Métagénomique (NGS)

La métagénomique Shotgun avec Illumina est un outil populaire pour l'étude des microbiomes par séquençage direct de l'ADN à partir d'échantillons complexes, permettant ainsi l'étude de la diversité taxonomique et fonctionnelle. Le pipeline métagénomique BMKCloud (NGS) commence par le contrôle qualité et l'assemblage du métagénome, à partir desquels les gènes sont prédits et regroupés dans des jeux de données non redondants, annotés pour leur fonction et leur taxonomie à l'aide de plusieurs bases de données. Ces informations permettent d'analyser la diversité taxonomique intra-échantillon (diversité alpha) et inter-échantillons (diversité bêta). L'analyse différentielle entre les groupes identifie les OTU et les fonctions biologiques qui diffèrent entre les deux groupes à l'aide de tests paramétriques et non paramétriques, tandis que l'analyse de corrélation relie ces différences à des facteurs environnementaux.