Séquençage du bisulfite à représentation réduite (RRBS)
Spécifications des services
Plateforme : plateforme NovaSeq, PE150
Type de bibliothèque : bibliothèque d'ADN traitée au bisulfite par insert de 200 à 400 pb
Stratégie de séquençage : Paired-End 150 pb
Sortie de données recommandée : 10 Go de données brutes/échantillon
Exemples d'exigences
Quantité d'ADN : ≥ 2 ug
Concentration d'ADN : ≥ 20ng/μl.
Pureté : OD260/280 = 1,8 à 2,0 sans dégradation ni contamination par ARN
Analyse bioinformatique
Flux de travail des services
Livraison d'échantillon
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
L'analyse des données
Services après-vente
a.Statistiques d’alignement du génome de référence
Statistiques de lectures de mappage
Sstatistiques de profondeur de séquençage et de couverture du site C
Acouverture cumulée
Defficacité de digestion de chaque échantillon
b.Détection du site de méthylation
Liste des niveaux de méthylation sur le site C
BConversion en S
Mcytosine éthylée
Distribution du niveau de méthylation
c.Carte de méthylation
Gà l'échelle du territoire
Gélément enome
d.Comparaison des niveaux de méthylation entre les échantillons
PCorrélation aérienne de la méthylation du CG
PMéthylation CA-CG
Céclat de la méthylation du CG
d.Analyse différentielle de méthylation
Sstatistiques du DMR
Distribution de longueur DMR
Hmanger la carte
DDistribution MR dans la région ciblée
