Eukaryotic mRNA raupapa-Illumina
Nga painga
ØHe Tino Tohunga: Neke atu i te 200,000 nga tauira kua tukatukahia i roto i te BMK e kapi ana i nga momo tauira kanorau, tae atu ki te ahurea pūtau, te kiko, te wai o te tinana, me etahi atu, neke atu i te 7,000 nga kaupapa mRNA-Seq kua kati mo nga momo waahanga rangahau.
ØPūnaha whakahaere kounga tino: Ko nga tohu mana o te kounga matua i roto i nga waahanga katoa tae atu ki te whakarite tauira, te whakarite whare pukapuka, te raupapa me te koiora kei raro i te aro turukihia kia puta ai nga hua kounga teitei.
ØHe maha nga papaaarangi e waatea ana mo nga tohu mahi me nga rangahau whakarangatira hei whakatutuki i nga whaainga rangahau kanorau.
ØNga ratonga i muri i te hoko: Ko nga ratonga i muri i te hoko ka whai mana mo te 3 marama i muri i te otinga o te kaupapa, tae atu ki te whai i nga kaupapa, te rapu raruraru, nga hua Q&A, etc.
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
| Whare Pukapuka | Rautaki raupapa | Raraunga e taunaki ana | Mana Kounga |
| Poly A whakarangatira | Ilumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Whakaritenga Tauira:
Nucleotides:
| Maamaa | Te tapatahi | Te nui |
| OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5He iti, karekau he pūmua, he poke DNA ranei e whakaatuhia ana i runga i te gel. | Mo nga tipu: RIN≥6.5;Mo nga kararehe: RIN≥7;28S/18S≥1.0;he iti, kaore ranei he taumata teitei | Conc.≥30 ng/μl;Puka ≥ 10 μl;Tapeke ≥ 1.5 μg |
Tissue: Taumaha(maroke):≥1 g
*Mo te kiko iti ake i te 5 mg, ka tūtohu kia tukuna mai he tauira kiko tio (i roto i te hau hauota wai).
Tārewa pūtau:Tatau pūtau = 3×106- 1×107
* Ka tūtohu matou ki te tuku lysate pūtau tio.Mēnā he iti ake te kaute o te pūtau i te 5×105, ka tūtohuhia te flash tio i roto i te hauota wai, he pai ake mo te tangohanga moroiti.
Nga tauira toto:Rōrahi≥1 ml
Microorganism:Papatipu ≥ 1 g
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu: 2 ml ngongo centrifuge (Kāore i te tūtohutia te konumohe tine)
Tauira tapanga: Rōpū+whakaritea tauira A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Tukunga:
- Tio-maro: Me kiki nga tauira ki roto i nga peeke ka tanu ki te huka-maroke.
- Ngongo RNAstable: Ka taea te whakamaroke i nga tauira RNA ki te ngongo whakapumau RNA(hei tauira, RNAstable®) ka tukuna ki te pāmahana rūma.
Rere Mahi Mahi
Hoahoa whakamatautau
Te tuku tauira
tangohanga RNA
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
Bioinformatics
Eukaryotic rerengamahi tātari raupapa mRNA
Bioinformatics
ØMana kounga raraunga raw
ØTirohanga ira tohutoro
ØTe tātari hanganga tuhinga
ØTe inenga korero
ØTe tātari korero rerekee
ØTuhituhi mahi me te whakarangatira
1.mRNA Raraunga Raraunga Kohanga
2.Te tātari korero rereke-Te puia
3.Tuhinga KEGG mo DEGs
4.GO whakarōpūtanga i runga i nga DEG
