-
Te tātaritanga o te roopu genome-wide
Ko te rangahau hononga ira-whanui (GWAS) e whai ana ki te tautuhi i nga momo ira (genotype) e hono ana ki nga ahuatanga motuhake (phenotype).Ko te rangahau a GWAS he tirotiro i nga tohu ira e whakawhiti ana i te ira katoa o te maha o nga tangata takitahi me te matapae i nga hononga tohu-ira ma te tātari tauanga i te taumata taupori.Kua whakamahia nuitia i roto i te rangahau mo nga mate tangata me te keri ira mahi mo nga ahuatanga uaua o nga kararehe, tipu ranei.
-
Te raupapa RNA karihi kotahi
Ko te anga whakamua i roto i te hopu putau kotahi me te tikanga hanga whare pukapuka takitahi me te whakahiatotanga teitei ka taea e nga rangahau whakaputanga ira i runga i te puutau-a-waa.Ka taea e ia he tātaritanga punaha hohonu me te whakaoti mo nga taupori pūtau uaua, ka karo i te huna i o raatau momo rereke ma te tango toharite o nga pūtau katoa.
Heoi ano, karekau etahi o nga pūtau e pai ki te hanga hei whakatārewatanga pūtau-kotahi, no reira me etahi atu tikanga whakarite tauira – te tangohanga karihi mai i nga kopa, ara, ka tangohia tika te karihi mai i nga kopa, i te pūtau ranei ka rite ki te whakatārewatanga karihi kotahi mo te kotahi- raupapa pūtau.
Ka whakaratohia e BMK te 10 × Genomics Chromium TM i runga i te ratonga raupapa RNA pūtau kotahi.Kua whakamahia nuitia tenei ratonga i roto i nga rangahau mo nga rangahau e pa ana ki nga mate, penei i te rereketanga o nga pūtau aukati, te rerekee o te puku, te whanaketanga o te kiko, me era atu.
Te maramara tuhi mokowhiti: 10× Genomics
Paerewa: Illumina NovaSeq 6000
-
Te Whakaraupapa Ira Katoa Te Tipu/Karehe
Ko te raupapa-a-ira-ira katoa, e mohiotia ana ko WGS, ka taea te whakaatu i nga rerekee noa me te onge i runga i te ira katoa tae atu ki te Single Nucleotide Polymorphism (SNP), te Whakamuku Whakauru (InDel), te rereketanga o te Hanganga (SV), me te Rerekē Tau Tārua (CNV). ).Ko nga SV he waahanga nui ake o te turanga rereke atu i nga SNP, he nui ake te paanga ki te genome, he nui te paanga ki nga rauropi ora.Ko te panui-roa ka taea te tautuhi tika ake i nga kongakonga nui me nga rereketanga uaua na te mea he maamaa ake te panui o te chromosomal ki nga rohe uaua penei i te tukuruatanga o te tandem, nga rohe whai rawa GC/AT, me nga rohe rerekee.
Paerewa: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Transcriptome Mokowā
Ko te whakahaere mokowā o ngā pūtau e whai wāhi nui ana i roto i ngā momo hātepe koiora, penei i te kuhu mai o te mate, te whanaketanga o te kukune, me era atu.Na te whakawhanaketanga o te hangarau, me ako te ahua o te kiko ultra-marama me te tino rerekeetanga hanganga o te whakaaturanga rapoi mokowhiti me te taumira teitei ake.E whakarato ana a BMKGENE i te ratonga whakamaarama mokowhiti mokowhiti, kotahi-mutu mai i nga tauira ki nga tirohanga koiora.
I whakamanahia e nga hangarau whakawhiti mokowhiti nga tirohanga hou i roto i nga waahi rangahau kanorau ma te whakatau i te whakaaturanga whakaaturanga ira me nga ihirangi mokowā i roto i nga tauira rereke.
maramara tuhi mokowā: BMKMANU S1000
Paerewa: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Ko te Visium Spatial Gene Expression he hangarau whakahiato mokowhiti mokowhiti auraki mo te whakarōpū kiko i runga i te mRNA katoa.Maherehia te katoa o te tuhinga me te horopaki tikanga kia kitea nga tirohanga hou mo te whanaketanga noa, te mate mate, me te rangahau whakamaori haumanu.E whakarato ana a BMKGENE i te ratonga whakamaarama mokowhiti mokowhiti, kotahi-mutu mai i nga tauira ki nga tirohanga koiora.
Ko nga hangarau whakawhiti mokowā i whakamanahia nga tirohanga hou i roto i nga waahi rangahau kanorau ma te whakatau i te whakaaturanga whakaaturanga ira me nga ihirangi mokowā i roto i nga tauira rereke..
Te maramara tuhi mokowhiti: 10x Genomics Visium
Pūhara:Illumina NovaSeq 6000
-
Te Whakaraupapa mRNA-Nanopore
Ko te raupapa RNA he taputapu utu nui mo te tātaritanga tuhinga whanui.He pono, he maha nga whanaketanga nui i tutuki i te raupapa panui-poto tuku iho i konei.Heoi ano, he maha nga wa ka tutakina e ia nga herenga i roto i nga taatai isoform roa-katoa, te inenga, te piro PCR.
Ko te raupapa Nanopore he rerekee mai i etahi atu papahanga raupapa, na te mea ka panui tika nga nucleotides me te kore te whakahiato DNA me te whakaputa panui roa ki te tekau kilobasase.Ma tenei ka whakamanahia te panui-a-waho ki te whakawhiti i nga tuhinga roa me te tarai i nga wero i roto i nga rangahau taumata-isoform.
Paerewa：Nanopore PromethION
Whare Pukapuka:cDNA-PCR
-
Te raupapa mRNA roa-katoa -PacBio
De novote raupapa tuhinga roa-katoa, e mohiotia ana anoDe novoKa whai a Iso-Seq nga painga o te PacBio sequencer i roto i te roanga panui, e taea ai te raupapa o nga ngota ngota cDNA roa-katoa kaore he pakaru.Ka karohia katoatia nga hapa i mahia i roto i nga waahanga whakahiato tuhinga me te hanga i nga huinga unigene me te taumira taumata-isoform.Ko tenei huinga unigene e whakarato ana i nga korero ira kaha hei "tohu tohutoro" i te taumata-whakawhiti.I tua atu, ko te whakakotahi me nga raraunga raupapa reanga e whai ake nei, ka whakamanahia e tenei ratonga te inenga tika o te whakaaturanga taumata-isoform.
Paerewa: PacBio Sequel IIWhare Pukapuka: SMRT bell library -
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
Ko te raupapa mRNA ka taea te whakaatu i nga mRNA katoa i tuhia mai i nga pūtau i raro i nga tikanga motuhake.He hangarau kaha mo te whakakite i te ahua o te whakaaturanga ira, nga hanganga ira me nga tikanga ngota o etahi tukanga koiora.I tenei wa, kua whakamahia nuitia te raupapa mRNA i roto i nga rangahau taketake, nga taatai haumanu, te whanaketanga tarukino, aha atu.
Paerewa: Illumina NovaSeq 6000
-
Kore-Reference based mRNA Sequencing-Illumina
Ko te raupapa mRNA ka whakamahi i nga tikanga raupapa whakatipuranga (NGS) hei hopu i te karere RNA(mRNA) te ahua Eukaryote i te waa motuhake e mahi ana etahi mahi motuhake.Ko 'Unigene' te ingoa o te tuhinga roa rawa atu i honoa, ka whakamahia hei raupapa tohutoro mo te tātaritanga o muri, he huarahi whai hua ki te ako i te tikanga ngota me te kupenga ture o te momo kaore he tohutoro.
Whai muri i te huihuinga raraunga whakawhiti me te tuhipoka mahi unigene
(1)Ko te tātaritanga SSR, te matapae CDS me te hanganga ira ka mahia i mua.
(2) Ka mahia te inenga o nga korero unigene i ia tauira.
(3) Ka kitea nga unigenes rereke i waenga i nga tauira (rōpū ranei) i runga i te korero unigene.
(4) Ka mahia te whakarōpūtanga, te tuhi korero me te whakarangatiratanga o nga unigenes rerekee.
-
Roa-kore-waehere raupapa-Illumina
Ko nga RNA kore-waehere roa (lncRNAs) he momo ngota ngota RNA me te roa neke atu i te 200 nt, e tohuhia ana na te iti rawa o te tohu tohu.Ko te LncRNA, he mema matua mo nga RNA kore-waehere, ka kitea te nuinga i roto i te karihi me te plasma.Ko te whakawhanaketanga o te hangarau raupapa me te bioinformtics ka taea te tautuhi i te maha o nga lncRNA hou me te hono atu ki era e whai ana i nga mahi koiora.Ko nga taunakitanga whakahiato e whakaatu ana ko te lncRNA e whai waahi nui ana ki te ture epigenetic, te ture tuhi me te ture i muri i te tuhi.
