GENOME EVOLUTION, PANGENOME
Wat is Pan-genome?
Akkumulearre bewiis litte sjen dat fariânsje tusken ferskate stammen fan in soarte enoarm kin wêze.Ien inkeld genoom is lang net genôch om it hiele byld te krijen fan genetyske ynformaasje fan ien soart.It doel fan Pan-genome-stúdzje is om in wiidweidigere genomyske grafyk fan in soarte te krijen en de relaasjes tusken trekken en genetyske koades te dekodearjen troch it útfieren fan genome de novo-assemblage fan ferskate stammen, wat in djipper en breder mining fan 'e fariaasjes mooglik makket.
Trends fan Pan-genome Study
Ofbylding 1 De trends fan publisearre ûndersykspapieren fan Pan-genome.
Opmerking: De figuer toant it resultaat fan it nimmen fan "pan-genoom" as it kaaiwurd om de titels fan artikels te sykjen publisearre yn tydskriften fan Nature, Cell en Science-searjes
in.Lêzen fan meardere samples wurde ôfstimd op in referinsje en unaligned wurde gearstald yn nije contigs.Troch dizze nije contigs ta te foegjen oan 'e orizjinele referinsjesekwinsje, kin in pangenome-referinsje konstruearre wurde.Dispensable regio's wurde bepaald op basis fan it yn kaart bringen fan alle lêzen werom nei it pangenome.
b.De novo-assemblage fan 'e genomen fan meardere oanwinsten lit oanpak foar folsleine genome-ôfstimming mooglik meitsje om dispensable genomyske regio's te identifisearjen.
c.In pan-genoom-grafyk kin wurde konstruearre út heule genome-ôfstimmingen of troch de novo-grafykassemblage, dy't fariantynformaasje fan dispensable regio's effisjint opslacht as unike paden troch de grafyk.
Hoe kinne jo in Pan-genoom konstruearje?
Figure 2 Ferliking fan pan-genome oanpak1
in.Lêzen fan meardere samples wurde ôfstimd op in referinsje en unaligned wurde gearstald yn nije contigs.Troch dizze nije contigs ta te foegjen oan 'e orizjinele referinsjesekwinsje, kin in pangenome-referinsje konstruearre wurde.Dispensable regio's wurde bepaald op basis fan it yn kaart bringen fan alle lêzen werom nei it pangenome.
b.De novo-assemblage fan 'e genomen fan meardere oanwinsten lit oanpak foar folsleine genome-ôfstimming mooglik meitsje om dispensable genomyske regio's te identifisearjen.
c.In pan-genoom-grafyk kin wurde konstruearre út heule genome-ôfstimmingen of troch de novo-grafykassemblage, dy't fariantynformaasje fan dispensable regio's effisjint opslacht as unike paden troch de grafyk.
Koartlyn publisearre Pan-genomes
● Ferkrêfting pan-genomen2
● Tomato pan-genomen 3
● Rice Pan -genoom4
● Sinneblom Pan-genoom5
● Soybean Pan-genoom 6
● Rice Pan-genoom7
● Barley Pan-genoom8
● Wheat Pan-genoom9
● Sorghum Pan-genoom10
● Fytoplankton Pan-genoom11
Referinsje
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomen binne de nije referinsje.Nat Planten.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al.Acht genomes fan hege kwaliteit litte sjen pan-genome-arsjitektuer en ekotypedifferinsjaasje fan Brassica napus.Nat Planten.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.It tomaat pan-genoom ûntbleatet nije genen en in seldsum allele dy't de fruchtsmaak regulearret.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Pan-genome analyze markearret de omfang fan genomyske fariaasje yn kultivearre en wylde rys [publisearre korreksje ferskynt yn Nat Genet.Aug 2018;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Sinneblom pan-genoom analyse lit sjen dat hybridisaasje feroare gene ynhâld en sykte ferset.Nat Planten.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-genoom fan wylde en kultivearre sojabonen.Sel.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Pan-genoom-analyze fan 33 genetysk ferskaat oan rysaksjes ûntbleatet ferburgen genomyske fariaasjes [publisearre online foarôfgeand oan print, 2021 25 maaie].Sel.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.De gerst pan-genoom ûntbleatet de ferburgen erfenis fan mutaasje fokken.Natuer.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Meardere tarwe genomes litte wrâldwide fariaasje sjen yn moderne fokkerij.Natuer.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Wiidweidige fariaasje binnen it pan-genoom fan kultivearre en wylde sorghum [publisearre online foarôfgeand oan print, 2021 maaie 20].Nat Planten.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Phytoplankton pangenome ûntbleatet wiidweidige prokaryotyske horizontale gentransfer fan ferskate funksjes.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Publisearre 2020 april 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Post tiid: Jan-04-2022