Roa-kore-waehere raupapa-Illumina
Painga Ratonga
● Painga Ratonga
● He pūtau me te kiko kiko
● Ko te atamira motuhake e whakaatu ana, e whakaatu ana i te huringa korero hihiri
● Nga tauira tika o te whakaatu i te waa me te waahi
● Te tātari tahi me te raraunga mRNA.
● Te tuku hua i runga i te BMKCloud: Kei te waatea te keri raraunga i runga i te papaaho.
● Ko nga ratonga i muri i te hoko ka whai mana mo nga marama 3 i te otinga o te kaupapa
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
| Whare Pukapuka | Paerewa | Raraunga e taunaki ana | Raraunga QC |
| te whakaheke rRNA | Ilumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | Rahi (μg) | Maamaa | Te tapatahi |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 He iti, karekau he pūmua, he poke DNA ranei e whakaatuhia ana i runga i te gel. | Mo nga tipu: RIN≥6.5; Mo nga kararehe: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; he iti, he kore ranei te taumata teitei |
Nucleotides:
Kopa: Taumaha(maroke): ≥1 g
*Mo te kiko iti ake i te 5 mg, ka tūtohu kia tukuna mai he tauira kopa tio (i roto i te hau hauota wai).
Tārewa pūtau: Tatau pūtau = 3×107
* Ka tūtohu matou ki te tuku lysate pūtau tio.Mena he iti ake te tatau o taua pūtau i te 5×105, ka tūtohuhia te flash tio i roto i te hauota wai.
Nga tauira toto:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol me te 2mL toto(TRIzol:Blood=3:1)
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu: 2 ml ngongo centrifuge (Kāore i te tūtohutia te konumohe tine)
Tauira tapanga: Rōpū+whakaritea tauira A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Tukunga:
1.Dry-tio: Me kiki nga tauira ki roto i nga putea ka tanumia ki te huka-maroke.
2.Nga ngongo RNAstable: Ka taea te whakamaroke i nga tauira RNA ki te ngongo whakapumau RNA(hei tauira RNAstable®) ka tukuna ki te pāmahana rūma.
Te Rerenga Mahi Ratonga
Hoahoa whakamatautau
Te tuku tauira
tangohanga RNA
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
Bioinformatics
1.LncRNA whakarōpūtanga
Ko te LncRNA i tohuhia e nga raupaparorohiko e wha i runga ake nei i whakarōpūhia ki nga waahanga e 4: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;tikanga-LncRNA.I whakaatuhia te whakarōpūtanga LncRNA i te histogram i raro nei.
LncRNA whakarōpūtanga
2.Cis-whakaarohia ira o DE-lncRNA tātaritanga whakarangatira
I mahihia a ClusterProfiler i roto i te tātaritanga whakarangatira GO i runga i nga ira-cis o te lncRNA (DE-lncRNA) rerekee te whakaatu, i runga i nga tikanga o nga tukanga koiora, nga mahi ngota me nga waahanga pūkoro.Ko te tātaritanga whakarangatira GO he tikanga ki te tautuhi i nga kupu GO tino whakarangatira a DEG i whakaritea ki te genome katoa.Ko nga kupu whakarangatira i whakaatuhia i roto i te histogram, te tūtohi mirumiru, me etahi atu penei i raro nei.
Cis-whakaarohia ira o DE-lncRNA whakarangatira tātaritanga -Bubble chart
3. Ma te whakataurite i te roa, te tau exon, te ORF me te nui o te whakahuatanga o te mRNA me te lncRNA, ka mohio tatou ki nga rereketanga o te hanganga, te raupapa me era atu mea kei waenganui i a raatau, me te tirotiro ano mena kei te rite te pukapuka lncRNA i tohuhia e tatou ki nga ahuatanga whanui.
Take BMK
Ko te whakaaturanga korero lncRNA kua whakakorehia i roto i nga adenocarcinomas ngongo kiore me te KRAS-G12D te whakarereke me te P53 knockout
Whakaputaina:Journal of Cellular and Molecular Medicine，2019
Rautaki raupapa
Maramarama
Kohinga tauira
Ko te NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) pūtau me te mana kino (sh-Scr) pūtau i whiwhi i te ra 6 o te mate viral motuhake.
Nga hua matua
Ka tirotirohia e tenei rangahau nga lncRNA kua puta kee i roto i te adenocarcinoma pukahukahu kiore me te patoto P53 me te whakarereketanga KrasG12D.
1.6424 lncRNAs he rereke te whakaatu (≥ 2-tiki huringa, P <0.05).
2.I roto i te 210 lncRNAs(FC≥8), 11 lncRNAs' whakapuakitanga i whakaritea e P53, 33 lncRNAs e KRAS me 13 lncRNAs e hypoxia i roto i nga pūtau KP tuatahi, ia.
Ko te 3.NONMMUT015812, he mea tino pai ake te whakahaere i roto i te adenocarcinoma paru kiore me te whakahaere kino e te P53 re-expression, i kitea hei tātari i tana mahi pūkoro.
4. Ko te turakitanga o NONMMUT015812 e nga shRNA i heke te tipu me te kaha heke o nga pūtau KP.NONMMUT015812 he oncogene pea.
 Ko te tātaritanga ara KEGG o nga ira rerekee e whakaatuhia ana i roto i nga pūtau KP NONMMUT015812-knockdown |  Ira Ontology tātaritanga o nga ira rereke rereke i roto i nga pūtau KP NONMMUT015812-knockdown |
Tohutoro
Ko te whakaaturanga korero lncRNA kua whakakorehia i roto i nga adenocarcinomas ngongo kiore me te KRAS-G12D te whakarereke me te P53 knockout [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
