lncrna

Les ARN longs non codants (ARNnc) sont des ARN de plus de 200 nucléotides présentant un faible potentiel de codage mais des fonctions régulatrices essentielles. Le pipeline BMKCloud pour ARNnc est conçu pour analyser des banques d'ADNc appauvries en ARNr à l'aide d'un génome de référence de haute qualité et bien annoté, en analysant conjointement l'expression des ARNnc et des ARNm. Après l'élimination des séquences de mauvaise qualité et le contrôle qualité, les lectures sont alignées sur le génome de référence pour assembler les transcrits. L'analyse de la structure des gènes qui suit révèle l'épissage alternatif et les nouveaux gènes. Les transcrits sont identifiés comme ARNm ou ARNnc, et l'analyse d'expression différentielle identifie les ARNnc exprimés de manière différentielle, leurs cibles et les gènes exprimés de manière différentielle (DEG). Les DEG et les cibles des ARNnc exprimés de manière différentielle sont annotés fonctionnellement afin d'identifier les catégories fonctionnelles enrichies.