Doly uzynlykdaky mRNA yzygiderliligi-Nanopore
Hyzmat artykmaçlyklary
ØPes yzygiderlilik
ØDoly uzynlykdaky CDNA molekulalaryny açmak
ØBirmeňzeş ýazgylary ýapmak üçin az maglumat gerek
ØBir gen üçin birnäçe izoformy kesgitlemek
ØIzoform derejesinde aňlatma mukdary
Hyzmat aýratynlyklary
| Kitaphana | Platforma | Maslahat berilýän maglumat hasyly (Gb) | Hil barlagy |
| cDNA-PCR (Poly-A baýlaşdyrylan) | Nanopore PromethION P48 | 4 Gb / nusga (görnüşlere baglylykda) | Doly uzynlyk gatnaşygy ＞ 70% Ortaça hil bal: 10-njy sorag
|
Bioinformatika derňewi
ü Çig maglumatlary gaýtadan işlemek
üTranskripsiýany kesgitlemek
üAlternatiw bölünişik
üGen derejesinde we izoform derejesinde aňlatma mukdary
üDifferensial aňlatma derňewi
üFunksiýa düşündiriş we baýlaşdyryş (DEGs we DETs)
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary:
Nukleotidler:
| Arassalyk | Bütewilik | Mukdary |
| OD260 / 280≥1.8 ； OD260 / 230≥1.0 26 260 nm-de iň ýokary derejäni arassalaň ýa-da jelde görkezilen belok ýa-da DNK hapalanmasy ýok. | Ösümlikler üçin: RIN≥7.5; Haýwanlar üçin: RIN≥8; 28S / 18S≥1.0; çäkli ýa-da esasy beýiklik ýok; | Kons.≥40 ng / μl; Jemi ≥ 1 μg |
Dokumasy: Agramy (gury): ≥1 gr
* 5 mg-dan kiçi dokumalar üçin doňdurylan (suwuk azotda) dokuma nusgasyny ibermegi maslahat berýäris.
Öýjügiň togtadylmagy: Öýjükleriň sany = 3 × 106- 1 × 107
* Doňdurylan öýjükli lizaty ibermegi maslahat berýäris.Öýjük 5 × 10-dan kiçi hasaplansa5, suwuk azotda doňdurylan fleş maslahat berilýär, bu mikro çykarmak üçin has amatly.
Ganyň nusgalary: Volume≥1 ml
Maslahat berilmegi maslahat berilýär
Konteýner: 2 ml sentrifuga turbasy (Galaýy folga maslahat berilmeýär)
Mysal belgilemesi: Topar + köpeltmek, mysal üçin A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Iberiş: 1. Gury buz: Nusgalary sumkalara gaplamaly we gury buzda jaýlamaly.
- RNK durnuk turbalary: RNK nusgalary RNK durnuklaşdyryjy turbada guradylyp bilner (mysal üçin RNAstable®) we otag temperaturasynda iberilip bilner.
Hyzmat işiniň akymy
Mysal üçin gowşuryş
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
Hyzmat işiniň akymy
Synag dizaýny
Mysal üçin gowşuryş
RNK çykarmak
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
1.Differensial aňlatma derňewi -Wolkan sýu ploteti
Differensial aňlatma derňewi, diferensial beýan edilen genleri (DEG) kesgitlemek üçin iki gen derejesinde we diferensial kesgitlemek üçin izoform derejesinde gaýtadan işlenip bilner.
beýan edilen ýazgylar (DET)
2.Iýerarhiki toparlanyş ýylylyk kartasy
3.Alternatiw bölünişi kesgitlemek we klassifikasiýa
Astalawista tarapyndan alternatiw bölüniş hadysalarynyň bäş görnüşini çaklamak mümkin.
4.Alternatiw poli-adenilasiýa (APA) hadysalary kesgitlemek we poli-A-nyň 50 bp ýokary akymynda Motif
BMK meselesi
Nanopore doly uzynlykly transkriptom yzygiderliligi boýunça alternatiw bölüniş kesgitlemesi we izoform derejesindäki mukdar
Çap edilen:Tebigat aragatnaşyklary, 2020
Yzygiderlilik strategiýasy:
Toparlamak: 1. CLL-SF3B1 (WT);2. CLL-SF3B1 (K700E mutasiýa);3. Adaty B öýjükleri
Yzygiderlilik strategiýasy: MinION 2D kitaphananyň yzygiderliligi, PromethION 1D kitaphananyň yzygiderliligi;şol bir nusgalardan gysga okalýan maglumatlar
Yzygiderlilik platformasy: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;
Esasy netijeler
1.Isoform derejesindäki alternatiw bölüniş kesgitlemesi
Uzak okalýan yzygiderlilik mutant SF3B1-ni kesgitlemäge mümkinçilik berýärK700Eizoform derejesinde üýtgedilen bölek sahypalary.35 alternatiw 3′SS we 10 alternatiw 5′SS SF3B1 arasynda ep-esli bölünen tapyldy.K700Ewe SF3B1WT.35 üýtgeşmäniň 33-si uzak wagtlap okalýan yzygiderlilik bilen täze açyldy.
2.Isoform derejeli alternatiw bölüniş mukdary
SF3B1-de intron saklamagyň (IR) izoformlarynyň beýanyK700Ewe SF3B1WTnanopore yzygiderliligine esaslanyp, SF3B1-de IR izoformlarynyň global kadalaşdyrylyşyny ýüze çykardyK700E.
Salgylanma
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV we ş.m.Dowamly lenfositik leýkozda SF3B1 mutasiýa-nyň doly uzynlykly transkripsiýasy, saklanylýan içegeleriň kadalaşdyrylmagyny görkezýär [J].Tebigat aragatnaşyklary.
