10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Kaupapa Hangarau
Ngā āhuatanga
● Whakatau: 100 µM
● Te Taonenga Wahi: 55 µM
● Te maha o nga waahi: 4992
● Te horahanga hopu: 6.5 x 6.5 mm
● Ko ia waahi tohu ka utaina ki nga waahanga tuatahi e 4 nga waahanga:
- poly(dT) hiku mo te mRNA priming me te cDNA synthesis
- Tautuhi Molecular Unique (UMI) hei whakatika i te rītaha whakakaha
- Waehere pae mokowā
- Te raupapa herenga o te panui wahanga 1 te raupapa tuatahi
● Waiwai H&E o nga waahanga
Nga painga
●Ratonga Kotahi: ka whakauru i nga wheako katoa me nga mahi e pa ana ki nga pukenga, tae atu ki te wehewehe tangihanga, te whakakoi, te arotautanga o te kiko, te tohu tohu mokowhiti, te whakarite whare pukapuka, te raupapa me te bioinformatics.
● Tiima Hangarau tino mohio: me te wheako ki runga i te 250 momo kiko me te 100+ momo tae atu ki te tangata, kiore, whakangote, ika me nga tipu.
●Whakahōu wā-tūturu mo te Kaupapa Katoa: me te mana katoa o te ahunga whakamua whakamatautau.
●Matawhānui Paerewa Bioinformatics:Kei roto i te kete 29 tātaritanga me te 100+ o te kounga teitei.
●Te Tatari Raraunga Whakaritea me te Whakaaturanga: e wātea ana mo nga tono rangahau rereke.
●Kōwhiringa Tātari Hononga me te Whakaraupapa mRNA pūtau-kotahi
Whakatakotoranga
| Nga Whakaritenga Tauira | Whare Pukapuka | Rautaki raupapa | Raraunga e taunaki ana | Mana Kounga |
| Ko nga tauira cryo kua whakauruhia ki te OCT (Tamita tino pai: tata ki te 6x6x6 mm³) 2 poraka mo ia tauira | 10X Visium cDNA whare pukapuka | Ilumina PE150 | 50K PE panui mo ia waahi (60Kb) | RIN> 7 |
Mo te roanga atu o nga korero mo te aratohu whakarite tauira me te rerenga mahi ratonga, tena koa korero ki atohunga BMKGENE
Rerengamahi Ratonga
I roto i te waahanga whakarite tauira, ka mahia he whakamatautau tangohanga RNA nuinga tuatahi kia taea ai te whiwhi RNA kounga teitei. I roto i te waahanga arotautanga kiko ka pokea nga waahanga ka whakaatahia, ka whakatikahia nga tikanga mo te tuku mRNA mai i te kiko. Ka whakamahia te kawa kua arotautia i te wa e hanga ana i te whare pukapuka, ka whai i te raupapatanga me te tātari raraunga.
Ko te rerenga mahi ratonga ka uru ki nga whakahoutanga wa-tūturu me nga whakapumautanga a te kiritaki kia mau tonu ai te urupare urupare, kia pai ai te mahi kaupapa.
Kei roto ko te tātaritanga e whai ake nei:
Mana Kounga Raraunga:
o Putanga raraunga me te tohatoha kaute kounga
o Te kitenga ira mo ia waahi
o Te kapi o te kopa
Tātari-tauira-roto:
o Taonga ira
o Whakarapu wahi, tae atu ki te tātari inenga iti
o Te tātari korero rereke i waenga i nga tautau: te tautuhi i nga ira tohu
o Te tuhi korero me te whakarangatira i nga ira tohu
Te tātari i waenga-rōpū
o Te whakakotahi ano i nga waahi mai i nga tauira e rua (hei tauira. te mate me te whakahaere) me te kapoipu ano
o Te tautuhi i nga ira tohu mo ia tautau
o Te tuhi korero me te whakarangatira i nga ira tohu
o Whakaaturanga Rerekētanga o te kāhui kotahi i waenga i nga roopu
Tātari-tauira-roto
Whakarapu wahi
Te tautuhi ira tohu me te tohatoha mokowā
Te tātari i waenga-rōpū
Pahekotanga raraunga mai i nga roopu e rua me te kapoipu ano
Nga ira tohu o nga tautau hou
Tuwherahia nga ahunga whakamua i mahia e te ratonga mokowhiti a BMKGene na 10X Visium I roto i enei whakaputanga rongonui:
Chen, D. et al. (2023) 'mthl1, he Drosophila homologue pea o nga GPCR adhesion mammalian, kei roto i nga tauhohenga antitumor ki nga pūtau oncogenic i werohia i roto i nga namu',Nga Mahi a te National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), wh. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'Ka taea e STEEL te whakatauira teitei o nga raraunga whakawhiti mokowhiti',Nga korero mo te Bioinformatics, 24(2), api 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) 'He atlas spatiotemporal o te organogenesis i te whanaketanga o nga puawai orchid',Rangahau Waikawa Nucleic, 50(17), wh.9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) 'Ko te Whakakotahi i te Transcriptomic Spatial and Single-nucleus RNA Sequencing e whakaatu ana i nga Rautaki Whakaora Pumanawa mo te Uterine Leiomyoma',International Journal of Biological Sciences, 19(8), api 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
