16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Hyzmat artykmaçlyklary
Ø16S / 18S / ITS-iň doly yzygiderliligini açyp görkezýän uzak okalýan
ØPacBio CCS re modeiminiň yzygiderliligi bilen ýokary takyk jaň
ØOTU / ASV düşündirişinde görnüşleriň derejesi
ØIň soňky QIIME2 maglumat bazasy, düşündiriş, OTU / ASV nukdaýnazaryndan dürli analizler bilen akymy seljerýär.
ØDürli mikrob jemgyýetini öwrenmek üçin ulanylýar
ØBMK ýylda 100 000-den gowrak nusga topragy, topragy, suwy, gazy, palçygy, zaýalary, içegeleri, derini, fermentasiýa çorbasyny, mör-möjekleri, ösümlikleri we ş.m. öz içine alýan uly tejribä eýedir.
ØBMKCloud 45 şahsylaşdyrylan derňew guralyny öz içine alýan maglumatlary düşündirmegi aňsatlaşdyrdy
Hyzmat aýratynlyklary
| YzygiderlilikPlatforma | Kitaphana | Maslahat berilýän maglumatlaryň hasyllylygy | Takmynan öwrüm wagty |
| PacBio Sequel II | SMRT jaň | 5K / 10K / 30K CCS | 30 gün |
Bioinformatika derňewi
üÇig maglumatlaryň hiline gözegçilik
üOTU toparlanyşy / De-ses (ASV)
üOTU düşündiriş
üAlfa dürlüligi
üBeta dürlüligi
üToparlaýyn derňew
üTejribe faktorlaryna garşy birleşigiň derňewi
üFunksiýa gen çaklamasy
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary:
ÜçinDNK ekstraktlary:
| Mysal görnüşi | Mukdary | Konsentrasiýa | Arassalyk |
| DNK ekstraktlary | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng / μl | OD260 / 280 = 1.6-2.5 |
Daşky gurşaw nusgalary üçin:
| Mysal görnüşi | Maslahat beriş prosedurasy |
| Toprak | Nusga almagyň mukdary: takmynan.5 g;Guradylan maddany ýerden aýyrmaly;Uly bölekleri üwüriň we 2 mm süzgüçden geçiň;Saklamak üçin steril EP-turbada ýa-da sirotube-da Aliquot nusgalary. |
| Zyýanlar | Nusga almagyň mukdary: takmynan.5 g;Saklamak üçin steril EP-turbada ýa-da kriotube-da nusgalary ýygnaň we alikot ediň. |
| Içegäniň mazmuny | Nusgalary aseptiki ýagdaýda gaýtadan işlemeli.Collectedygnanan dokumalary PBS bilen ýuwuň;PBS-ni merkezden gaçyryň we EP-turbalarda çökündileri ýygnaň. |
| Palçyk | Nusga almagyň mukdary: takmynan.5 g;Zakaz etmek üçin steril EP-turbada ýa-da kriotube-da palçyk nusgasyny ýygnaň we alikot ediň |
| Suw adamy | Çeçen suwy, guýy suwy we ş.m. ýaly çäkli mukdarda mikrob bilen nusga almak üçin azyndan 1 L suw ýygnaň we membranada mikroblary baýlaşdyrmak üçin 0,22 mk süzgüçden geçiň.Membranany steril turbada saklaň. |
| Deri | Deriniň ýüzüni steril pagta süpürgiç ýa-da hirurgiki pyçak bilen seresaplyk bilen süpüriň we steril turba salyň. |
Maslahat berilmegi maslahat berilýär
Nusgalary suwuk azotda 3-4 sagat doňduryň we uzak möhletli rezervasiýa üçin suwuk azotda ýa-da -80 dereje saklaň.Gury buz bilen nusga ibermek zerurdyr.
Hyzmat işiniň akymy
Mysal üçin gowşuryş
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
1. V3 + V4 (Illumina) esasly mikrob jemgyýetiniň profiliniň we doly uzynlygyň (PacBio) esasly profiliniň bellik derejesi.
(Tötänleýin saýlanan 30 taslamanyň maglumatlary statistika üçin ulanyldy)
2. Dürli nusga görnüşlerinde görnüşler derejesinde doly uzynlykdaky amplikon yzygiderliliginiň bellik derejesi
3. Görnüşleriň paýlanyşy
4.Filogenetik agaç
BMK meselesi
Arseniň täsiri içege barýeriniň zeperlenmegine we ördeklerde bagryň çişmegine we piroptozyna sebäp bolýan içege-bagyr okunyň işjeňleşmegine sebäp bolýar.
Çap edilen:Jemi daşky gurşaw baradaky ylym,2021-nji ýyl
Yzygiderlilik strategiýasy:
Nusgalar: Dolandyryş vs 8 mg / kg ATO açyk topary
Maglumatlaryň yzygiderliligi: jemi 102,583 çig CCS yzygiderliligi
Dolandyryş: 54,518 ± 747 täsirli CCS
ATO-da görkezilen: 45,050 ± 1675 täsirli CCS
Esasy netijeler
Alfa dürlüligi:ATO täsiri içegäniň mikroblarynyň baýlygyny we ördekleriň dürlüligini ep-esli üýtgedi.
Metastats derňewi:
Filum derejesinde: diňe gözegçilik toparlarynda 2 bakterial phyla tapyldy
Jyns derejesinde: 6 genera degişlilikde bolçulykda düýpgöter tapawutly tapyldy
Görnüşleriň derejesinde: jemi 36 görnüş kesgitlenildi, olaryň 6-sy relýatiw bolçulykda düýpgöter tapawutlanýar
Salgylanma
Thingholm, LB we ş.m."2-nji görnüşli süýji keseli bolan we semiz adamlar dürli içege mikroblarynyň işleýiş ukybyny we düzümini görkezýärler."Öýjük öý eýesi we mikrob26.2 (2019).
