Ösümlik / Haýwan De novo Genom yzygiderliligi
Hyzmat artykmaçlyklary
Içinde yzygiderli platformalary we bioinformatikany ösdürmekde novogen ýygnamak
(Amarasinghe SL we başg.,Genom biologiýasy, 2020)
ØTäze genomlary gurmak we gyzyklanma görnüşleri üçin bar bolan salgylanma genomyny gowulandyrmak.
ØGurluşda has ýokary takyklyk, dowamlylyk we dolylyk
ØYzygiderli polimorfizm, QTL-ler, gen redaktirlemek, köpeltmek we ş.m. gözleg üçin esasy çeşmäni gurmak.
ØÜçünji nesil yzygiderli platformalaryň doly spektri bilen enjamlaşdyrylan: bir gezeklik genom ýygnamak çözgüdi
ØDürli aýratynlyklary bolan dürli genomlary ýerine ýetirýän çeýe yzygiderlilik we ýygnamak strategiýalary
ØPoliploidler, äpet genomlar we ş.m. ýaly çylşyrymly gen ýygnamaklarynda uly tejribesi bolan ýokary hünärli bioinformatik topary.
Ø900-den gowrak jemlenen neşir edilen täsir faktory bilen 100-den gowrak üstünlikli ýagdaý
ØHromosoma derejesindäki gen ýygnamak üçin 3 aý çalt aýlanmak.
ØSynag tarapynda we bioinformatikada birnäçe patent we programma üpjünçiliginiň awtorlyk hukuklary bilen berk tehniki goldaw.
Hyzmat aýratynlyklary
| Yzygiderlilik tertibi | Kitaphana | Maslahat berilýän çuňluk | Takmynan öwrüm wagty | Assambleýa |
| PacBio HiFi | 15-30 kb | Pleönekeý genom ≥ 30 X. Çylşyrymly genom ≥ 60 X. | Gurnamak we genom düşündirişleri üçin 3 -6 aý (görnüşlere baglylykda) | Contig N50 ≥ 2 Mb (görnüşlere baglylykda) |
| PacBio CLR | 20 kb, 30 kb | Simönekeý genom ≥ 100 X. Çylşyrymly genom ≥ 150 X. | ||
| Nanopore | 20-50 kb |
Bioinformatika derňewi
ügenomyň yzygiderliligi
üEsasy jaň
üHil gözegçiligi we ýalňyşlygy düzetmek
üDe novo assambleýasy
üAssambleýany arassalamak
üGen çaklamasy
üGenomyň düşündirişi
üAşakdaky derňewler
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary:
| Görnüşleri | Dokma | PacBio üçin | Nanopore üçin |
| Haýwanlar | Wisseral organlar (bagyr, dalak we ş.m.) | ≥ 1,0 gr | ≥ 3,5 gr |
| Muskul | ≥ 1.5 gr | ≥ 5.0 gr | |
| Süýdemdirijileriň gany | ≥ 1,5 ml | ≥ 5.0 ml | |
| Balyklaryň ýa-da guşlaryň gany | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Ösümlikler | Täze ýapraklar | ≥ 1.5 gr | ≥ 5.0 gr |
| Haýwan ýa-da baldak | ≥ 3,5 gr | ≥ 10.0 gr | |
| Kökler ýa-da tohumlar | ≥ 7.0 gr | ≥ 20.0 gr | |
| Öýjükler | Öýjük medeniýeti | ≥ 3 × 107 | ≥ 1 × 108 |
Maslahat berilmegi maslahat berilýär
Konteýner: 2 ml sentrifuga turbasy (Galaýy folga maslahat berilmeýär)
Nusgalaryň köpüsi üçin etanolda saklamazlygy maslahat berýäris.
Nusga belgilemesi: Nusgalar anyk bellik edilmeli we tabşyrylan nusga maglumat formasyna birmeňzeş bolmaly.
Ibermek: Gury buz: Nusgalary ilki sumkalara gaplamaly we gury buzda jaýlamaly.
Hyzmat işiniň akymy
Synag dizaýny
Mysal üçin gowşuryş
DNK çykarmak
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
* Bu ýerde görkezilen demo netijeleri, Biomarker Technologies bilen neşir edilen genomlardan
1.Hromosoma derejesindäki gen ýygnamagyndaky sirklerG. rotundifoliumNanopore yzygiderlilik platformasy tarapyndan
Wang M we başg.,Molekulýar biologiýa we ewolýusiýa, 2021
2. Weining çowdary genomyny ýygnamagyň we düşündirişiň statistikasy
Li G we başgalar,Tebigat genetikasy, 2021
3.Geniň çaklamasySechium eduleüç çaklama usulyndan alnan genom:De nowoçaklama, gomologiýa esasly çaklama we RNA-Seq maglumatlary esasly çaklama
Fu A we başg.,Bagbançylyk boýunça gözleg, 2021
4. Üç pagta genomynda bitewi uzyn terminalyň gaýtalanmagyny kesgitlemek
Wang M we başg.,Molekulýar biologiýa we ewolýusiýa, 2021
5.Hi-C ýylylyk kartasyC. akuminatagenomyň hemme taraplaýyn täsirini görkezýän genom.“Hi-C” täsirleriniň intensiwligi kontigleriň arasyndaky çyzykly aralyga proporsionaldyr.Bu ýylylyk kartasyndaky arassa göni çyzyk, hromosomlardaky kontigleriň ýokary takyk labyryny görkezýär.(Contig labyr gatnaşygy: 96.03%)
kang M we başg.,Tebigat aragatnaşyklary,2021-nji ýyl
BMK meselesi
Qualityokary hilli gen ýygnamak, çowdary genom aýratynlyklaryny we agronomiki taýdan möhüm genleri görkezýär
Çap edilen: Tebigat genetikasy, 2021
Yzygiderlilik strategiýasy:
Genom ýygnamak: 20 kb kitaphanasy bolan PacBio CLR re modeimi (497 Gb, takmynan 63 ×)
Yzygiderliligi düzetmek: Illumina platformasynda 270 bp DNK kitaphanasy bolan NGS (430 Gb, takmynan 54 ×).
Gämi duralgasy: Illumina platformasyndaky Hi-C kitaphanasy (560 Gb, takmynan 71 ×)
Optiki karta: (779.55 Gb, takmynan 99 ×) Bionano Irys-da
Esasy netijeler
1. Weining çowdary genomynyň ýygnagynda umumy gen ululygy 7,74 Gb (akym sitometriýasy boýunça çak edilýän genomyň 98,74%) çap edildi.Bu ýygnagyň skaf N50 1,04 Gb gazandy.Kontigleriň 93,67% -i 7 sany pseudo-hromosoma üstünlikli dakyldy.Bu gurnama baglanyşyk kartasy, LAI we BUSCO bilen baha berildi, netijede ähli bahalandyrmalarda ýokary bal gazanyldy.
2. Deňeşdiriji genomika, genetiki baglanyşyk kartasy, transkriptomika boýunça goşmaça barlaglar bu geniň esasynda geçirildi.Genom bilen baglanyşykly gen köpeltmeleri we olaryň krahmal biosintez genlerine täsiri ýaly genom aýratynlyklary bilen baglanyşykly birnäçe häsiýet ýüze çykaryldy;Çylşyrymly prolamin lokiniň fiziki tertibi, irki sözbaşy häsiýetiniň esasy gen geni aňlatma aýratynlyklary we öý hojalygy bilen baglanyşykly hromosomal sebitler we çowdaryndaky loki.
 Weining çowdary genomynyň genom aýratynlyklary barada sirk diagrammasy |  Çowdary genomynyň ewolýusiýa we hromosoma sintezi analizleri |
Li, G., Wang, L., Yangang, J.we ş.m.Qualityokary hilli gen ýygnamak, çowdary genom aýratynlyklaryny we agronomiki taýdan möhüm genleri görkezýär.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
