Séquençage long non codant - Illumina
Avantages du service
●Analyse conjointe des ARNm et des ARNncEn combinant la quantification des transcrits d'ARNm avec l'étude des ARNnc et de leurs cibles, il est possible d'obtenir une vue d'ensemble approfondie du mécanisme de régulation sous-jacent à la réponse cellulaire.
●Expertise approfondieNous avons traité plus de 230 000 échantillons, couvrant une grande variété d'objectifs de projets et d'échantillons. Nous mettons notre vaste expertise au service de chaque projet.
●Analyse conjointe des ARNm et des ARNncNous combinons la quantification des transcrits d'ARNm avec l'étude des ARNnc et de leurs cibles, ce qui permet d'obtenir une vue d'ensemble approfondie du mécanisme de régulation sous-jacent à la réponse cellulaire.
●Contrôle qualité rigoureuxNous mettons en œuvre des points de contrôle essentiels à chaque étape, de la préparation des échantillons à la préparation des banques, en passant par le séquençage et la bioinformatique. Notre suivi rigoureux garantit des résultats d'une qualité constante.
●Annotation complèteNous utilisons plusieurs bases de données pour annoter fonctionnellement les gènes différentiellement exprimés (DEG) et réaliser les analyses d'enrichissement correspondantes. Cette approche exhaustive permet de mieux comprendre les processus cellulaires et moléculaires sous-jacents à la réponse du transcriptome, vous assurant ainsi d'obtenir toutes les informations possibles sur les données de votre expérience.
●Assistance après-venteNous comprenons l'importance de la présence et c'est pourquoi notre engagement se prolonge au-delà de la finalisation du projet grâce à un service après-vente de 3 mois. Pendant cette période, nous assurons le suivi du projet, l'assistance au dépannage et des séances de questions-réponses pour répondre à toutes vos interrogations concernant les résultats.
Exigences et modalités de livraison des échantillons
| Bibliothèque | Plate-forme | Données recommandées | Contrôle qualité des données |
| bibliothèque directionnelle appauvrie en ARNr | Illumina PE150 | 10-16 Go | Q30≥85% |
Nucléotides :
| Conc. (ng/μl) | Quantité (µg) | Pureté | Intégrité |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contamination protéique ou ADN limitée ou absente sur le gel. | RIN≥6,0 ; 5,0≥28S/18S≥1,0 ; élévation de base limitée ou inexistante |
● Plantes :
Racine, tige ou pétale : 450 mg
Feuille ou graine : 300 mg
Fruit : 1,2 g
● Animal :
Cœur ou intestin : 450 mg
Viscères ou cerveau : 240 mg
Muscle : 600 mg
Os, cheveux ou peau : 1,5 g
● Arthropodes :
Insectes : 9 g
Crustacés : 450 mg
● Sang total :2 tubes
● Cellules: 106 cellules
● Sérum et plasma: 6 mL
Livraison d'échantillons recommandée
Récipient : tube à centrifuger de 2 ml (le papier aluminium n’est pas recommandé).
Étiquetage des exemples : Groupe + réplique, par exemple A1, A2, A3 ; B1, B2, B3.
Expédition:
1. Glace carbonique : Les échantillons doivent être emballés dans des sacs et enfouis dans de la glace carbonique.
2. Tubes RNAstable : les échantillons d'ARN peuvent être séchés dans un tube de stabilisation d'ARN (par exemple RNAstable®) et expédiés à température ambiante.
Flux de travail du service
Conception expérimentale
Livraison d'échantillons
Extraction d'ARN
Construction de bibliothèques
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
Bioinformatique
- Données brutes
- Contrôle qualité des données
- Alignement du génome
- Structure des gènes (épissage alternatif, optimisation de la structure des gènes et prédiction de nouveaux gènes)
- quantification de l'expression génique
- Analyse d'expression différentielle
- Annotation et enrichissement des gènes différentiellement exprimés + Gènes cibles des lncRNA différentiellement exprimés
- Identification du relevé de notes
- Identification des lncRNA (conservation des lncRNA et lncRNA connus)
- prédiction des gènes cibles des lncRNA
- quantification de l'expression des lncRNA
- Analyse conjointe avec les données d'ARNm
Analyse de l'expression différentielle des gènes (DEGs)
Quantification de l'expression des lncRNA – regroupement
Enrichissement des gènes cibles des lncRNA
Analyse conjointe de la position des ARNm et des ARNlnc – Diagramme Circos (le cercle central représente l'ARNm et le cercle intérieur l'ARNlnc)
Explorez les avancées permises par les services de séquençage d'ARNnc de BMKGene à travers une collection de publications soigneusement sélectionnées.
Ji, H. et al. (2020) « Identification, prédiction fonctionnelle et vérification des principaux lncRNA liés au stress du froid dans le foie des rats »,Rapports scientifiques2020 10:1, 10(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) « L’analyse transcriptomique intégrative révèle le mécanisme immunitaire d’une souche de carpe commune résistante au CyHV-3 »,Frontières de l'immunologie, 12, p. 687151. est ce que je : 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) « Priorisation basée sur l'intégration multi-omique des réseaux de régulation d'ARN endogènes concurrents dans le cancer du poumon à petites cellules : caractéristiques moléculaires et candidats médicaments »,Frontières en oncologie, 12, p. 904865. est ce que je : 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) « Dissection génétique du réseau de coexpression génique sous-jacent à la photosynthèse chez Populus »,Journal de biotechnologie végétale, 18(4), pp. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) « Un réseau de régulation global pour l'expression génique dérégulée et la signalisation métabolique anormale dans les cellules immunitaires dans le microenvironnement de la maladie de Graves et de la thyroïdite de Hashimoto »,Frontières de l'immunologie, 13, p. 879824. est ce que je : 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
