Les úr mörgum sýnum er stillt saman við tilvísun og ósamræmd eru sett saman í nýja samstæðu.Með því að bæta þessum nýju samfellum við upprunalegu viðmiðunarröðina er hægt að búa til pangenome tilvísun.Óheimil svæði eru ákvörðuð út frá því að kortleggja allar lestur aftur á pangenome.
b.Ný samsetning erfðamengis margra aðilda gerir aðferðum til að stilla heilu erfðamengi til að bera kennsl á ómissandi erfðamengi svæði.
c.Hægt er að búa til línurit fyrir erfðamengi úr heilu erfðamengi eða með de novo línuritasamsetningu, sem geymir á skilvirkan hátt afbrigðisupplýsingar um ómissandi svæði sem einstakar leiðir í gegnum línuritið.
Hvernig á að smíða Pan-erfðamengi?
Mynd 2 Samanburður á pan-erfðamengi nálgunum1
a.Les úr mörgum sýnum er stillt saman við tilvísun og ósamræmd eru sett saman í nýja samstæðu.Með því að bæta þessum nýju samfellum við upprunalegu viðmiðunarröðina er hægt að búa til pangenome tilvísun.Óheimil svæði eru ákvörðuð út frá því að kortleggja allar lestur aftur á pangenome.
b.Ný samsetning erfðamengis margra aðilda gerir aðferðum til að stilla heilu erfðamengi til að bera kennsl á ómissandi erfðamengi svæði.
c.Hægt er að búa til línurit fyrir erfðamengi úr heilu erfðamengi eða með de novo línuritasamsetningu, sem geymir á skilvirkan hátt afbrigðisupplýsingar um ómissandi svæði sem einstakar leiðir í gegnum línuritið.
Nýlega gefið út Pan-genomes
● Nauðgunarfrumum2
● Pönnu erfðaefni tómata 3
● Rice Pan -erfðamengi4
● Sólblómaolía Pan-erfðaefni5
● Soybean Pan-erfðaefni 6
● Rice Pan-erfðamengi7
● Bygg Pan-erfðamengi8
● Hveiti Pan-erfðaefni9
● Sorghum Pan-erfðaefni10
● Plöntusvif Pan-erfðaefni11
Tilvísun
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plöntusamkynja erfðaefni eru nýja tilvísunin.Nat Plöntur.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, o.fl.Átta hágæða erfðamengi sýna pan-genome arkitektúr og vistgerðaaðgreiningu Brassica napus.Nat Plöntur.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, o.fl.Tómatar-arfgenginn afhjúpar ný gen og sjaldgæfa samsætu sem stjórnar ávaxtabragði.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, o.fl.Pan-genome greining dregur fram hversu mikil erfðafræðileg breytileiki er í ræktuðum og villtum hrísgrjónum [birt leiðrétting birtist í Nat Genet.2018 ágúst;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, o.fl.Sunflower pan-genome greining sýnir að blendingur breytti genainnihaldi og sjúkdómsþoli.Nat Plöntur.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, o.fl.Pan-erfðavísir af villtum og ræktuðum sojabaunum.Cell.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, o.fl.Samerfðagreining á 33 erfðafræðilega fjölbreyttum hrísgrjónaaðildum sýnir falin erfðafræðileg afbrigði [birt á netinu á undan prentun, 2021 25. maí].Cell.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, o.fl.Bygg pan-erfðamengi afhjúpar falinn arfleifð stökkbreytingaræktunar.Náttúran.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, o.fl.Mörg erfðamengi hveitis sýna alþjóðlegan breytileika í nútíma ræktun.Náttúran.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, o.fl.Mikið breytilegt innan erfðaefnis ræktaðrar og villtra dúrru [birt á netinu á undan prentun, 2021 20. maí].Nat Plöntur.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, o.fl.Plöntusvif sýnir víðtækan dreifkjörnunga láréttan genaflutning á fjölbreyttum aðgerðum.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Birt 2020 29. apríl. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Pósttími: Jan-04-2022