Eukariotik mRNA yzygiderliligi-Illumina
Üstünlikleri
ØTejribeli: BMK-da öýjük medeniýeti, dokuma, beden suwuklygy we ş.m. ýaly dürli nusga görnüşlerini öz içine alýan 200,000-den gowrak nusga gaýtadan işlenildi we dürli gözleg ugurlaryny öz içine alýan 7000-den gowrak mRNA-Seq taslamasy ýapyldy.
ØGaty hil gözegçiligi ulgamy: qualityokary hilli netijeleri bermek üçin nusga taýýarlamak, kitaphanany taýýarlamak, yzygiderlilik we bioinformatika ýaly ähli ädimler arkaly hiliň esasy gözegçilik nokatlary berk gözegçilikde saklanýar.
ØDürli gözleg maksatlaryny ýerine ýetirmek üçin funksiýa düşündiriş we baýlaşdyryş gözlegleri üçin köp sanly maglumat bazasy.
ØSatuwdan soňky hyzmatlar: Satuwdan soňky hyzmatlar, taslama tamamlanandan soň 3 aýlap dowam eder, şol sanda taslamalary yzarlamak, näsazlyklary düşürmek, sorag-jogap netijeleri we ş.m.
Nusga talaplary we gowşuryş
| Kitaphana | Yzygiderlilik strategiýasy | Maglumat maslahat berilýär | Hil barlagy |
| Poly A baýlaşdyrylan | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Nusga talaplary:
Nukleotidler:
| Arassalyk | Bütewilik | Mukdary |
| OD260 / 280≥1.7-2.5 OD260 / 230≥0.5-2.5Gelde görkezilen belok ýa-da DNK bilen çäklendirilen ýa-da ýok. | Ösümlikler üçin: RIN≥6.5; Haýwanlar üçin: RIN≥7; 28S / 18S≥1.0; çäkli ýa-da esasy beýiklik ýok; | Kons.≥30 ng / μl;Tom ≥ 10 μl;Jemi ≥ 1.5 μg |
Dokumasy: Agramy (gury):≥1 g
* 5 mg-dan kiçi dokumalar üçin doňdurylan (suwuk azotda) dokuma nusgasyny ibermegi maslahat berýäris.
Öýjükli asma:Öýjükleriň sany = 3 × 106- 1 × 107
* Doňdurylan öýjükli lizaty ibermegi maslahat berýäris.Öýjük 5 × 105-den kiçi hasaplansa, suwuk azotda doňdurylan fleş maslahat berilýär, bu mikro çykarmak üçin has amatly.
Ganyň nusgalary:Göwrümi 1 ml
Mikroorganizm:Massa ≥ 1 gr
Maslahat berilmegi maslahat berilýär
Konteýner: 2 ml sentrifuga turbasy (Galaýy folga maslahat berilmeýär)
Mysal belgilemesi: Topar + köpeltmek, mysal üçin A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Iberiş:
- Gury buz: Nusgalary sumkalara gaplamaly we gury buzda jaýlamaly.
- RNK durnuk turbalary: RNK nusgalary RNK durnuklaşdyryjy turbada guradylyp bilner (mysal üçin RNAstable®) we otag temperaturasynda iberilip bilner.
Hyzmat işiniň akymy
Synag dizaýny
Mysal üçin gowşuryş
RNK çykarmak
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
Bioinformatika
Eukariotik mRNA yzygiderliliginiň derňewi
Bioinformatika
ØÇig maglumatlaryň hiline gözegçilik
ØGenomyň deňleşdirilmegine salgylanma
ØTranskripsiýa gurluşynyň derňewi
ØBeýan etmegiň mukdary
ØDiferensial aňlatma derňewi
ØFunksiýa düşündiriş we baýlaşdyrmak
1.mRNA Maglumatlaryň doýma egrisi
2.Differensial aňlatma derňewi-Wulkan sýu ploteti
3.DEG-lerde KEGG düşündiriş
4.DEG-lerde klassifikasiýa
