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Analyse d'association à l'échelle du génome
L'étude d'association pangénomique (GWAS) vise à identifier les variantes génétiques (génotype) associées à des traits spécifiques (phénotype).L'étude GWAS étudie les marqueurs génétiques du génome entier d'un grand nombre d'individus et prédit les associations génotype-phénotype par analyse statistique au niveau de la population.Il a été largement appliqué dans la recherche sur les maladies humaines et l’exploration de gènes fonctionnels sur des caractères complexes d’animaux ou de plantes.
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Séquençage d’ARN mononucléaire
Les avancées dans la technique de capture de cellules uniques et de construction de bibliothèques individuelles, combinées au séquençage à haut débit, permettent des études d’expression génique cellule par cellule.Il permet une analyse système plus approfondie et complète sur des populations cellulaires complexes, dans laquelle il évite largement de masquer leur hétérogénéité en prenant la moyenne de toutes les cellules.
Cependant, certaines cellules ne conviennent pas pour être transformées en suspension unicellulaire, c'est pourquoi d'autres méthodes de préparation d'échantillons (extraction du noyau à partir de tissus) sont nécessaires, c'est-à-dire que le noyau est directement extrait des tissus ou des cellules et préparé en suspension à noyau unique pour un usage unique. séquençage cellulaire.
BMK propose un service de séquençage d’ARN unicellulaire basé sur 10 × Genomics ChromiumTM.Ce service a été largement utilisé dans des études liées à des maladies, telles que la différenciation des cellules immunitaires, l'hétérogénéité des tumeurs, le développement des tissus, etc.
Puce de transcriptome spatial : 10× Génomique
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
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Séquençage du génome entier de plantes/animaux
Le re-séquençage du génome entier, également connu sous le nom de WGS, permet de révéler des mutations à la fois courantes et rares sur l'ensemble du génome, notamment le polymorphisme nucléotidique unique (SNP), la délétion par insertion (InDel), la variation de structure (SV) et la variation du nombre de copies (CNV). ).Les SV représentent une plus grande partie de la base de variation que les SNP et ont un impact plus important sur le génome, ce qui a un effet significatif sur les organismes vivants.Le reséquençage à lecture longue permet une identification plus précise des fragments volumineux et des variations compliquées, car les lectures longues facilitent grandement le croisement chromosomique sur des régions compliquées telles que les répétitions en tandem, les régions riches en GC/AT et les régions hyper-variables.
Plateforme : Illumina, PacBio, Nanopore
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Transcriptome spatial BMKMANU S1000
L'organisation spatiale des cellules joue un rôle essentiel dans divers processus biologiques, tels que l'infiltration immunitaire, le développement de l'embryon, etc. Le séquençage spatial du transcriptome, qui indique le profilage de l'expression génique tout en conservant les informations sur la position spatiale, a fourni d'excellentes informations sur l'architecture tissulaire au niveau du transcriptome.Avec le développement de la technologie, la morphologie tissulaire ultra-claire et la différence structurelle réelle de l’expression moléculaire spatiale doivent être étudiées avec une résolution plus élevée.BMKGENE fournit un service complet et unique de séquençage spatial du transcriptome, des échantillons aux informations biologiques.
Les technologies de transcriptomique spatiale ont donné naissance à de nouvelles perspectives dans divers domaines de recherche en résolvant le profil d'expression génique avec un contenu spatial dans des échantillons hétérogènes.
Puce de transcriptome spatial : BMKMANU S1000
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
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10x Transcriptome spatial de Visium génomique
Visium Spatial Gene Expression est une technologie courante de séquençage spatial du transcriptome permettant de classer les tissus en fonction de l'ARNm total.Cartographiez l'ensemble du transcriptome avec le contexte morphologique pour découvrir de nouvelles informations sur le développement normal, la pathologie de la maladie et la recherche translationnelle clinique.BMKGENE fournit un service complet et unique de séquençage spatial du transcriptome, des échantillons aux informations biologiques.
Les technologies de transcriptomique spatiale ont ouvert de nouvelles perspectives dans divers domaines de recherche en résolvant le profil d'expression génique avec un contenu spatial dans des échantillons hétérogènes.
Puce de transcriptome spatial : 10x Genomics Visium
Plate-forme:Plateforme Illumina NovaSeq
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Séquençage complet de l'ARNm-Nanopore
Le séquençage de l’ARN a été un outil précieux pour l’analyse complète du transcriptome.Il ne fait aucun doute que le séquençage traditionnel à lecture courte a réalisé de nombreux développements importants dans ce domaine.Néanmoins, il se heurte souvent à des limites en termes d’identification des isoformes complètes, de quantification et de biais de PCR.
Le séquençage des nanopores se distingue des autres plateformes de séquençage, dans le sens où les nucléotides sont lus directement sans synthèse d'ADN et génèrent des lectures longues à plusieurs dizaines de kilobases.Cela permet une lecture directe des transcriptions complètes et de relever les défis des études au niveau isoforme.
Plate-forme：Nanopore ProméthION
Bibliothèque:ADNc-PCR
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Séquençage complet de l'ARNm -PacBio
De novoséquençage complet du transcriptome, également connu sous le nom deDe novoIso-Seq profite des avantages du séquenceur PacBio en termes de longueur de lecture, ce qui permet le séquençage de molécules d'ADNc complètes sans aucune interruption.Cela évite complètement toute erreur générée lors des étapes d’assemblage de transcription et construit des ensembles unigènes avec une résolution au niveau isoforme.Ces ensembles unigènes fournissent des informations génétiques puissantes en tant que « génome de référence » au niveau du transcriptome.De plus, combiné aux données de séquençage de nouvelle génération, ce service permet une quantification précise de l’expression au niveau des isoformes.
Plateforme : PacBio Sequel IIBibliothèque : bibliothèque de cloches SMRT -
Séquençage de l'ARNm eucaryote-Illumina
Le séquençage de l’ARNm permet le profilage de tous les ARNm transcrits à partir de cellules dans des conditions spécifiques.Il s'agit d'une technologie puissante permettant de révéler le profil d'expression des gènes, les structures des gènes et les mécanismes moléculaires de certains processus biologiques.À ce jour, le séquençage de l’ARNm a été largement utilisé dans la recherche fondamentale, les diagnostics cliniques, le développement de médicaments, etc.
Plateforme : Plateforme Illumina NovaSeq
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Séquençage d'ARNm sans référence-Illumina
Le séquençage de l'ARNm adopte une technique de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour capturer l'ARN messager (ARNm) de l'eucaryote à une période spécifique pendant laquelle certaines fonctions spéciales sont activées.La transcription la plus longue épissée s'appelait « Unigene » et était utilisée comme séquence de référence pour une analyse ultérieure, ce qui constitue un moyen efficace pour étudier le mécanisme moléculaire et le réseau de régulation de l'espèce sans référence.
Après assemblage des données du transcriptome et annotation fonctionnelle unigène
(1) L'analyse SSR, la prédiction CDS et la structure des gènes seront effectuées.
(2) La quantification de l'expression unigène dans chaque échantillon sera effectuée.
(3) Les unigènes exprimés différentiellement entre les échantillons (ou groupes) seront découverts sur la base de l'expression unigène
(4) Une analyse de clustering, d'annotation fonctionnelle et d'enrichissement d'unigènes différentiellement exprimés sera effectuée
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Séquençage long non codant-Illumina
Les ARN longs non codants (lncRNA) sont un type de molécules d'ARN d'une longueur supérieure à 200 nt, caractérisées par un potentiel de codage extrêmement faible.LncRNA, en tant que membre clé des ARN non codants, se trouve principalement dans le noyau et le plasma.Le développement de la technologie de séquençage et de la bioinformatique permet d’identifier de nombreux nouveaux ARNnc et de les associer à des fonctions biologiques.Les preuves accumulées suggèrent que lncRNA est largement impliqué dans la régulation épigénétique, la régulation de la transcription et la régulation post-transcription.
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Séquençage de petits ARN-Illumina
Le petit ARN fait référence à une classe de molécules d'ARN non codantes qui mesurent généralement moins de 200 nt de longueur, notamment les micro-ARN (miARN), les petits ARN interférentiels (siARN) et les ARN interagissant avec les piwis (piARN).
Les microARN (miARN) sont une classe de petits ARN endogènes d’une longueur d’environ 20 à 24 nt, qui jouent divers rôles régulateurs importants dans les cellules.Les miARN sont impliqués dans de nombreux processus vitaux qui révèlent une expression spécifique aux tissus et aux stades et hautement conservés chez différentes espèces.
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Séquençage du circRNA-Illumina
Les CircRNA (ARN circulaires) sont une classe de molécules d'ARN non codantes qui sont dépourvues d'un capuchon d'extrémité 5 'et d'une queue poly (A) d'extrémité 3'.Les CircRNA réalisent une structure circulaire grâce à la liaison covalente qui est un statut contre la digestion des exonucléases d'ARN.Le circRNA joue un rôle important dans la croissance et le développement des organismes et dans leur résistance à l’environnement extérieur.
CircRNA a de nombreuses fonctions, qui peuvent se lier de manière compétitive aux miARN, exercer la fonction régulatrice du ceRNA et réguler l'expression des gènes.Ces dernières années, il a également été découvert qu'il était étroitement lié à l'apparition et au développement de maladies et qu'il présentait de grandes perspectives d'application dans le domaine des marqueurs de diagnostic de maladies, etc.
