Hytaýda salgylanma däl mRNA yzygiderliligi-Illumina zawody we öndürijileri |BMK

Salgylanma däl mRNA yzygiderliligi-Illumina

Non-Reference based mRNA sequencing-Illumina Featured Image

mRNA yzygiderliligi, käbir ýörite funksiýalaryň işjeňleşýän wagtynda habarçy RNA (mRNA) görnüşini Eukaryote almak üçin indiki nesil yzygiderlilik usulyny (NGS) kabul edýär.Bölünen iň uzyn transkripsiýa “Unigene” diýlip atlandyryldy we soňraky derňew üçin salgylanma yzygiderliligi hökmünde ulanyldy, bu görnüşleriň molekulýar mehanizmini we kadalaşdyryjy ulgamyny salgylanmazdan öwrenmegiň täsirli serişdesi.

Transkriptorly maglumatlary ýygnamakdan we birmeňzeş funksional düşündirişden soň

(1) SNP derňewi, SSR derňewi, CDS çaklamasy we gen gurluşy öňünden düzüler.

(2) Her nusgada birmeňzeş aňlatmanyň mukdary ýerine ýetiriler.

(3) Nusgalaryň (ýa-da toparlaryň) arasynda tapawutly beýan edilen ýerli ilat birmeňzeş aňlatma esasynda tapylar

(4) Differensial beýan edilen ýerli ilatyň toparlanmagy, funksional düşündirişleri we baýlaşdyryş derňewi geçiriler

Biz bilen habarlaşyň

Hyzmat maglumatlary

Bioinformatika

Demo netijeleri

Okuw nusgasy

Aýratynlyklary

ØIslendik genomdan garaşsyz,

ØMaglumatlar ýazgylaryň gurluşyny we aňlatmasyny seljermek üçin ulanylyp bilner

ØÜýtgeýän kesiş ýerlerini kesgitläň

Hyzmat artykmaçlyklary

ØBMKCloud esasly netijäni bermek: Netijeler maglumatlar faýly we BMKCloud platformasynyň üsti bilen interaktiw hasabat hökmünde berilýär, bu bolsa adaty bioinformatika derňewi esasynda çylşyrymly derňew netijelerini we ýöriteleşdirilen maglumatlary gazyp almak üçin ulanyjylara amatly okamaga mümkinçilik berýär.

ØSatuwdan soňky hyzmatlar: Satuwdan soňky hyzmatlar, taslama tamamlanandan soň 3 aýlap dowam eder, şol sanda taslamalary yzarlamak, näsazlyklary düşürmek, sorag-jogap netijeleri we ş.m.

Nusga talaplary we gowşuryş

Nusga talaplary:

Nukleotidler:

Arassalyk	Bütewilik	Hapalanmak	Mukdary
OD260 / 280≥1.7-2.5 ； OD260 / 230≥0.5-2.5 ；	Ösümlikler üçin: RIN≥6.5;Haýwanlar üçin: RIN≥7;28S / 18S≥1.0;çäkli ýa-da esasy belentlik ýok	Gelde görkezilen belok ýa-da DNK bilen çäklendirilen ýa-da ýok.	Kons.≥30 ng / μl;Tom ≥ 10 μl;Jemi ≥ 1.5 μg

Dokumasy: Agramy (gury): ≥1 gr
* 5 mg-dan kiçi dokumalar üçin doňdurylan (suwuk azotda) dokuma nusgasyny ibermegi maslahat berýäris.

Öýjügiň togtadylmagy: Öýjükleriň sany = 3 × 10⁷
* Doňdurylan öýjükli lizaty ibermegi maslahat berýäris.Öýjük 5 × 10-dan kiçi hasaplansa⁵, suwuk azotda doňdurylan fleş maslahat berilýär.

Ganyň nusgalary:
PA × genBloodRNATube;
6mLTRIzol we 2mL gan (TRIzol: Gan = 3: 1)

Maslahat berilmegi maslahat berilýär

Konteýner:
2 ml sentrifuga turbasy (Galaýy folga maslahat berilmeýär)
Mysal belgilemesi: Topar + köpeltmek, mysal üçin A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Iberiş:
1.Gury buz: Nusgalary sumkalara gaplamaly we gury buzda jaýlamaly.
2.RNA durnukly turbalar: RNK nusgalary RNK durnuklaşdyryjy turbada guradylyp bilner (mysal üçin RNAstable®) we otag temperaturasynda iberilip bilner.

Hyzmat işiniň akymy

Synag dizaýny

Mysal üçin gowşuryş

RNK çykarmak

Kitaphana gurluşygy

Yzygiderlilik

Maglumatlaryň derňewi

Satuwdan soňky hyzmatlar

Öňki: Uzyn kodlaşdyrylmaýan yzygiderlilik-Illumina

Indiki: Eukariotik mRNA yzygiderliligi-Illumina

Bioinformatika

1.mRNA (denowo) Assambleýanyň ýörelgesi

Üçbirlik tarapyndan okalýanlar, K-mer diýlip atlandyrylýan kiçi böleklere bölünýär.Soňra bu “K-mers” tohumlar hökmünde kontiglere uzaldylyp, soňra bolsa gapma-garşylyklaryň üst-üstündäki komponentlere esaslanýar.Ahyrynda komponentlerdäki ýazgylary tanamak üçin De Bruijn ulanyldy.

mRNA-(De-novo)-Overview-of-Trinity

mRNA (De novo) Üçbirlige syn

2.mRNA (De novo) Geniň aňlatma derejesiniň paýlanyşy

RNA-Seq gen aňlatmasyna ýokary duýgur baha bermegi başarýar.Adatça, FPKM transkripsiýalaryň kesgitlenýän diapazony 10 ^ -2-den 10 ^ 6 aralygynda bolýar

mRNA-(De-novo)-Distribution-of-FPKM-density-in-each-sample

mRNA (De novo) FPKM dykyzlygynyň her nusgada paýlanyşy

3.mRNA (De novo) GO DEG-leriň baýlaşdyryş derňewi

GO (Gen Ontologiýa) maglumat bazasy gen we gen önümleriniň funksiýalarynyň adaty söz düzümini öz içine alýan gurluşly biologiki düşündiriş ulgamydyr.Birnäçe derejäni öz içine alýar, bu dereje näçe pes bolsa, funksiýalar has anyk bolýar.

mRNA-(De-novo)-GO-classification-of-DEGs-at-second-level

mRNA (De novo) DEG-leriň ikinji derejeli klassifikasiýasy

BMK meselesi

Soganlygyň çişmegi we soganda ösüş döwründe sukroz çalşygynyň transkriptom derňewi (Allium cepa L.)

Çap edilen: ösümlik ylmynda serhetler， 2016

Yzygiderlilik strategiýasy

Illumina HiSeq2500

Nusga ýygnamak

Bu işde ahuta sary süýji Ispaniýa “Y1351” ösdürip ýetişdirildi.Collectedygnalan nusgalaryň sany
Lampanyň çişmeginden (DAS) 15-nji gün (diametri 2 sm we agramy 3–4 gr), 30-njy DAS (diametri 5 sm we agramy 100-110 gr), 40-njy DAS-da ∼3 (diametri 7 sm we 260–300 gram).

Esasy netijeler

1. Wenn diagrammasynda ösüşiň üç jübütinde jemi 146 DEG tapyldy
2. “Uglewod transporty we metabolizma” diňe 585 ýerli ilat (ýagny, COG-nyň 7%) wekilçilik edýärdi.
3. GO maglumatlar bazasyna üstünlikli bellik edilen ýerli ilat lampany ösdürmegiň üç dürli basgançagy üçin üç esasy kategoriýa bölünipdi.“Biologiki proses” esasy kategoriýasynda köplenç “metabolik proses”, soň bolsa “öýjükli proses” boldy.“Molekulýar funksiýanyň” esasy kategoriýasynda iň köp görkezilen iki kategoriýa “hökmany” we “katalitik işjeňlik” boldy.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Ortologiki toparlaryň toparlarynyň gistogrammasy (COG)

Üç ösüş döwründe lampalardan alnan ýerli ilat üçin gen ontologiýasynyň (GO) klassifikasiýasynyň gistogrammasy

Sogan soganlygynyň ösüşiniň islendik iki basgançagynda genleri diferensial görnüşde görkezýän Wenn diagrammasy

Salgylanma

Zhang C, Zhang H, Zhan Z we ş.m.Soganlygyň çişmegi we soganda ösüş döwründe sukroz çalşygynyň transkriptom derňewi (Allium cepa L.) [J].Ösümlik ylmynyň serhetleri, 2016, 7: 1425-.DOI: 10.3389 / fpls.2016.01425