Métagénomique (NGS)

Le séquençage métagénomique par séquençage aléatoire (shotgun) avec Illumina est une technique couramment utilisée pour étudier les microbiomes en séquençant directement l'ADN d'échantillons complexes, permettant ainsi l'étude de la diversité taxonomique et fonctionnelle. Le pipeline métagénomique (NGS) BMKCloud débute par un contrôle qualité et l'assemblage du métagénome, à partir desquels les gènes sont prédits et regroupés en jeux de données non redondants, annotés fonctionnellement et taxonomiquement à l'aide de multiples bases de données. Ces informations servent à analyser la diversité taxonomique intra-échantillon (diversité alpha) et inter-échantillon (diversité bêta). L'analyse différentielle entre groupes identifie les OTU et les fonctions biologiques qui diffèrent entre les deux groupes grâce à des tests paramétriques et non paramétriques, tandis que l'analyse de corrélation relie ces différences aux facteurs environnementaux.