Ira Kunenga

He Whakaahua Whakahirahira Evolutionary Genetics

Ko te ira kukuwhatanga he ratonga raupapa raupapa kua hangaia mo te whakamaarama matawhānui i runga i nga korero kunenga o nga rawa kua homai i runga i nga rereketanga ira, tae atu ki nga SNP, InDels, SV me CNV.Ka whakarato i nga tātaritanga taketake katoa e hiahiatia ana mo te whakaahua i nga huringa kunenga me nga ahuatanga ira o te taupori, penei i te hanganga taupori, te kanorau ira, te hononga phylogeny, me etahi atu. Kei roto ano hoki nga rangahau mo te rerenga ira, e whakamana ana i te whakatau tata mo te rahinga taupori whai hua, te wa rerekee.

Whakapā mai

Nga Taipitopito Ratonga

Hua Whakaaturanga

Akoranga Take

Painga Ratonga

Takagi et al.,Ko te hautaka tipu, 2013

● Te whakatau tata i te wa rerekee me te tere o nga momo i runga i nga rereketanga o te taumata nucleotide me te waikawa amino
● Te whakaatu i nga hononga phylogenetic pono ake i waenga i nga momo me te iti o te awe o te kunenga hurihanga me te kukuwhatanga whakarara
● Te hanga hononga i waenga i nga huringa ira me nga tohu tohu hei hura i nga ira e pa ana ki nga ahuatanga
● Te whakatau tata i te kanorau ira, e whakaatu ana i te pumanawa kukunetanga o nga momo
● He tere ake te hurihanga
● He wheako nui: Kua whakaemihia e BMK nga wheako nui i roto i te taupori me nga kaupapa e pa ana ki te kukuwhatanga mo nga tau 12 neke atu, e kapi ana i nga rau momo, me etahi atu, ka uru ki roto i nga kaupapa taumata 80 neke atu i whakaputaina i roto i te Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etc.

Whakatakotoranga Ratonga

Rauemi:

I te nuinga o te wa, kia toru nga taupori iti (hei tauira, nga momo iti, nga riaka ranei) e taunaki ana.Kia kaua e iti ake i te 10 nga tangata o ia iti-taupori (Nga tipu ＞15, ka taea te whakaheke mo nga momo onge).

Rautaki raupapa:

* Ka taea te whakamahi WGS mo nga momo whai ira tohutoro tohutoro teitei, engari ko te SLAF-Seq e pa ana ki nga momo me te kore he tohutoro tohutoro, he momo tohutoro ranei he iti te kounga.

E tika ana ki te rahi o te ira	WGS	SLAF-Tutohu (×10,000)
≤ 500 Mb	10×/takitahi	He pai ake te WGS
500 Mb - 1 Gb		10
1 Gb - 2 Gb		20
≥2 Gb		30

Ko nga rangahau bioinformatics

● Te tātari whanaketanga

● Kohia whiriwhiri

● Rere ira

● Hītori taupori

● Te wa rereke

Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga

Whakaritenga Tauira:

Nga momo	Kopa	WGS-NGS	SLAF
Kararehe	Te kiko visceral	0.5~1g	0.5g
	Te kiko uaua
	Te toto mammalia	1.5mL	1.5mL
	Te toto heihei/ika
Te tipu	Rau Hou	1~2g	0.5~1g
	Petal/Kakau
	Pūtake/Kakano
Pūtau	Pūtau ahurea

gDNA

Te aro
(ng/ul)

Te nui

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0.1

Te Rerenga Mahi Ratonga

Hoahoa whakamatautau

Te tuku tauira

Te hanga whare pukapuka

Whakaraupapa

Te tātari raraunga

Nga ratonga muri-hoko

Tōmua: Tātaritanga Segregant Bulked

Panuku: Metabolomics

*Ko nga hua whakaaturanga e whakaatuhia ana i konei no nga momo ira i whakaputaina me BMKGENE

1. Kei roto i te tātaritanga Evolution te hanga o te rakau phylogenetic, te hanganga taupori me te PCA i runga i nga rereketanga ira.

Ko te rakau Phylogenetic e tohu ana i nga hononga taake me te whanaketanga i waenga i nga momo me nga tipuna kotahi.
Ko te whai a PCA ki te tiro i te tata o nga iwi iti.
Ko te hanganga taupori e whakaatu ana i te noho mai o te taupori iti motuhake i roto i nga tikanga o nga iarere allele.

3-1Phylogenetic-rakau 3-2PCA 3-3Hunga-taupori

Chen, et.al.,PNAS, 2020

2.Selective sweep

Ko te sweep sweep e tohu ana ki te tukanga e kowhiria ai he waahi pai me te whakanui ake i nga iarere o nga waahi kore hono me te whakahekenga o nga waahi kore hono, ka heke iho te rohe.

Ka tukatukahia te kitenga ira-whanui ki nga rohe tihorea ma te tatau i te taurangi ira taupori（π，Fst, Tajima's D) o nga SNP katoa i roto i te matapihi reti (100 Kb) i tetahi taahiraa (10 Kb).

Te kanorau nucleotide(π)
4Kanorau-nucleotide(π）

Ko Tajima D
5Tajima's-D

Taupū whakatika(Fst)

6Taupū-taupū(Fst)

Wu, et.al.,Tipu Molecular, 2018

3. Rere ira

7Ira-rere

Wu, et.al.,Tipu Molecular, 2018

4.Hitori taupori

8Taipori-hitori

Zhang, et.al.,Nature Ecology&Evolution, 2021

5.Wai rereke

9Wai rereke

Zhang, et.al.,Nature Ecology&Evolution, 2021

Take BMK

He mapi rerekeetanga ira tangata e whakaatu ana i nga tirohanga ki te putake ira o te kowhiringa o te Cabbage Chinese Spring(Brassica rapa ssp. Pekinensis)

Whakaputaina: Tipu Molecular, 2018

Rautaki raupapa:

Resequencing: hohonu raupapa: 10×

Nga hua matua

I roto i tenei rangahau, 194 nga kāpeti Hainamana i tukatukahia mo te raupapa ano me te hohonu toharite o te 10x, i hua mai i te 1,208,499 SNPs me te 416,070 InDels.Ko te tātaritanga phylogenetic i runga i enei rarangi 194 e whakaatu ana ka taea te wehea enei rarangi ki nga momo rauropi e toru, ko te puna, te raumati me te ngahuru.I tua atu, ko te hanganga taupori me te tātari PCA i tohu i ahu mai te kāpeti Hainamana i te puna i te kāpeti ngahuru i Shandong, Haina.I tukuna mai enei ki Korea me Hapani, i whakawhitia ki nga raina o te rohe, a, ka hoki mai ano etahi momo momo o ratou ki Haina, ka mutu ka noho hei kāpeti Hainamana.

Ko te matawai ira-whanui i te puna nga kāpeti Hainamana me nga kāpeti ngahuru i runga i te kowhiringa ka kitea e 23 nga waahi ira tangata kua kaha te kowhiringa, e rua o enei i inakihia ki te rohe whakahaere-wa-bolting i runga i te mapi-QTL.I kitea i roto i enei rohe e rua nga ira matua e whakahaere ana i te pua, BrVIN3.1 me BrFLC1.Ko enei ira e rua i whakapumautia kia uru ki roto i te wa whiti ma te rangahau whakawhiti me nga whakamatautau whakawhiti.

Te tātari hanganga taupori i runga i nga kāpeti Hainamana

Ko nga korero ira mo te kowhiringa o te kāpeti Hainamana

Tohutoro

Tongbing, et al.“He Mapi Rerekētanga Ira He Maaramatanga mo te Tikanga Ira o te Koanga Kapeti Hainamana (Brassica rapa ssp.pekinensis)Tīpakonga.”Nga tipu ngota,11(2018):1360-1376.