Points forts
Dans ce webinaire de deux heures, c'est notre grand honneur d'avoir invité six experts dans le domaine de la génomique des cultures.Nos conférenciers donneront une interprétation approfondie de deux études génomiques sur le seigle, récemment publiées surGénétique naturelle:
1. L’assemblage du génome à l’échelle des chromosomes fournit un aperçu de la biologie, de l’évolution et du potentiel agronomique du seigle.
2. Un assemblage génomique de haute qualité met en évidence les caractéristiques génomiques du seigle et les gènes agronomiquement importants
Nous sommes également heureux d’avoir un scientifique principal en R&D sur les technologies de biomarqueurs pour partager son expérience dans l’assemblage du génome de novo.
Ordre du jour
09h00 CET
Mot de bienvenue
Zheng Hong-kun
Fondateur et PDG de Biomarker Technologies
Deng Xing Wang
Président de l'École des sciences agricoles avancées de l'Université de Pékin
09h15
Améliorer l'amélioration du seigle, du triticale et du blé grâce à l'utilisation d'une séquence génomique de référence de haute qualité
Dans ce webinaire, le professeur Wang nous a fait le point sur l'état actuel de la recherche génomique sur les triticées et a démontré le succès et les avancées de deux travaux exceptionnels sur les études du génome du seigle, qui ont été récemment publiés sur Nature Genetics et présentent l'ensemble de la recherche. groupes dirigeant et contribuant aux travaux.
09h25
Génomique des céréales @ IPK Gatersleben
Les graminées céréalières de la tribu Triticeae constituent une source alimentaire majeure dans les régions tempérées, qui ont longtemps été considérées comme un point chaud en matière d'amélioration et de sélection des cultures.Parmi toutes les espèces cultivées, cette tribu est célèbre pour ses caractéristiques génomiques extrêmement complexes, notamment la grande taille du génome, la teneur élevée en TE, la polyploïdie, etc. Au cours de cette session, le professeur Nils Stein nous a donné une introduction générale sur l'IPK Gatersleben et l'état actuel des céréales. recherche génomique@IPK Gatersleben.
09h35
L'assemblage du génome à l'échelle chromosomique fournit un aperçu de la biologie, de l'évolution et du potentiel agronomique du seigle
Dr M Timothy Rabanus-Wallace, Institut Leibniz de génétique végétale et de recherche sur les plans de culture (IPK)Le seigle (Secale céréales L.) est une culture céréalière exceptionnellement résistante au climat, largement utilisée pour produire des variétés de blé améliorées via une hybridation introgressive et possédant tout le répertoire de gènes nécessaire pour permettre la sélection hybride.Le seigle est allogame et domestiqué récemment, ce qui donne au seigle cultivé l'accès à un pool génétique sauvage diversifié et exploitable.Pour améliorer davantage le potentiel agronomique du seigle, nous avons produit un assemblage annoté à l'échelle chromosomique du génome du seigle de 7,9 Mbp et avons largement validé sa qualité à l'aide d'une suite de ressources génétiques moléculaires.Nous démontrons les applications de cette ressource avec un large éventail d’enquêtes.Nous présentons des résultats sur l'isolement génétique incomplet du seigle cultivé à partir de parents sauvages, les mécanismes d'évolution structurelle du génome, la résistance aux agents pathogènes, la tolérance aux basses températures, les systèmes de contrôle de la fertilité pour la sélection hybride et les avantages en termes de rendement des introgressions du seigle.
10h05
Un assemblage génomique de haute qualité met en évidence les caractéristiques génomiques du seigle et les gènes agronomiquement importants
Le seigle est une culture vivrière et fourragère précieuse, une ressource génétique importante pour l'amélioration du blé et du triticale, et un matériau indispensable pour des études génomiques comparatives efficaces des graminées.Ici, nous avons séquencé le génome du seigle Weining, une variété élite de seigle chinois.Les contigs assemblés (7,74 Go) représentaient 98,47 % de la taille estimée du génome (7,86 Go), avec 93,67 % des contigs (7,25 Go) attribués à sept chromosomes.Les éléments répétitifs constituaient 90,31 % du génome assemblé.Comparés aux génomes de Triticeae précédemment séquencés, les rétrotransposons Daniela, Sumaya et Sumana ont montré une forte expansion dans le seigle.Des analyses plus approfondies de l'assemblage de Weining ont apporté un nouvel éclairage sur les duplications de gènes à l'échelle du génome et leur impact sur les gènes de biosynthèse de l'amidon, les organisations physiques de locus complexes de prolamine, les caractéristiques d'expression génique sous-jacentes au trait d'épiaison précoce et les régions et locus chromosomiques putatifs associés à la domestication dans le seigle.Cette séquence génomique promet d’accélérer les études de génomique et de sélection du seigle et des céréales associées.
10h35
Défis, solutions et avenir pour l’assemblage du génome de novo
Un génome de haute qualité constitue la base de l’étude génomique.Bien que le développement rapide du séquençage et des algorithmes ait permis un assemblage du génome beaucoup plus simple et plus efficace, les exigences en matière de précision et d’exhaustivité de l’assemblage augmentent également avec l’approfondissement des objectifs de recherche.Dans cet exposé, je discuterai des technologies populaires actuelles en matière d'assemblage du génome avec plusieurs cas de réussite et je donnerai un aperçu du développement futur.
Heure de publication : 08 janvier 2022