page_head_bg

Des produits

Séquençage métagénomique (NGS)

Le métagénome fait référence à une collection de matériel génétique total d'une communauté mixte d'organismes, tels que le métagénome environnemental, le métagénome humain, etc. Il contient des génomes de micro-organismes cultivables et non cultivables.Le séquençage métagénomique est un outil moléculaire utilisé pour analyser les matériaux génomiques mixtes extraits d'échantillons environnementaux, qui fournit des informations détaillées sur la diversité et l'abondance des espèces, la structure de la population, la relation phylogénétique, les gènes fonctionnels et le réseau de corrélation avec les facteurs environnementaux.

Plateforme:Illumina NovaSeq6000


Détails des services

Résultats de la démo

Étude de cas

Avantages des services

ØSans isolement ni culture pour le profilage de la communauté microbienne

ØHaute résolution dans la détection d'espèces à faible abondance dans des échantillons environnementaux

ØL'idée de « méta- » intègre toutes les caractéristiques biologiques au niveau fonctionnel, au niveau de l'espèce et au niveau du gène, ce qui reflète une vision dynamique plus proche de la réalité.

ØBMK accumule une expérience massive dans divers types d'échantillons avec plus de 10 000 échantillons traités.

Spécifications des services

SéquençagePlateforme

Bibliothèque

Rendement de données recommandé

Délai d'exécution estimé

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Balises 50K/100K/300K

30 jours

Analyses bioinformatiques

üContrôle qualité des données brutes

üAssemblage du métagénome

üEnsemble de gènes et annotation non redondants

üAnalyse de la diversité des espèces

üAnalyse de la diversité des fonctions génétiques

üAnalyse inter-groupes

üAnalyse d'association avec des facteurs expérimentaux

2

Exigences et livraison des échantillons

Exemples d'exigences :

Pourextraits d'ADN:

Échantillon type

Montant

Concentration

Pureté

extraits d'ADN

> 30 ng

> 1 ng/µl

OD260/280= 1,6-2,5

Pour les échantillons environnementaux :

Échantillon type

Procédure d'échantillonnage recommandée

Sol

Quantité d'échantillonnage : env.5g;La substance flétrie restante doit être retirée de la surface ;Broyez les gros morceaux et passez à travers un filtre de 2 mm;Échantillons aliquotés dans un tube EP stérile ou un cyrotube pour réservation.

Fèces

Quantité d'échantillonnage : env.5g;Recueillir et aliquoter les échantillons dans un tube EP stérile ou un cryotube pour réservation.

Contenu intestinal

Les échantillons doivent être traités dans des conditions aseptiques.Laver les tissus collectés avec du PBS ;Centrifuger le PBS et recueillir le précipitant dans des tubes EP.

Boue

Quantité d'échantillonnage : env.5g;Recueillir et aliquoter l'échantillon de boue dans un tube EP stérile ou un cryotube pour réservation

Plan d'eau

Pour les échantillons contenant une quantité limitée de microbes, tels que l'eau du robinet, l'eau de puits, etc., recueillir au moins 1 L d'eau et passer à travers un filtre de 0,22 μm pour enrichir les microbes sur la membrane.Stocker la membrane dans un tube stérile.

La peau

Grattez soigneusement la surface de la peau avec un coton-tige stérile ou une lame chirurgicale et placez-le dans un tube stérile.

Livraison d'échantillon recommandée

Congelez les échantillons dans de l'azote liquide pendant 3 à 4 heures et stockez-les dans de l'azote liquide ou à -80 degrés pour une réservation à long terme.L'envoi d'échantillons avec de la neige carbonique est requis.

Flux de travail des services

logo_02

Livraison d'échantillon

logo_04

Construction de la bibliothèque

logo_05

Séquençage

logo_06

L'analyse des données

logo_07

Services après-vente


  • Précédent:
  • Suivant:

  • 1.Histogramme : Répartition des espèces

    3

    2. Gènes fonctionnels annotés aux voies métaboliques KEGG

    4

    3.Carte thermique : fonctions différentielles basées sur l'abondance relative des gènes54.Circos des gènes de résistance aux antibiotiques CARD

    6

    Cas BMK

    Prévalence des gènes de résistance aux antibiotiques et des pathogènes bactériens le long du continuum sol-mangrove racinaire

    Publié :Journal des matières dangereuses, 2021

    Stratégie de séquençage :

    Matériaux : Extraits d'ADN de quatre fragments d'échantillons associés à des racines de palétuvier : sol non planté, compartiments de la rhizosphère, de l'épisphère et de l'endosphère
    Plate-forme : Illumina HiSeq 2500
    Cibles : métagénome
    Région V3-V4 du gène ARNr 16S

    Principaux résultats

    Le séquençage métagénomique et le profilage métabarcode sur le continuum sol-racine des jeunes arbres de mangrove ont été traités afin d'étudier la dissémination des gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) du sol dans les plantes.Les données métagénomiques ont révélé que 91,4 % des gènes de résistance aux antibiotiques étaient couramment identifiés dans les quatre compartiments du sol mentionnés ci-dessus, ce qui a montré une manière continue.Le séquençage de l'amplicon d'ARNr 16S a généré 29 285 séquences, représentant 346 espèces.Combinée au profilage des espèces par séquençage des amplicons, cette dissémination s'est avérée indépendante du microbiote associé aux racines, cependant, elle pourrait être facilitée par la mobilité des éléments génétiques.Cette étude a identifié le flux d'ARG et d'agents pathogènes du sol vers les plantes par le biais d'un continuum sol-racine interconnecté.

    Référence

    Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. et Shu, L. .(2020).Prévalence des gènes de résistance aux antibiotiques et des pathogènes bactériens le long du continuum sol-racine de la mangrove.Journal des Matériaux Dangereux, 408, 124985.

    obtenir un devis

    Écrivez votre message ici et envoyez-le nous

    Envoyez-nous votre message :