-
Raupapa Metagenomic -NGS
Ko te metagenome he kohinga o nga rawa ira katoa o te hapori whakauru o nga rauropi, penei i te metagenome taiao me te tangata. Kei roto i nga momo moroiti e rua ka taea te whakatipu me te moroiti kore. Ko te raupapatanga metagenomic shotgun me te NGS ka taea te rangahau o enei whenua ira tangata uaua kua mau ki roto i nga tauira taiao ma te whakarato i nga korero nui atu i te taakeha, e whakaatu ana hoki i nga maaramatanga mo te kanorau momo, te nui o te hihiri, me nga hanganga taupori uaua. I tua atu i nga rangahau taake, ka tukuna ano e te metagenomics shotgun he tirohanga ira tangata mahi, e taea ai te torotoro i nga ira kua whakawaeheretia me o raatau mahi putative i roto i nga tikanga kaiao. Ka mutu, ko te whakatuu hononga honohono i waenga i nga huānga ira me nga ahuatanga o te taiao ka whai waahi ki te maaramatanga o te katoa ki te hononga whakahirahira i waenga i nga hapori microbial me o raatau ahuatanga kaiao. Hei whakamutunga, ko te raupapatanga metagenomic te mea tino nui mo te wetewete i nga uauatanga ira o nga hapori microbial kanorau, e whakamarama ana i nga hononga maha i waenga i te ira me te rauropi i roto i enei punaha rauwiringa kaiao.
Paerewa: Illumina NovaSeq me DNBSEQ-T7
-
Raupapa Metagenomic-TGS
Ko te metagenome he kohinga o nga mea ira o te hapori whakauru o nga rauropi, penei i te metagenomes taiao me te tangata. Kei roto i nga momo moroiti e rua ka taea te whakatipu me te moroiti kore. Ma te raupapa metagenomic e taea ai te ako mo enei whenua ira tangata uaua kua mau ki roto i nga tauira kaiao ma te tuku atu i nga tohu taakete. Ka tukuna ano he tirohanga ira tangata ma te tirotiro i nga ira kua whakawaeheretia me o raatau mahi putative i roto i nga tikanga taiao. Ahakoa kua whakamahia nuitia nga huarahi pu mapu tuku iho me te raupapa Illumina i roto i nga rangahau metagenomic, na te taenga mai o te Nanopore me te PacBio kua roa te panui panui kua huri te mara. Ko te hangarau Nanopore me te PacBio te whakarei ake i nga tātaritanga bioinformatic o raro, ara te huihuinga metagenome, me te whakarite kia nui ake nga huihuinga. Ko nga purongo e whakaatu ana ko te Nanopore-based me te PacBio-based metagenomics kua angitu te hanga i nga ira huakita oti me te kati mai i nga microbiomes matatini (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Ko te whakauru i nga panui Nanopore me nga panui Illumina e whakarato ana i te huarahi rautaki mo te whakatika hapa, te whakaiti i te iti o te tika o Nanopore. Ko tenei huinga whakakotahitanga e whai hua ana i nga kaha o ia papahanga raupapa, e tuku ana i te otinga pakari ki te hinga i nga herenga pea me te ahu whakamua i te tika me te pono o nga tātaritanga metagenomic.
Paerewa: Nanopore PromethION 48, Illumia me PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Ko nga ira 16S me te 18S rRNA, me te rohe Internal Transcribed Spacer (ITS), ka noho hei tohu tohu matimati rāpoi nui na runga i te whakakotahitanga o nga rohe tino tiakina me te tino rerekee, na te mea he taputapu utu nui mo te tohu rauropi prokaryotic me te rauropi eukaryotic. Ko te whakanui me te raupapa o enei rohe he huarahi mokemoke-kore mo te tirotiro i te hanganga moroiti me te kanorau puta noa i nga momo rauwiringa kaiao. Ahakoa ko te raupapa Illumina e aro ana ki nga rohe rerekee poto penei i te V3-V4 o te 16S me te ITS1, kua whakaatuhia ko te tohu taakete teitei ka taea ma te raupapa i te roanga o te 16S, 18S, me ITS. Ko tenei huarahi matawhānui ka nui ake te paheketanga o nga raupapa kua whakarōpūtia tika, ka eke ki te taumata whakatau ka toro atu ki te tautuhi momo. Ko te tüäpapa raupapa raupapa Molecule Single-Molecule (SMRT) a PacBio e tu ana ma te whakarato i nga panui roa tino tika (HiFi) e kapi ana i nga amplicons roa-katoa, he whakataetae i te tika o te raupapa Illumina. Ma tenei kaha ka taea e nga kairangahau te whiwhi painga kore e rite - he tirohanga panoramic o te whenua ira. Ko te whakamaaramatanga roa e tino whakanuia ana te whakatau i roto i nga korero mo nga momo, otira i roto i nga hapori huakita, harore ranei, kia hohonu ake ai te maarama ki nga uauatanga o te taupori moroiti.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ko te raupapa Amplicon me te hangarau Illumina, e aro ana ki nga tohu ira ira 16S, 18S, me ITS, he huarahi kaha mo te wetewete i te tikanga, te taake, me te tini o nga momo i roto i nga hapori microbial. Kei roto i tenei huarahi te whakaraupapa i nga rohe rerekee o nga tohu ira tiaki whare. I whakaurua tuatahi hei tapumati ngota naWoeses et ali te tau 1977, kua huri tenei tikanga ki te whakaputa korero moroiti ma te whakaahei i nga tātari-kore-kore. Na roto i te raupapatanga o te 16S (huakita), 18S (harore), me te Rorohiko Whakakotahi Mokowhiti (ITS, harore), ka taea e nga kairangahau te tautuhi ehara i te tini noa nga momo engari ano hoki nga momo onge me te kore e mohiotia. I whakamahia whanui hei taputapu tino nui, kua whai waahi te raupapa amplicon ki te mohio ki nga titonga moroiti rereke puta noa i nga taiao rereke, tae atu ki te waha tangata, whekau, kutae, me tua atu.
-
Huakita me te harore Katoa te Whakaraupapa Anō i te Genome
Ko nga kaupapa whakaraupapa-a-ira-a-katoa o te huakita me te harore he mea tino nui mo te ahu whakamua ira moroiti ma te whakamana i te otinga me te whakatairite o nga ira moroiti. Ma tenei ka awhina i te miihini FERMENTATION, te arotautanga o nga mahi ahumahi, me te torotoro i nga huarahi whakawhiti tuarua. I tua atu, he mea nui te raupapatanga harore me te huakita kia mohio ai ki te urutaunga o te taiao, ki te arotau i nga riaka, me te whakaatu i nga hihiko o te whanaketanga ira, me te whanuitanga o nga paanga ki te rongoa, ahuwhenua, me te putaiao taiao.
-
Whakaraupapa RNA Prokaryotic
Ko te raupapa RNA e whakamana ana i te whakamaarama matawhānui o nga tuhinga RNA katoa i roto i nga pūtau i raro i nga tikanga motuhake. Ko tenei hangarau hou he taputapu kaha, e hura ana i nga korero mo te whakaputa ira ira, nga hanganga ira, me nga tikanga rapoi e hono ana ki nga momo tikanga koiora. I whakamahia nuitia i roto i te rangahau taketake, te taatai haumanu, me te whanaketanga raau taero, ko te raupapa RNA e whakaatu ana i nga maaramatanga ki nga uauatanga o te hihiko pūkoro me te ture ira. Ko ta maatau tukatuka tauira RNA prokaryotic he mea whakarite mo nga tuhinga tuhi prokaryotic, e pa ana ki te whakahekenga o te rRNA me te whakarite whare pukapuka.
Paerewa: Illumina NovaSeq
-
Whakaraupapa Metatranscriptome
Ma te whakamahi i te hangarau raupapa Illumina, ka hurahia e te ratonga raupapa metatranscriptome a BMKGENE te whakaputanga ira hihiko o te tini momo moroiti, ka horahia nga eukaryotes ki te prokaryotes me nga huaketo, i roto i nga taiao taiao penei i te oneone, te wai, te moana, te kumete, me te whekau. Ko ta maatau ratonga matawhānui e whakamana ana i nga kairangahau ki te ruku ki roto i nga korero a te hapori moroiti matatini o nga whakaaturanga ira katoa. I tua atu i te tātaritanga taake, ko ta maatau ratonga raupapa metatranscriptome e whakahaere ana i te torotoro ki te whakarangatira mahi, ma te whakamarama i nga ira rerekee me o raatau mahi. Hurihia te maha o nga tirohanga koiora i a koe e whakatere ana i nga whenua matatini o te whakaaturanga ira, te rereketanga o te taake, me nga mahi hihiri i roto i enei kohanga taiao kanorau.
-
De novo Fungal Genome Assembly
Ka tukuna e BMKGENE etahi otinga maha mo nga momo ira harore, e whakatutuki ana i nga hiahia rangahau kanorau me te whakaotinga ira ira e hiahiatia ana. Ma te whakamahi i te raupapa Illumina panui poto anake ka taea te hanga i te tauira iraira. Ko nga panui-poto me te raupapa panui-roa e whakamahi ana i te Nanopore, i te Pacbio ranei e honoa ana mo te momo ira harore parakore me nga taapiri roa ake. I tua atu, ko te whakauru i te raupapa Hi-C ka whakanui ake i nga kaha, e taea ai te whiwhi i te genome taumata-chromosome.
-
De novo Bacterial Genome Assembly
Ka whakaratohia e matou he ratonga huihuinga ira huakita katoa, e kii ana kia 0 nga waahi. Ka taea tenei ma te whakauru i nga hangarau raupapa panui-roa, penei i te Nanopore me te PacBio mo te huihuinga me te raupapa panui poto me te Illumina mo te whakamana i te huihuinga me te whakatikatika hapa o nga panui ONT. Ka whakaratohia e ta maatau ratonga te rerenga mahi bioinformatic katoa mai i te huihuinga, nga korero mahi, me te tātari bioinformatic matatau, te whakatutuki i nga whaainga rangahau motuhake. Ma tenei ratonga ka taea te whakawhanaketanga o nga tohutoro tohutoro tika mo nga momo rangahau ira me te ira. Hei taapiri, ka noho hei turanga mo nga tono penei i te arotautanga riipene, te miihini ira, me te whanaketanga hangarau microbial, e whakarite ana i nga raraunga genomic pono me te kore-aputa he mea nui mo te ahu whakamua i nga tirohanga putaiao me te hangarau hangarau hou.
