Séquençage de fragments amplifiés à locus spécifique (SLAF-Seq)
Détails des services
Schéma technique
Flux de travail
Avantages des services
Efficacité élevée de découverte de marqueurs- La technologie de séquençage à haut débit aide SLAF-Seq à découvrir des centaines de milliers de balises dans l'ensemble du génome.
Faible dépendance au génome- Elle peut s'appliquer à des espèces avec ou sans génome de référence.
Conception de schéma flexible- Digestion mono-enzyme, double enzyme, multi-enzyme et divers types d'enzymes, tous peuvent être sélectionnés pour répondre à différents objectifs de recherche ou espèces.La pré-évaluation in silico est utilisée pour garantir une conception optimale de l’enzyme.
Digestion enzymatique efficace- Une pré-expérience a été réalisée pour optimiser les conditions, ce qui rend l'expérience formelle stable et fiable.L'efficacité de la collecte des fragments peut atteindre plus de 95 %.
Balises SLAF uniformément réparties- Les balises SLAF sont réparties uniformément dans tous les chromosomes dans la plus grande mesure, atteignant une moyenne de 1 SLAF pour 4 Ko.
Évitement efficace des répétitions- La séquence répétitive dans les données SLAF-Seq est réduite à moins de 5 %, en particulier chez les espèces à haut niveau de répétitions, telles que le blé, le maïs, etc.
Une vaste expérience-Plus de 2000 projets SLAF-Seq clôturés sur des centaines d'espèces couvrant les plantes, les mammifères, les oiseaux, les insectes, les organismes aquatiques, etc.
Flux de travail bioinformatique auto-développé- Un flux de travail bioinformatique intégré pour SLAF-Seq a été développé par BMKGENE pour garantir la fiabilité et l'exactitude du résultat final.
Spécifications des services
| Plate-forme | Conc. (ng/gl) | Total (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Volume>15μl) | 1,6-2,5 |
Stratégie de séquençage recommandée
Profondeur de séquençage : 10X/Tag
| Taille du génome | Balises SLAF recommandées |
| < 500 Mo | 100K ou WGS |
| 500 Mo - 1 Go | 100 K |
| 1 Go -2 Go | 200K |
| Génomes géants ou complexes | 300 - 400 000 |
| Applications
| Recommandé Échelle de la population
| Stratégie de séquençage et profondeur
| |
| Profondeur
| Numéro d'étiquette
| ||
| GWAS
| Nombre d'échantillons ≥ 200
| 10X
|
Selon taille du génome
|
| Évolution génétique
| Individus de chacun sous-groupe ≥ 10 ; échantillons totaux ≥ 30
| 10X
| |
Livraison d’échantillon recommandée
Récipient : tube à centrifuger de 2 ml
Pour la plupart des échantillons, nous recommandons de ne pas conserver dans l'éthanol.
Étiquetage des échantillons : les échantillons doivent être clairement étiquetés et identiques au formulaire d’informations sur les échantillons soumis.
Expédition : Glace carbonique : Les échantillons doivent d’abord être emballés dans des sacs et enterrés dans de la glace carbonique.
Flux de travail des services
Échantillon de CQ
Expérience pilote
Expérience SLAF
Préparation de la bibliothèque
Séquençage
L'analyse des données
Services après-vente
1. Statistiques du résultat de la carte
2. Développement de marqueurs SLAF
3. Annotation des variantes
| Année | Journal | IF | Titre | Applications |
| 2022 | Communication nature | 17.694 | Base génomique des giga-chromosomes et giga-génome de la pivoine arbustive Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nouveau phytologue | 7.433 | Les empreintes de domestication ancrent des régions génomiques d’importance agronomique dans soja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal de recherche avancée | 12.822 | Introgressions artificielles à l'échelle du génome de Gossypium barbadense dans G. hirsutum révèlent des locus supérieurs pour une amélioration simultanée de la qualité et du rendement des fibres de coton caractéristiques | SLAF-Génétique évolutive |
| 2019 | Plante moléculaire | 10.81 | L’analyse génomique de la population et l’assemblage De Novo révèlent l’origine de Weedy Le riz comme jeu évolutif | SLAF-Génétique évolutive |
| 2019 | Génétique naturelle | 31.616 | Séquence génomique et diversité génétique de la carpe commune, Cyprinus carpio | Carte de liaison SLAF |
| 2014 | Génétique naturelle | 25.455 | Le génome de l'arachide cultivée donne un aperçu des caryotypes des légumineuses, polyploïdes évolution et domestication des cultures. | Carte de liaison SLAF |
| 2022 | Journal de biotechnologie végétale | 9.803 | L'identification de ST1 révèle une sélection impliquant un auto-stop de la morphologie des graines et la teneur en huile pendant la domestication du soja | Développement de marqueurs SLAF |
| 2022 | Revue internationale des sciences moléculaires | 6.208 | Identification et développement de marqueurs ADN pour un blé-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitution chromosomique disomique | Développement de marqueurs SLAF |
