Séquençage de fragments amplifiés de locus spécifiques (SLAF-Seq)
Flux de travail
Le service comporte une phase de pré-conception in silico afin de garantir une sélection optimale des enzymes lors de la préparation de la bibliothèque.
Schéma technique
Caractéristiques du service
● Séquençage sur NovaSeq avec PE150.
● Préparation de la bibliothèque avec double codage à barres, permettant le regroupement de plus de 1000 échantillons.
● Indépendant du génome de référence :
À l'aide d'un génome de référence : découverte de SNP et d'InDel
Sans génome de référence : regroupement d’échantillons et découverte de SNP
● Dans lein silicoAu stade de la pré-conception, plusieurs combinaisons d'enzymes de restriction sont testées afin de trouver celles qui génèrent une distribution uniforme des étiquettes SLAF le long du génome.
● Au cours de la pré-expérience, trois combinaisons d'enzymes sont testées sur 3 échantillons pour générer 9 bibliothèques SLAF, et ces informations sont utilisées pour choisir la combinaison optimale d'enzymes de restriction pour le projet.
Avantages du service
●Découverte de marqueurs génétiques de haut niveauNous intégrons un système de double code-barres à haut débit permettant le séquençage simultané de populations importantes, et une amplification spécifique au locus améliorant l'efficacité, garantissant que le nombre d'étiquettes réponde aux diverses exigences des différentes questions de recherche.
● Faible dépendance au génomeCela peut s'appliquer aux espèces possédant ou non un génome de référence.
●Conception de schéma flexibleLa digestion mono-enzymatique, bi-enzymatique, multi-enzymatique et différents types d'enzymes peuvent tous être sélectionnés pour répondre à différents objectifs de recherche ou espèces.
● Haute efficacité de la digestion enzymatique: La conduction d'unin silicoLa pré-conception et la pré-expérimentation assurent une conception optimale avec une distribution uniforme des étiquettes SLAF sur le chromosome (1 étiquette SLAF/4Kb) et une séquence répétitive réduite (<5%).
●Expertise approfondieNous apportons une riche expérience à chaque projet, avec à notre actif plus de 5000 projets SLAF-Seq menés à bien sur des centaines d'espèces, notamment des plantes, des mammifères, des oiseaux, des insectes et des organismes aquatiques.
● Flux de travail bioinformatique auto-développéNous avons développé un flux de travail bioinformatique intégré pour SLAF-Seq afin de garantir la fiabilité et la précision du résultat final.
Spécifications de service
| Type d'analyse | Échelle de population recommandée | Stratégie de séquençage | |
| Profondeur du séquençage des étiquettes | Numéro d'étiquette | ||
| Cartes génétiques | 2 parents et plus de 150 descendants | Parents : 20x WGS Descendance : 10x | Taille du génome : <400 Mo : Le séquençage du génome entier est recommandé <1 Go : 100 000 tags 1-2 Go :: 200 000 étiquettes >2 Go : 300 000 étiquettes Max 500k tags |
| Études d'association pangénomiques (GWAS) | ≥200 échantillons | 10x | |
| Évolution génétique | ≥30 échantillons, avec >10 échantillons de chaque sous-groupe | 10x | |
Exigences de service
Concentration ≥ 5 ng/µL
Quantité totale ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Gel d'agarose : dégradation ou contamination nulle ou limitée
Livraison d'échantillons recommandée
Récipient : tube à centrifuger de 2 ml
(Pour la plupart des échantillons, nous recommandons de ne pas les conserver dans l'éthanol)
Étiquetage des échantillons : Les échantillons doivent être clairement étiquetés et identiques aux informations figurant sur le formulaire de demande d’échantillon.
Expédition : Glace carbonique : Les échantillons doivent d'abord être emballés dans des sacs puis enfouis dans de la glace carbonique.
Flux de travail de service
Contrôle qualité des échantillons
Expérience pilote
Expérience SLAF
Préparation de la bibliothèque
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
Notre analyse bioinformatique comprend :
Contrôle qualité et élagage des données pour supprimer les lectures riches en N, les lectures d'adaptateurs ou les lectures de faible qualité.
Un deuxième contrôle qualité des lectures propres permet de vérifier la distribution des bases, la qualité de la séquence et une évaluation des données, mais aussi de vérifier l'efficacité de la digestion et les inserts obtenus.
Une fois les données vérifiées, deux options s'offrent à vous :
- Cartographie sur le génome de référence
- Sans génome de référence : regroupement
L'analyse des étiquettes SLAF est ensuite utilisée pour l'identification de variants afin de faciliter la découverte de marqueurs : identification et annotation des SNP, InDel, SNV et CV.
Répartition des étiquettes SLAF sur les chromosomes :
Répartition des SNP sur les chromosomes :
Annotation SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X et Shi C (2023) Cartographie des QTL et analyse du transcriptome de la teneur en sucre au cours de la maturation des fruitsPyrus pyrifolia.Front. Sciences végétales14:1137104. est ce que je: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). L'identification de st1 révèle une sélection impliquant l'effet relais de la morphologie des graines et de la teneur en huile lors de la domestication du soja.Journal de biotechnologie végétale, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Séquence du génome et diversité génétique de la carpe commune,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.Le génome de l'arachide cultivée apporte un éclairage sur les caryotypes des légumineuses, l'évolution des polyploïdes et la domestication des cultures.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Année | Journal | IF | Titre | Applications |
| 2022 | Communications de la nature | 17,694 | Base génomique des gigachromosomes et du gigagénome de la pivoine arbustive Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nouveau phytologue | 7,433 | Les empreintes de domestication ancrent des régions génomiques d'importance agronomique dans soja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal de recherche avancée | 12,822 | Introgressions artificielles à l'échelle du génome de Gossypium barbadense dans G. hirsutum révéler des loci supérieurs pour l'amélioration simultanée de la qualité et du rendement des fibres de coton caractéristiques | SLAF - Génétique évolutive |
| 2019 | Plante moléculaire | 10,81 | L'analyse génomique des populations et l'assemblage de novo révèlent l'origine des plantes adventices Le riz comme jeu évolutif | SLAF - Génétique évolutive |
| 2019 | Génétique naturelle | 31.616 | Séquence du génome et diversité génétique de la carpe commune, Cyprinus carpio | Carte de liaison SLAF |
| 2014 | Génétique naturelle | 25,455 | Le génome de l'arachide cultivée apporte des informations précieuses sur les caryotypes des légumineuses et la polyploïdie évolution et domestication des plantes cultivées. | Carte de liaison SLAF |
| 2022 | Journal de biotechnologie végétale | 9,803 | L'identification de ST1 révèle une sélection impliquant un effet de mode lié à la morphologie des graines. et la teneur en huile au cours de la domestication du soja | Développement du marqueur SLAF |
| 2022 | Journal international des sciences moléculaires | 6.208 | Identification et développement de marqueurs ADN pour un blé - Leymus mollis 2Ns (2D) Substitution chromosomique disomique | Développement du marqueur SLAF |
| Année | Journal | IF | Titre | Applications |
| 2023 | Frontières de la science végétale | 6,735 | Cartographie des QTL et analyse du transcriptome de la teneur en sucre au cours de la maturation des fruits de Pyrus pyrifolia | Carte génétique |
| 2022 | Journal de biotechnologie végétale | 8.154 | L'identification de ST1 révèle une sélection impliquant un effet indirect de la morphologie des graines et de la teneur en huile lors de la domestication du soja.
| Appel SNP |
| 2022 | Frontières de la science végétale | 6.623 | Cartographie d'association pangénomique des phénotypes d'orge sans enveloppe en milieu aride.
| GWAS |
