Whakaraupapa Wāhanga Whakanuia Tauwhāiti-Locus (SLAF-Seq)
Rerengamahi
Kei te ratonga etahi hoahoa-mua i roto i te silico hei whakapumau i te kowhiringa o te whaariki pai mo te whakaritenga o te whare pukapuka.
Kaupapa Hangarau
Nga waahanga ratonga
● Te raupapa i runga i te NovaSeq me te PE150.
● Te whakarite wharepukapuka me te tohu tohu rua, ka taea te whakakotahi i nga tauira 1000 neke atu.
● Motuhake o te tohutoro tohutoro:
Me te tohutoro tohutoro: SNP me InDel kitea
Karekau he ira tohutoro: te kohinga tauira me te kitenga SNP
● I roto i tein-silicoI mua i te hoahoa, ka tirotirohia nga huinga whaariki here maha ki te kimi i nga mea e whakaputa ana i te tohatoha o nga tohu SLAF ki te taha o te ira.
● I te wa o mua i te whakamatautau, e toru nga huinga enzyme e whakamatautauhia ana i roto i nga tauira e 3 hei whakaputa i nga whare pukapuka 9 SLAF, a ka whakamahia enei korero ki te whiriwhiri i te huinga o te whāiti whāiti pai mo te kaupapa.
Painga Ratonga
●Te Whakaaturanga Tohu Ira Nui: Ka tuituia e matou he puunaha tohu paarua-nui e taea ai te raupapa tukutahi o nga taupori nui, me te whakakaha ake i te waahi-motuhake, me te whakarite kia tutuki nga nama tohu ki nga whakaritenga kanorau o nga momo patai rangahau.
● He iti te whakawhirinaki ki te Genome: Ka taea te tono ki nga momo me te kore he ira tohutoro.
●Hoahoa Kaupapa Hangawari: Ka taea te kowhiria te kotahi-enzyme, rua-enzyme, maha-enzyme, me nga momo momo enzyme hei whakatutuki i nga whaainga rangahau rereke ranei.
● Te Tino Pai i roto i te Digestion Enzymatic: Te whakahaerenga o anin-silicoi mua i te hoahoa me te whakamatautau i mua i te hoahoa kia tino pai te tohatoha o nga tohu SLAF i runga i te chromosome (1 tohu SLAF/4Kb) me te whakaheke i te raupapa tukurua (<5%).
●Tohunga Nui: He maha nga wheako ka kawea mai e matou ki ia kaupapa, me te rekoata mo te kati i runga i te 5000 kaupapa SLAF-Seq i runga i nga rau momo, tae atu ki nga tipu, nga kararehe whakangote, nga manu, nga pepeke, me nga rauropi wai.
● Rerengamahi Bioinformatic i whakawhanakehia e ia ano: I whakawhanakehia e matou he rerengamahi bioinformatic whakauru mo SLAF-Seq hei whakarite i te pono me te tika o te putanga whakamutunga.
Whakatakotoranga Ratonga
| Momo tātaritanga | Tauine taupori e taunaki ana | Rautaki raupapa | |
| Te hōhonutanga o te raupapa tohu | Tau tohu | ||
| Mahere Ira | 2 matua me >150 uri | Maatua: 20x WGS Nga uri: 10x | Rahi Genome: <400 Mb: E taunaki ana te WGS <1Gb: 100K nga tohu 1-2Gb:: 200K nga tohu >2Gb: 300K nga tohu 500k nga tohu |
| Akoranga Ahumahi-Ao-Genome (GWAS) | ≥200 tauira | 10x | |
| Te Putanga Ira | ≥30 tauira, me >10 tauira mai i ia roopu iti | 10x | |
Nga Whakaritenga Ratonga
Kukū ≥ 5 ng/µL
Tapeke moni ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Ko te kara o te Agarose: karekau, he iti ranei te whakahekenga, te poke ranei
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu: 2 ml ngongo centrifuge
(Mo te nuinga o nga tauira, ka tūtohu matou kia kaua e rongoa ki te waihano)
Tauira tapanga: Me tino tapanga nga tauira me te rite ki te puka korero tauira kua tukuna.
Tukunga: Tio-maroke: Me kiki nga tauira ki roto i nga peeke i te tuatahi ka tanumia ki te huka-maroke.
Rerengamahi Ratonga
Tauira QC
Whakamatau pairati
SLAF-whakamatautau
Te Whakaritenga Whare Pukapuka
Whakaraupapa
Tātari Raraunga
Ratonga muri-hoko
Ko ta maatau tātaritanga bioinformatical ko:
Raraunga QC me te kuti raraunga hei tango i nga panui taonga-N, nga panui urutau, nga panui kounga iti ranei.
Ko te mana tuarua o te kounga o te ma e panui ana ki te tirotiro i te tohatoha turanga, te kounga o te raupapa me te aromatawai raraunga, engari ano hoki ki te tirotiro i te pai o te nakunaku me nga whakauru kua whiwhi.
Ina tirohia nga panui, e rua nga whiringa:
- Mahere ki te tohutoro ira
- Karekau he iraira tohutoro: whakahuihui
Whai muri i tera, ka whakamahia te tātaritanga o nga tohu SLAF ki te mahi i etahi momo waea hei awhina i te kitenga tohu: SNP, InDel, SNV, waea CV me te tuhipoka.
Te tohatoha o nga tohu SLAF ki nga chromosomes:
Te tohatoha o nga SNP i runga i nga chromosomes:
Kuputuhi SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X me Shi C (2023) Mahere QTL me te tātaritanga tuhinga o te ihirangi huka i te wa e maoa ana nga hua.Pyrus pyrifolia.Mua. Te tipu Sci.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Ko te tautuhi i te st1 ka kitea he kowhiringa e pa ana ki te hitchhiking o te ahua o te kakano me te hinu hinu i te wa e whangaia ana te soya.Te Tuhituhi Biotechnology Plant, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Te raupapa ira me te rereketanga ira o te carp noa,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.Ko te genome o te pīnati kua whakatipuhia he maarama ki nga karyotypes legume, te whanaketanga polyploid me te whakatipu hua.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Tau | Hautaka | IF | Taitara | Nga tono |
| 2022 | Ko nga whakawhitiwhitinga taiao | 17.694 | Te putake ira o te giga-chromosomes me te giga-genome o te peony rakau Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Phytologist Hou | 7.433 | Ko nga tapuwae o te kainga ka punga i nga rohe ira tangata whai hiranga agronomic i roto soybeans | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Ko nga whakaurunga horihori a Gossypium barbadense ki G. hirsutum Whakaatuhia te waahi pai ake mo te whakapai ake i te kounga o te muka miro me nga hua āhuatanga | SLAF-Whakaahuatanga ira |
| 2019 | Tipu Molecular | 10.81 | Ko te Taatari Taupori Taupori me te Runanga o De Novo e whakaatu ana i te takenga mai o te weedy Raihi hei Keemu Whakawhanaketanga | SLAF-Whakaahuatanga ira |
| 2019 | Nature Genetics | 31.616 | Te raupapa ira me te kanorau ira o te carp noa, Cyprinus carpio | SLAF-hononga mapi |
| 2014 | Nature Genetics | 25.455 | Ko te genome o te pīnati kua whakatipuhia he maarama ki nga karyotypes legume, polyploid te whanaketanga me te whakatipu hua. | SLAF-hononga mapi |
| 2022 | Te Tuhituhi Biotechnology Plant | 9.803 | Ko te tautuhi i te ST1 ka kitea he kowhiringa e pa ana ki te hitchhiking o te ahua o te kakano me te hinu hinu i te wa e whangaia ana te soya | Te whanaketanga SLAF-Marker |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Te Tautuhinga me te Whakawhanaketanga Tohu DNA mo te Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Whakakapinga Kromosom Disomic | Te whanaketanga SLAF-Marker |
| Tau | Hautaka | IF | Taitara | Nga tono |
| 2023 | Frontiers i roto i te pūtaiao tipu | 6.735 | Mahere QTL me te wetewete i te ihirangi huka i te wa e maoa ana nga hua o Pyrus pyrifolia | Mapi Ira |
| 2022 | Te Tuhituhi Biotechnology Plant | 8.154 | Ko te tautuhi i te ST1 e whakaatu ana i te kowhiringa e whai waahi ana ki te hopu i te ahua o te momo kakano me te hinu hinu i te wa o te whakatipu soya.
| SNP waea |
| 2022 | Frontiers i roto i te pūtaiao tipu | 6.623 | Genome-Wide Association Mapping of Hulless Barely Phenotypes in Drought Environment.
| GWAS |
