Raupapa Metagenomic -NGS
Painga Ratonga
● Ko te wehe me te maara kore-kore mo te whakaahua hapori moroiti
● Ko te whakataunga teitei ki te kimi i nga momo iti-nui i roto i nga tauira taiao
● Ko te whakaaro o te "meta-" he whakauru i nga ahuatanga koiora katoa i te taumata mahi, te taumata momo me te taumata ira, e whakaatu ana i te tirohanga hihiri e tata atu ana ki te mooni.
● Ka whakaemihia e BMK nga wheako nui ki nga momo tauira kanorau me te neke atu i te 10,000 nga tauira kua tukatukahia.
Whakatakotoranga Ratonga
| Paerewa | Whakaraupapa | Raraunga e taunaki ana | Te wa huri |
| Illumina NovaSeq Platform | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 Nga ra mahi |
Ko nga rangahau bioinformatics
● Mana kounga raraunga raw
● Huihuinga Metagenome
● He huinga ira-kore me te tuhipoka
● tātaritanga kanorau momo
● tātaritanga kanorau mahi ira
● Te tātari-a-rōpū
● Te tātari hononga ki nga ahuatanga whakamatautau
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
Whakaritenga Tauira:
MoNga tangohanga DNA:
| Momo Tauira | Te nui | Te aro | Maamaa |
| Nga tangohanga DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Mo nga tauira taiao:
| Momo tauira | Te tikanga mo te tauira tauira |
| Te oneone | Te rahinga tauira: approx.5 g;Ko te toenga o nga mea memenge me tango atu i te mata;Korohia nga mongamonga nui, ka haere i roto i te tātari 2 mm;Aliquot tauira i roto i horomata EP-ngongo cyrotube ranei mo te rahui. |
| Feces | Te rahinga tauira: approx.5 g;Kohikohi me te tuku tauira i roto i te ngongo EP-kore, te cryotube ranei mo te rahui. |
| Kei roto i te whekau | Me tukatuka nga tauira i raro i te ahua aseptic.Horoia nga kiko kua kohia me te PBS;Whakanuia te PBS me te kohikohi i te pupuhi i roto i nga ngongo EP. |
| Paru | Te rahinga tauira: approx.5 g;Kohikohi me te tuku tauira para i roto i te ngongo EP parakore, te cryotube ranei mo te rahui |
| Waiwai | Mo te tauira he iti te rahi o te moroiti, penei i te wai tap, te wai puna, me era atu, Kohia kia 1 rita te wai ka haere ma te tātari 0.22 μm hei whakarangatira i te moroiti i runga i te kiriuhi.Whakaorangia te kiriuhi ki roto i te ngongo parakore. |
| kiri | Āta wiriwirihia te mata kiri ki te ūkui miro parakore, te mata hāparapara rānei, ka waiho ki roto i te ngongo parakore. |
Tukunga Tauira Manakohia
Whakatiotia nga tauira ki roto i te hauota wai mo te 3-4 haora ka penapena ki roto i te hauota wai, -80 tohu ranei ki te rahui mo te wa roa.Ko te tuku tauira me te huka maroke e hiahiatia ana.
Te Rerenga Mahi Ratonga
Te tuku tauira
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
1.Histogram: Te tohatoha momo
2.Ngā ira taumahi kua tohua ki nga ara metabolic KEGG
3.Mahere wera: Nga mahi rereke i runga i te nui o te ira ira
4.Circos o nga ira parenga paturopi CARD
Take BMK
Te kaha o nga ira parenga paturopi me nga tukumate huakita i te taha o te whenua-mangrove pakiaka tonu
Whakaputaina:Te Tuhituhi mo nga Rawa Whakamate, 2021
Rautaki raupapa:
Rauemi: Nga tangohanga DNA o nga wahanga e wha o nga tauira e pa ana ki nga pakiaka mangrove: te oneone kaore i whakatohia, te rhizosphere, te episphere me nga wahanga mutunga.
Papaaho: Illumina HiSeq 2500
Whainga: Metagenome
16S rRNA ira V3-V4 rohe
Nga hua matua
I tukatukahia te raupapa metagenomic me te metabarcoding i runga i te haere tonu o te oneone-pakiaka o nga mahuri mangrove hei ako i te horahanga o nga ira parenga paturopi (ARG) mai i te oneone ki nga tipu.Ko nga raraunga metagenomic i kitea ko te 91.4% o nga ira parenga paturopi i kitea i roto i nga waahanga oneone e wha kua whakahuahia i runga ake nei, e whakaatu ana i te ahua tonu.Ko te raupapa amplicon 16S rRNA i hangaia e 29,285 nga raupapa, e tohu ana i nga momo 346.Ko te whakakotahitanga me te tohu momo momo ma te raupapa amplicon, i kitea he motuhake tenei whakararatanga i te microbiota whai pakiaka, heoi, ka taea e te waea pūkoro o nga huānga ira te whakahaere.I kitea e tenei rangahau te rere o nga ARG me nga tukumate mai i te oneone ki roto i nga tipu na roto i te hononga hono-a-pakiaka.
Tohutoro
Wang, C. , Hu, R. , Kaha, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Te kaha o nga ira parenga paturopi me nga tukumate huakita i te taha o te oneone–te haere tonu o te pakiaka mangrove.Tuhituhi mo nga rawa morearea, 408, 124985.
