He taapiri mo te wahanga whakatipuranga motuhake (Slaf-SEQ)
Mahitanga
Kaupapa hangarau
Āhuatanga Ratonga
● Te haerere i runga i te Novaseq me Pe150.
● Te whakarite mo te Whare Pukapuka me te rua, e whakahohea ana i te 1000 tauira.
● Ka taea te whakamahi i tenei tikanga me te kore ranei he tohu tohutoro, me nga paipa paipa a BioformMatic mo ia keehi:
Ma te tohutoro tohutoro: SNP me te kitenga indel
Te kore korero tohutoro: Tauira Tauira me te kitenga SNP
● I roto i tei SicoKo nga huinga hoahoa o mua i te hoahoa he maha nga honohono enzyme mo te aukati i te rapu i nga mea e whakaputa ana i te tohatoha tohu o nga tohu slaf i te gionome.
● I roto i te whakamatautau i mua, e toru nga huinga whakaurunga e whakamatauria ana i roto i nga tauira 3 hei whakaputa i nga wharepukapuka 9, me te whakamahi i enei korero ki te whiriwhiri i te whakakotahitanga o te kaupapa whakauru.
Painga ratonga
●Te kitenga o te Genetic Genetic: Ko te whakauru i te punaha Barcode rua-nui e taea ai e te nuinga o te taupori nui, me te whakarei ake i te hunga pooti, me te whakarite kia tutuki nga nama ki nga tohu rereke o nga momo rangahau.
● Ko te whakawhirinaki iti ki te gionome: Ka taea te tono ki nga momo me te kore ranei he tohu tohutoro.
●Hoahoa Kaupapa Motuhake: Kotahi-enzyme, te rua-enzyme, te keri-maha, me nga momo momo whaaia ka tohua katoa hei whakatutuki i nga whaainga rangahau rereke ranei. Tei SicoKa whakahaerehia te ritenga ki te whakarite i tetahi hoahoa whakaongaonga tino pai.
● Te tino kaha i roto i te kohanga enzymatic: Te tohe a tei SicoKo te hoahoa-mua me te whakamatautau i mua i te tohatoha me te tohatoha o nga tohu SLF i runga i te chromosome (1 tohu tohu / 4kb) me te whakaheke i nga waahanga tukurua (<5%).
●Tohungatanga pūkenga nui: Ka whai wheako to maatau kapa i nga kaupapa katoa, me te rekoata ara mo te kati i te 5000 nga kaupapa, tae atu ki nga tipu, nga pepeke, nga pepeke, me nga rauropi.
● Whakawhanake-a-tinana i whakawhanakehia ai: I whakawhanakehia e Bmkgene he waahanga umanga bioformcom whakakotahi mo te Slaf-SE2 hei whakarite i te pono me te tika o te putanga whakamutunga.
Whakariterite Ratonga
| Te momo tātaritanga | Taumata taupori e taunakitia ana | Rautaki rautaki | |
| Tuhinga o mua | Tau Tau | ||
| Mahere Whenua | 2 ngā mātua me te> 150 uri | Matua: 20x wgs Te Iti: 10x | Rahi Genome: <400 MB: Ka tūtohutia nga Wgs <1GB: 100k Tags 1-2GB :: 200k 200k > 2GB: 300K Tags Tags 500K Tags |
| Akomanga-whanui-whanui (Gwas) | ≥200 tauira | 10x | |
| Te Whanaketanga Genetic | ≥30 tauira, me> 10 tauira mai i ia subgroup | 10x | |
Whakaritenga Ratonga
Te kukū ≥ 5 ng / μl
Tapeke ≥ 80 ng
Nanodrop Od260 / 280 = 1.6-2.5
Agarose Gel: Kaore ranei he iti, he ngoikore ranei
Te tuku tauira tohutohu
Ipu: 2 ml centrifuge ngongo
(Mo te nuinga o nga tauira, ka tūtohu mātou kia kaua e tiakina i te ethanol)
Tapanga Tauira: Me tohu nga tauira me te taatai me te rite ki te puka korero tauira tuku.
Tukunga: Ko te huka-maroke: me whakakiihia nga tauira i roto i nga peeke i te tuatahi ka tanumia ki te huka maroke.
Ratonga Mahi Ratonga
Tauira qc
Whakamatau Tuarua
Whakamatau-Whakamatau
Te Whakarite Pukapuka
Tuhinga o mua
Tātaritanga Raraunga
I muri i nga ratonga hoko
Kei roto i te tātaritanga e whai ake nei:
- Squencing Raraunga QC
- Whakawhanake tohu SLAF
Maataki ki to tohutoro korero
Ki te kore he tohu tohutoro: te taru
- Te tātaritanga o nga tohu SLF .: Tauanga, tohatoha puta noa i te gionome
- Tohu Tirohanga: SNP, Indel, SNV, CV Karanga me te Whakaaetanga
Te tohatoha o nga tohu SLF i runga i chromosomes:
Te tohatoha o nga spps ki runga i chromosomes:
Whakawhiwhinga SNP
| Tau | Rīpoata | IF | Taitara | Tono |
| 2022 | Nga Korero Maori | 17.694 | Ko te putunga o te giga-chromosomes me te giga-geome o te peony rakau Paeonia Ostii | Slaf-gwas |
| 2015 | Phytologist hou | 7.433 | Ko nga tapuwae o te whare o te rohe o te whare nui o te kaupapa nui o te agronomic soybeans | Slaf-gwas |
| 2022 | Tuhinga o mua | 12.822 | Kotiro nui-whanui i nga mahi totika o Gossypium Barbadense ki G. Hirsutum Whakaatuhia te rangatira pai mo te whakapainga o te kounga muka me te whakaputa tikanga | Genetics Slaf-Whanaketanga |
| 2019 | Tipu tipu | 10.81 | Te tātaritanga o te taupori me te Huihuinga o te Huihuinga o Norvo e whakaatu ana i te timatanga o te tarutaru Raihi hei kēmu whanaketanga | Genetics Slaf-Whanaketanga |
| 2019 | Hangarau taiao | 31.616 | Ko te raupapa Gentome me te rereketanga ira o te carp noa, cyprinus carpio | Mahere Link |
| 2014 | Hangarau taiao | 25.455 | Ko te gentome o te tipu o te Peanut e whakaatu ana i nga tohu ki nga karyotypes rendume, polyploid Te Whanaketanga me te Contosication. | Mahere Link |
| 2022 | Whakatupuri Huihuinga Huihuinga | 9.803 | Ko te tautuhi o St1 e whakaatu ana i te kowhiringa e pa ana ki te tarai i te morphology uri me nga ihirangi hinu i te wa o te whare soybean | Te whanaketanga Slaf-tohu |
| 2022 | Tuhinga o mua | 6.208 | Te tautuhi me te DNA tohu whanaketanga mo te witi-Leymus mollis 2NS (2D) Te whakakapinga kromoome | Te whanaketanga Slaf-tohu |
| Tau | Rīpoata | IF | Taitara | Tono |
| 2023 | Nga Kaipupuri i te Pūtaiao Whakataetae | 6.735 | QTL mahere me te tātari tuhinga tuhi o te ihirangi huka i te hua maoa o te pyrus pyrrifolia | Mahere Genetic |
| 2022 | Whakatupuri Huihuinga Huihuinga | 8.154 | Ko te tautuhi o ST1 e whakaatu ana i te kowhiringa e pa ana ki te tarai i te whakatipu uri me te ihirangi hinu i te wa o Soybean
| Karanga snop |
| 2022 | Nga Kaipupuri i te Pūtaiao Whakataetae | 6.623 | Ma te whakamahi i te genome-whanui te tirotiro i nga mea kino kore e kitea i te ao maroke.
| Pērā |
