Deňeşdiriji genomika
Hyzmat artykmaçlyklary
ØIň köp talap edilýän sekiz derňewi öz içine alýan toplumlaýyn derňewler bukjasy
ØNetijelere jikme-jik we aňsat düşnükli düşündiriş bilen derňewde ýokary ygtybarlylyk
ØGowy taýýarlanan sanlary çap etmek
ØSkilledokary hünärli bioinformatika topary dürli şahsylaşdyrylan derňew talaplaryny ýerine ýetirýär
ØDerňewde has takyklyk bilen gysga öwrüm wagty;
Ø900-den gowrak ýygnanan täsir ediji faktor bilen 90-dan gowrak üstünlikli iş bilen baý tejribe;
Hyzmat aýratynlyklary
| Takmynan öwrüm wagty | Görnüşleriň sany | Derňew |
| 30 iş güni | 6 - 12 | Gen maşgala toparlary Gen maşgalasynyň giňelmegi we gysylmagy Filogenetik agaç gurluşygy Tapawut wagtyna baha bermek (Galyndylary kalibrlemek zerur) LTR salmagyň wagty (Ösümlikler üçin) Genhli genomyň köpelmegi (Ösümlikler üçin) Saýlaw basyşy Sintezi derňewi |
Bioinformatika derňewi
üGen maşgalasy
üFilogenetika
üTapawut wagty
üSaýlaw basyşy
üSintezi derňewi
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary:
Genomyň yzygiderliligi we ýygnalmagy üçin dokma ýa-da DNK
Haýwanlar üçin:
Muskul (doňdurylan): ≥ 2 g;
Bütin gan (doňmadyk): ml 2 ml (3 kitaphana üçin)
Ösümlikler üçin:
1. Tohumlar (mysal üçin tohumdan ösdürilip ýetişdirilen ýaş nahallar, dokuma medeniýeti ekiş we ş.m.): ähli ýapraklary we ýaş baldaklary ýygnaň;
2. Uly ösümlik: baldak ujuny we baldagyň ujuna ýakyn ilkinji 1 ýa-da 2 täze ýapragy ýygnaň.
* Her nusga üçin maslahat berilýän mukdar ≥ 4 g.(Kitaphana gurluşygy üçin nazaryýet ulanylyşy kitaphana üçin 1 g).
DNK üçin:
| Platforma | Mukdary | Konsentrasiýa | Arassalyk |
| Nanopore | ≥10 μg | ≥ 150 ng / μL | OD260 / 280 = 1.6-2.5 Aç-açan çözgüdiOn-gel: Çäklendirilen zaýalanmak we hapalanmak bilen arassa zolak. |
| PacBio (CCS) | ≥15 μg | ≥ 90 ng / μL |
Maglumatlar
Genom yzygiderliligi faýllary (.fasta) we ýakyndan baglanyşykly görnüşleriň düşündiriş faýllary (.gff3)
Hyzmat işiniň akymy
Synag dizaýny
Mysal üçin gowşuryş
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
*Bu ýerde görkezilen demo netijeleri, Biomarker Technologies bilen neşir edilen genomlardan
1.LTR wagtyny kesgitlemek: Bu şekil, beýleki görnüşler bilen deňeşdirilende, Weining çowdary genomyna LTR-RT-leriň girizilişinde özboluşly bimodal paýlanyşy görkezdi.Iň soňky pik 0,5 million ýyl ozal peýda bolupdy.
Li Guang we başg.,Tebigat genetikasy, 2021
2. Çaýotda filogeniýa we gen maşgalasynyň derňewi (Sechium edule): Çaýotany we gen maşgalasyndaky beýleki 13 görnüşi seljermek bilen, Çaýote ýylan gurçugy (Trichosanthes anguina) bilen has ýakyn baglanyşyklydygy anyklandy.27-45 Mýa töwereginde ýylan gurçugyndan alnan çaýot we 25 ± 4 Mýa çaýotda tutuş genomyň köpelmegi (WGD), cucuibitaceae-de üçünji WGD hadysasydyr.
Fu A we başg.,Bagbançylyk boýunça gözleg, 2021
3.Synteniýa derňewi: Miwe ösmeginde fitohormonlar bilen baglanyşykly käbir genler çaýotda, ýylan gurbagynda we gökde tapyldy.Çaýot bilen gök önümiň arasyndaky baglanyşyk, çaýot bilen ýylan gurbagynyň arasyndaky baglanyşykdan birneme ýokarydyr.
Fu A we başg.,Bagbançylyk boýunça gözleg, 2021
4.Gen maşgalasynyň derňewi: G.Turberi we G.davidsonii genomlarynda gen maşgalasynyň giňelmegi we gysylmagy boýunça KEGG baýlaşdyrylmagy, steroid biosintezi we brassinosteroid biosintezi bilen baglanyşykly genleriň giňeldilendigini görkezdi.
Zang Z we başg.,BMC Biologiýasy, 2021
5.Bu genomyň köpeldilmeginiň derňewi: 4DTV we Ks paýlanyş derňewi, genleriň köpeldilmegi hadysasyny görkezdi.Düşnüksizlikleriň iň ýokary derejesi köpeltmek hadysalaryny görkezdi.Kesgitleriň iň ýokary derejeleri spesifikasiýa hadysalaryny görkezýär.Derňew, beýleki üç ýakyn görnüş bilen deňeşdirilende, O. europaea-nyň soňky döwürde uly göwrümli gen köpeltmesini başdan geçirendigini görkezdi.
Rao G we başgalar.,Bagbançylyk boýunça gözleg, 2021
BMK meselesi
Düwürtiksiz gül: çyglylygyň uýgunlaşmagy bilen baglanyşykly genom düşünjeleri
Çap edilen: Milli ylym syn, 2021
Yzygiderlilik strategiýasy:
'Basye'sTikinsiz'(R.Wichurainan) genom:
Takmynan.93 X PacBio + takmynan.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Esasy netijeler
1. highokary hilli R.wiçuraiana genomy, 530.07 Mb ýygnamagy üpjün edýän uzak okalýan yzygiderlilik usullary bilen guruldy (çaklanylýan genomyň ululygy sitometriýa boýunça takmynan 525,9 Mb, gen gözleginde bolsa 525.5 et Geterozigozit 1,03% töweregi).BUSCO-nyň çaklamasy 93,9% boldy.“Köne gül” (haploOB) bilen deňeşdirilende, bu genomyň hili we dolulygyna esasy ýeke takyklyk we LTR ýygnamak indeksi (LAI = 20.03) bilen tassyklandy.R.wiçuraiana genomynda 32,674 belok kodlaýyş geni bar.
2. Deňeşdiriji genomikadan, transkriptomikadan, genetiki ilatyň QTL derňewinden ybarat “Multi-omics” bilelikdäki derňewi R. wichuraiana bilen Rosa çinensisiniň arasyndaky möhüm tapawudy ýüze çykardy.Mundan başga-da, QTL-de baglanyşykly genleriň aňlatma üýtgemeleriniň kök urmagy bilen baglanyşykly bolmagy ähtimal.
Basýeniň “Thornless” we “Rosa” çinensisiniň arasyndaky deňeşdirme genomika anaýzi, sintez analizi, gen maşgala topary, giňelme we gysylma derňewi, gülleriň möhüm aýratynlyklary bilen baglanyşykly köp sanly üýtgeşikligi ýüze çykardy.NAC we FAR1 / FRS gen maşgalasyndaky üýtgeşik giňelme, gara tegmile garşylyk bilen baglanyşykly bolmagy ähtimal.
BT we haploOB genomlarynyň arasyndaky deňeşdirme genomika derňewi.
Zhong, M. we ş.m."Düwürtiksiz gül: çyglylygyň uýgunlaşmagy bilen baglanyşykly genom düşünjeleri"Milli ylym syn, 2021 ;, nwab092.
