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Analyse d'association à l'échelle du génome
L'étude d'association à l'échelle du génome (GWAS) vise à identifier les variantes génétiques (génotype) associées à des traits spécifiques (phénotype).L'étude GWAS étudie les marqueurs génétiques traversant le génome entier d'un grand nombre d'individus et prédit les associations génotype-phénotype par une analyse statistique au niveau de la population.Il a été largement appliqué dans la recherche sur les maladies humaines et l'extraction de gènes fonctionnels sur des traits complexes d'animaux ou de plantes.
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Séquençage d'ARN à noyau unique
L'avancée dans la capture de cellules individuelles et la technique de construction de bibliothèques individuelles combinées avec le séquençage à haut débit permet des études d'expression génique cellule par cellule.Il permet une analyse de système plus approfondie et complète sur des populations de cellules complexes, dans laquelle il évite en grande partie le masquage de leur hétérogénéité en prenant la moyenne de toutes les cellules.
Cependant, certaines cellules ne conviennent pas pour être transformées en suspension unicellulaire, donc d'autres méthodes de préparation d'échantillons - l'extraction du noyau des tissus sont nécessaires, c'est-à-dire que le noyau est directement extrait des tissus ou des cellules et préparé en suspension à noyau unique pour un seul - séquençage cellulaire.
BMK fournit un service de séquençage d'ARN unicellulaire basé sur 10× Genomics ChromiumTM.Ce service a été largement utilisé dans des études sur des études liées à des maladies, telles que la différenciation des cellules immunitaires, l'hétérogénéité tumorale, le développement des tissus, etc.
Puce de transcriptome spatial : 10× Genomics
Plate-forme : Illumina NovaSeq 6000
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Séquençage du génome entier des plantes/animaux
Le reséquençage du génome entier, également connu sous le nom de WGS, permet de révéler des mutations communes et rares sur l'ensemble du génome, notamment le polymorphisme de nucléotide unique (SNP), la suppression d'insertion (InDel), la variation de structure (SV) et la variation du nombre de copies (CNV). ).Les SV constituent une plus grande partie de la base de variation que les SNP et ont un impact plus important sur le génome, ce qui a un effet significatif sur les organismes vivants.Le reséquençage à lecture longue permet une identification plus précise des grands fragments et des variations compliquées, car les lectures longues facilitent beaucoup le croisement chromosomique sur des régions compliquées telles que les répétitions en tandem, les régions riches en GC/AT et les régions hypervariables.
Plateforme : Illumina, PacBio, Nanopore
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Transcriptome spatial BMKMANU S1000
L'organisation spatiale des cellules joue un rôle vital dans divers processus biologiques, tels que l'infiltration immunitaire, le développement de l'embryon, etc. Le séquençage spatial du transcriptome, qui indique le profilage de l'expression génique tout en conservant les informations de position spatiale, a fourni de grandes informations sur l'architecture tissulaire au niveau du transcriptome.Avec le développement de la technologie, la morphologie des tissus ultra-clairs et la véritable différence structurelle de l'expression moléculaire spatiale doivent être étudiées avec une résolution plus élevée.BMKGENE fournit un service complet et unique de séquençage du transcriptome spatial, des échantillons aux informations biologiques.
Les technologies de transcriptomique spatiale ont permis de nouvelles perspectives dans divers domaines de recherche en résolvant le profil d'expression génique avec un contenu spatial dans des échantillons hétérogènes.
Puce de transcriptome spatial : BMKMANU S1000
Plate-forme : Illumina NovaSeq 6000
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10x Transcriptome spatial Visium de génomique
Visium Spatial Gene Expression est une technologie de séquençage du transcriptome spatial grand public pour la classification des tissus en fonction de l'ARNm total.Cartographiez l'ensemble du transcriptome avec le contexte morphologique pour découvrir de nouvelles informations sur le développement normal, la pathologie de la maladie et la recherche clinique translationnelle.BMKGENE fournit un service complet et unique de séquençage du transcriptome spatial, des échantillons aux informations biologiques.
Les technologies de transcriptomique spatiale ont permis de nouvelles perspectives dans divers domaines de recherche en résolvant le profil d'expression génique avec un contenu spatial dans des échantillons hétérogènes.
Puce de transcriptome spatial : 10x Genomics Visium
Plateforme:Illumina NovaSeq 6000
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Séquençage d'ARNm pleine longueur - Nanopore
Le séquençage de l'ARN a été un outil inestimable pour l'analyse complète du transcriptome.Sans aucun doute, le séquençage traditionnel à lecture courte a réalisé de nombreux développements importants ici.Néanmoins, il rencontre souvent des limitations dans les identifications d'isoformes pleine longueur, la quantification, le biais de PCR.
Le séquençage Nanopore se distingue des autres plateformes de séquençage, en ce que les nucléotides sont lus directement sans synthèse d'ADN et génère une lecture longue à des dizaines de kilobases.Cela permet une lecture directe des transcriptions complètes et de relever les défis des études au niveau des isoformes.
Plateforme：Nanopore PromethION
Bibliothèque:ADNc-PCR
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Séquençage d'ARNm pleine longueur -PacBio
De novoséquençage complet du transcriptome, également appeléDe novoIso-Seq profite des avantages du séquenceur PacBio en longueur de lecture, qui permet le séquençage de molécules d'ADNc pleine longueur sans aucune rupture.Cela évite complètement les erreurs générées dans les étapes d'assemblage de la transcription et construit des ensembles unigènes avec une résolution au niveau de l'isoforme.Cet ensemble unigène fournit des informations génétiques puissantes en tant que « génome de référence » au niveau du transcriptome.De plus, en s'associant aux données de séquençage de nouvelle génération, ce service permet une quantification précise de l'expression au niveau des isoformes.
Plate-forme： PacBio Sequel IIBibliothèque : bibliothèque de cloches SMRT -
Séquençage d'ARNm eucaryote-Illumina
Le séquençage d'ARNm permet le profilage de tous les ARNm transcrits à partir de cellules dans des conditions spécifiques.Il s'agit d'une technologie puissante pour révéler le profil d'expression des gènes, les structures des gènes et les mécanismes moléculaires de certains processus biologiques.À ce jour, le séquençage de l'ARNm a été largement utilisé dans la recherche fondamentale, les diagnostics cliniques, le développement de médicaments, etc.
Plate-forme : Illumina NovaSeq 6000
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Séquençage d'ARNm non basé sur les références-Illumina
Le séquençage de l'ARNm adopte une technique de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour capturer l'ARN messager (ARNm) de la forme eucaryote à une période spécifique à laquelle certaines fonctions spéciales sont activées.Le plus long transcrit épissé a été appelé «Unigene» et utilisé comme séquence de référence pour une analyse ultérieure, ce qui est un moyen efficace d'étudier le mécanisme moléculaire et le réseau de régulation de l'espèce sans référence.
Après assemblage des données du transcriptome et annotation fonctionnelle unigène
(1) L'analyse SSR, la prédiction CDS et la structure des gènes seront préformées.
(2) La quantification de l'expression unigène dans chaque échantillon sera effectuée.
(3) Les unigènes exprimés de manière différentielle entre les échantillons (ou groupes) seront découverts sur la base de l'expression unigène
(4) Le regroupement, l'annotation fonctionnelle et l'analyse d'enrichissement des unigènes exprimés de manière différentielle seront effectués
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Séquençage long non codant-Illumina
Les ARN longs non codants (ARNlnc) sont un type de molécules d'ARN d'une longueur supérieure à 200 nt, qui se caractérisent par un potentiel de codage extrêmement faible.LncRNA, en tant que membre clé des ARN non codants, se trouve principalement dans le noyau et le plasma.Le développement de la technologie de séquençage et de la bioinformatique permet d'identifier de nombreux nouveaux lncARN et de les associer à des fonctions biologiques.Des preuves cumulatives suggèrent que l'ARNnc est largement impliqué dans la régulation épigénétique, la régulation de la transcription et la régulation post-transcription.
