Séquençage métagénomique - NGS
Un métagénome est l'ensemble du matériel génétique d'une communauté mixte d'organismes, comme les métagénomes environnementaux et humains. Il contient les génomes de micro-organismes cultivables et non cultivables. Le séquençage métagénomique par la technique du shotgun (NGS) permet d'étudier ces paysages génomiques complexes présents dans les échantillons environnementaux, en fournissant bien plus qu'un simple profilage taxonomique : il offre également une analyse fine de la diversité des espèces, de la dynamique de leur abondance et des structures de population complexes. Au-delà des études taxonomiques, la métagénomique par shotgun offre aussi une perspective de génomique fonctionnelle, permettant d'explorer les gènes codés et leurs rôles potentiels dans les processus écologiques. Enfin, l'établissement de réseaux de corrélation entre les éléments génétiques et les facteurs environnementaux contribue à une compréhension globale des interactions complexes entre les communautés microbiennes et leur environnement écologique. En conclusion, le séquençage métagénomique constitue un outil essentiel pour décrypter les subtilités génomiques des diverses communautés microbiennes, éclairant les relations multiformes entre la génétique et l'écologie au sein de ces écosystèmes complexes.
Plateformes : Illumina NovaSeq et DNBSEQ-T7
Avantages du service
●Méthode sans isolement ni culture pour le profilage des communautés microbiennes: Permettre le séquençage du matériel génétique d'organismes non cultivables.
●Haute résolutionDétecter les espèces peu abondantes dans les échantillons environnementaux.
●Analyse bioinformatique complète :Elle s'intéresse non seulement à la diversité taxonomique, mais aussi à la diversité fonctionnelle de la communauté.
●Vaste expérience :Forte d'une expérience réussie dans la réalisation de nombreux projets de métagénomique dans divers domaines de recherche et dans le traitement de plus de 200 000 échantillons, notre équipe apporte une riche expertise à chaque projet.
Spécifications de service
| Plateforme de séquençage | Stratégie de séquençage | Données recommandées | Contrôle de qualité |
| Illumina NovaSeq ou DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Go | Q30≥85% |
Exigences de service
| Concentration (ng/µL) | Quantité totale (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Sol/boues : 2-3 g
● Contenu intestinal animal : 0,5-2 g
● Contenu intestinal - insectes : 0,1-0,25 g
● Surface végétale (sédiments enrichis) : 0,5 à 1 g
● Sédiment enrichi en bouillon de fermentation : 0,2 à 0,5 g
● Excréments (gros animaux) : 0,5 à 2 g
● Excréments (souris) : 3 à 5 grains
● Liquide de lavage alvéolaire pulmonaire : papier filtre
● Prélèvement vaginal : 5 à 6 écouvillons
● Prélèvement cutané/génital/salive/tissus mous buccaux/prélèvement pharyngé/prélèvement rectal : 2 à 3 prélèvements
● Micro-organismes de surface : 5 à 6 prélèvements
● Plan d'eau/air/biofilm : papier filtre
● Endophytes : 2-3 g
● Plaque dentaire : 0,5-1 g
Flux de travail du service
Livraison d'échantillons
Construction de bibliothèques
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
Comprend l'analyse suivante :
● Contrôle de la qualité des données de séquençage
● Assemblage du métagénome et prédiction des gènes
● Annotation des gènes
● Analyse de la diversité alpha taxonomique
● Analyse fonctionnelle de la communauté : fonction biologique, métabolisme, résistance aux antibiotiques
● Analyse de la diversité fonctionnelle et taxonomique :
Analyse de la diversité bêta
Analyse intergroupes
Analyse de corrélation : entre les facteurs environnementaux et la composition et la diversité de l'environnement.
Analyse fonctionnelle : résistance aux antibiotiques CARD
Analyse différentielle des voies métaboliques KEGG : carte thermique des voies significatives
Diversité alpha de la distribution taxonomique : indice ACE
Diversité bêta de la distribution taxonomique : PCoA
Explorez les avancées permises par les services de séquençage métagénomique de BMKGene avec Illumina à travers une collection de publications sélectionnées.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analyse métagénomique et métabolomique des changements dans le contenu intestinal de la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) infectée par le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse à différentes températures de l'eau d'élevage',Frontières de la microbiologie, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) « Communautés microbiennes, gènes de résistance et risques liés au résistome dans les lacs urbains de différents états trophiques : liens internes et influences externes »,Journal des progrès en matière de matériaux dangereux, 9, p. 100233. est ce que je : 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) « L'analyse métagénomique a révélé des différences de composition et de fonction entre les micro-organismes associés aux liquides et ceux associés aux solides du rumen des moutons »,Frontières de la microbiologie, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) « Le microbiote dérivé du porc obèse de Ningxiang reprogramme le métabolisme de la carnitine pour favoriser le dépôt d'acides gras musculaires chez les porcs DLY maigres »,L'innovation, 4(5), p. 100486. est ce que je : 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) « Aperçus métagénomiques sur les risques potentiels des déchets plastiques biodégradables/non dégradables et non plastiques représentatifs dans les parties supérieure et inférieure de l'estuaire du Haihe, en Chine »,La science de l'environnement total, 887, p. 164026. est ce que je : 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
