Raupapa Metagenomic -NGS
Ko te metagenome he kohinga o nga rawa ira katoa o te hapori whakauru o nga rauropi, penei i nga metagenomes taiao me te tangata. Kei roto i nga momo moroiti e rua ka taea te whakatipu me te moroiti kore. Ko te raupapatanga metagenomic shotgun me te NGS ka taea te rangahau o enei whenua ira tangata uaua kua mau ki roto i nga tauira taiao ma te whakarato i nga korero nui atu i te taakeha, e whakaatu ana hoki i nga maaramatanga mo te kanorau momo, te nui o te hihiri, me nga hanganga taupori uaua. I tua atu i nga rangahau taake, ka tukuna ano e te metagenomics shotgun he tirohanga ira tangata mahi, e taea ai te torotoro i nga ira kua whakawaeheretia me o raatau mahi putative i roto i nga tikanga kaiao. Ka mutu, ko te whakatuu hononga honohono i waenga i nga huānga ira me nga ahuatanga o te taiao ka whai waahi ki te maaramatanga o te katoa ki te hononga whakahirahira i waenga i nga hapori microbial me o raatau ahuatanga kaiao. Hei whakamutunga, ko te raupapatanga metagenomic te mea tino nui mo te wetewete i nga uauatanga ira o nga hapori microbial kanorau, e whakamarama ana i nga hononga maha i waenga i te ira me te rauropi i roto i enei punaha rauwiringa kaiao.
Paerewa: Illumina NovaSeq me DNBSEQ-T7
Painga Ratonga
●Tikanga Wehewete me te Maara-kore mo te Whakaaturanga Hapori Microbial: Te whakaahei i te raupapatanga o nga mea ira mai i nga rauropi kore ngaki.
●Taumira teitei: Kimihia nga momo iti-nui i roto i nga tauira taiao.
●Matawhānui Bioinformatic Analysis:I arotahi ki runga i te kanorau o te taake engari ki te kanorau mahi o te hapori.
●Wheako Nui:Ma te rekoata o te kati angitu i nga kaupapa metagenomics maha i roto i nga momo rohe rangahau me te tukatuka neke atu i te 200,000 tauira, ka kawea mai e to taatau roopu te maha o nga wheako ki ia kaupapa.
Whakatakotoranga Ratonga
| Paparanga raupapa | Rautaki Raupapa | Raraunga e taunaki ana | Mana kounga |
| Illumina NovaSeq DNBSEQ-T7 ranei | PE150 | 6-20Kb | Q30≥85% |
Nga Whakaritenga Ratonga
| Kukū (ng/µL) | Tapeke moni (ng) | Rōrahi (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Te oneone/parapara: 2-3g
● Intestinal content-kararehe: 0.5-2g
● Ihirangi whekau-ngarara: 0.1-0.25g
● Mata tipu (parataiao whakarangatira): 0.5-1g
● Hupa Fermentation parataiao whakarangatira): 0.2-0.5g
● Tahe (kararehe nui): 0.5-2g
● Wae (kiore): 3-5grains
● Te wai horoi o te pukoro: pepa tātari
● Te ūkui taraehe: 5-6 ūkui
● Te kiri/te taihemahema/te huware/te kiri ngohe o te waha/te pharyngeal te ūkui/te uwhi: 2-3 te horoi
● moroiti mata: 5-6 pania
● Waiwai/rangi/kiriata koiora: pepa tātari
● Endophytes: 2-3g
● Taonga niho: 0.5-1g
Te Rerenga Mahi Ratonga
Te tuku tauira
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
Kei roto ko te tātaritanga e whai ake nei:
● Whakaraupapa mana kounga raraunga
● Huihuinga metagenome me te matapae ira
● Tohunga ira
● Taxonomic alpha kanorau tātaritanga
● Te tātari mahi o te hapori: te mahi koiora, te metabolic, te parenga paturopi
● Te tātari i runga i te kanorau mahi me te kanorau:
Te tātaritanga kanorau Beta
Te tātari i waenga-rōpū
Te tātari hononga: i waenga i nga ahuatanga taiao me te hanganga OUT me te rereketanga
Te tātari mahi: CARD antibiotic resistance
Te tātaritanga rereke o nga huarahi metabolic KEGG: mapi wera o nga huarahi nui
Te kanorau Arepa o te tohatoha takoha: taupū ACE
Te kanorau Beta o te tohatoha takoha: PCoA
Torotoro nga ahunga whakamua i mahia e nga ratonga raupapa metagenome a BMKGene me Illumina na roto i te kohinga whakaputanga.
Hai, Q. et al. (2023) 'Te wetewete metagenomic me te metabolomic o nga huringa i roto i nga kiko whekau o te taraute aniwaniwa (Oncorhynchus mykiss) kua pangia e te huaketo necrosis hematopoietic hopuhopu i nga pāmahana wai ahurea rereke',Frontiers in Microbiology, 14, wh. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Hapori microbial, ira ātete, me te whakararu i roto i nga roto o nga taone o nga whenua rerekee: Nga hononga o roto me nga awe o waho',Tuhituhi mo nga Rauemi Whakamate, 9, wh. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Whakakitea te Taatari Metagenomic i nga rerekeetanga o te tito me te mahi i waenga i nga moroiti-wai-a-wai me nga moroiti-a-too o te hipi rumen',Frontiers in Microbiology, 13, wh. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Ka whakahou ano te microbiota i ahu mai i te poaka Ningxiang i te waea carnitine ki te whakatairanga i te whakahekenga waikawa ngako uaua i roto i nga poaka DLY kikokore',Te Whakahoutanga, 4(5), wh. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Ko nga tirohanga metagenomic ki nga tupono ka puta mai i te maakaa o te koiora/kirihou kore-kore me te parapara kore-kirihou i te taha whakarunga me raro o Haihe Estuary, Haina',Pūtaiao o Te Taiao Tapeke, 887, wh. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
