Métagénomique (NGS)

La métagénomique Shotgun avec Illumina est un outil populaire pour étudier les microbiomes en séquençant directement l'ADN d'échantillons complexes, permettant l'étude de la diversité taxonomique et fonctionnelle. Le pipeline métagénomique (NGS) BMKCloud commence par le contrôle qualité et l'assemblage du métagénome, à partir desquels les gènes sont prédits et regroupés dans des ensembles de données non redondants annotés pour la fonction et la taxonomie à l'aide de plusieurs bases de données. Ces informations sont utilisées pour analyser la diversité taxonomique au sein de l'échantillon (diversité alpha) et la diversité entre échantillons (diversité bêta). L'analyse différentielle entre les groupes révèle les OTU et les fonctions biologiques qui diffèrent entre les deux groupes à l'aide de tests paramétriques et non paramétriques, tandis que l'analyse de corrélation relie ces différences aux facteurs environnementaux.