Tutuş transkriptor yzygiderliligi - Illumina
Hyzmat artykmaçlyklary
ØHasaplama, aňlatma we hromosoma esasly degişlilikde aňlatma nukdaýnazaryndan RNK-leriň ähli görnüşlerine baha bermek
ØDifferensial beýan edilen RNK-lary kesgitlemek we degişli aňlatma
ØGen bilelikde aňlatmagyň derňewi
ØceRNA tor derňewi
ØEsasy genler ýol derňewini öz içine alýardy
ØBMKCloud esasly netijäni bermek: Platformada elýeterli maglumatlary gazyp almak.
ØSatuwdan soň hyzmatlar taslama gutarandan soň 3 aý dowam eder
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary:
Nukleotidler:
| Arassalyk | Bütewilik | Hapalanmak | Mukdary |
| OD260 / 280≥1.7-2.5 ； OD260 / 230≥0.5-2.5 ； | Ösümlikler üçin: RIN≥6.5;Haýwanlar üçin: RIN≥7;28S / 18S≥1.0;çäkli ýa-da esasy belentlik ýok | Gelde görkezilen belok ýa-da DNK bilen çäklendirilen ýa-da ýok. | Kons.≥100 ng / μl;Tom ≥ 10 μl;Jemi ≥ 2 μg |
Dokumasy: Agramy (gury): ≥1 gr
* 5 mg-dan kiçi dokumalar üçin doňdurylan (suwuk azotda) dokuma nusgasyny ibermegi maslahat berýäris.
Öýjügiň togtadylmagy: Öýjükleriň sany = 3 × 107
* Doňdurylan öýjükli lizaty ibermegi maslahat berýäris.Öýjük 5 × 105-den kiçi hasaplansa, suwuk azotda doňdurylan fleş maslahat berilýär.
Ganyň nusgalary:
PA × genBloodRNATube;
6mLTRIzol we 2mL gan (TRIzol: Gan = 3: 1)
Maslahat berilmegi maslahat berilýär
Konteýner:
2 ml sentrifuga turbasy (Galaýy folga maslahat berilmeýär)
Mysal belgilemesi: Topar + köpeltmek, mysal üçin A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Iberiş:
1.Gury buz: Nusgalary sumkalara gaplamaly we gury buzda jaýlamaly.
2.RNA durnukly turbalar: RNK nusgalary RNK durnuklaşdyryjy turbada guradylyp bilner (mysal üçin RNAstable®) we otag temperaturasynda iberilip bilner.
Hyzmat işiniň akymy
Synag dizaýny
Mysal üçin gowşuryş
RNK çykarmak
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
Bioinformatika
 |
1. Otnositel aňlatma esasly RNK-laryň ähli görnüşlerine baha bermek
RNK aňlatmasyndaky tapawutlaryň ähmiýeti barada sirkler
2.KegG birleşdirilen ýol ulgamy
Toplumlaýyn KEGG ýol ulgamy
3.ceRNA tor derňewi
ceRNA Tor esasly DE-circRNA-miRNA-mRNA özara täsirleri
BMK meselesi
“CircRNA Expression Pattern” we “ceRNA” we “miRNA - mRNA” torlary, Brassika düşelgesiniň CMS liniýasynda başga ösüşe gatnaşýar
Çap edilen:Halkara molekulýar ylymlar Journalurnaly ，2019
Belli bir wirus ýokançlygynyň 6-njy gününde NONMMUT015812 kakylýan KP (shRNA-2) öýjükleri we otrisatel gözegçilik (sh-Scr) öýjükleri alyndy.
Esasy netijeler
Bu gözleg, “Bcpol97-05A” polima sitoplazma erkek önelgesizligini (CMS), we Brassica campestris L. ssp-da hasylly “Bcajh97-01B” setirini döretdi.chinensis Makino, syn.B. rapa ssp.çinensis, we steril çyzygyň gül pyntyklary bilen hasylly çyzygyň arasyndaky transkripsiýa yzygiderliligi bilen deňeşdirilen RNK aňlatmasyny ýerine ýetirdi.
1. Jemi 31 diferensial beýan edilen (DE) sirkRNA, 47 DE miRNA we 4779 DE mRNA kesgitlenildi.
2. Gen ontologiýasy (GO) derňewi DE genleriniň köpüsiniň polen diwarynyň ösüşine gatnaşandygyny görkezdi
3. DE mRNA-laryň KEGG ýoluny baýlaşdyryş derňewi (önelgelilik çyzygy bilen deňeşdirilende steril çyzykdaky kadalaşdyrylan we kadalaşdyrylan mRNA-lary goşmak bilen) “krahmal we sukrosemetabolizm”, “fenilpropanoid biosintezi” we “pentoza we glýukuronat interkonversiýalary” görkezdi. ”Iň baýlaşdyrylan metabolik ýollary.
 Differensial beýan edilen mRNA-laryň KEGG ýoluny baýlaşdyryş derňewi |  Differensial beýan edilen mRNA-laryň gen ontologiýasy (GO) klassifikasiýasy |  DEcircRNA - DEmiRNA - DEmRNA üç setiň görnüşi |
Salgylanma
Liang Y, Zhang Y, Xu L we ş.m.“CircRNA” aňlatma nusgasy we ceRNA we miRNA - mRNA torlary, Brassika düşelgesiniň CMS liniýasynda başga bir ösüşe gatnaşýar [J].Halkara molekulýar ylymlar Journalurnaly, 2019, 20 (19): 4808-.DOI ： 10.3390 / ijms20194808
