Séquençage métagénomique -NGS
Un métagénome est une collection du matériel génétique total d’une communauté mixte d’organismes, tels que les métagénomes environnementaux et humains. Il contient des génomes de micro-organismes cultivables et incultivables. Le séquençage métagénomique Shotgun avec NGS permet l’étude de ces paysages génomiques complexes intégrés dans des échantillons environnementaux en fournissant plus qu’un profil taxonomique, donnant également des informations granulaires sur la diversité des espèces, la dynamique de l’abondance et les structures complexes des populations. Au-delà des études taxonomiques, la métagénomique de chasse offre également une perspective de génomique fonctionnelle, permettant l'exploration des gènes codés et de leurs rôles putatifs dans les processus écologiques. Enfin, l'établissement de réseaux de corrélation entre les éléments génétiques et les facteurs environnementaux contribue à une compréhension holistique de l'interaction complexe entre les communautés microbiennes et leur contexte écologique. En conclusion, le séquençage métagénomique constitue un instrument essentiel pour démêler les subtilités génomiques de diverses communautés microbiennes, éclairant les relations multiformes entre la génétique et l’écologie au sein de ces écosystèmes complexes.
Plateformes : Illumina NovaSeq et DNBSEQ-T7
Avantages des services
●Méthode sans isolement ni culture pour le profilage de la communauté microbienne: Permettre le séquençage du matériel génétique d’organismes incultivables.
●Haute résolution: Détecter les espèces à faible abondance dans les échantillons environnementaux.
●Analyse bioinformatique complète :Axé non seulement sur la diversité taxonomique mais également sur la diversité fonctionnelle de la communauté.
●Expérience étendue :Forte d’une expérience dans la clôture réussie de plusieurs projets de métagénomique dans divers domaines de recherche et le traitement de plus de 200 000 échantillons, notre équipe apporte une richesse d’expérience à chaque projet.
Spécifications des services
| Plateforme de séquençage | Stratégie de séquençage | Données recommandées | Contrôle de qualité |
| Illumina NovaSeq ou DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Go | Q30≥85 % |
Exigences du service
| Concentration (ng/μL) | Montant total (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Sol/boue : 2-3 g
● Contenu intestinal-animal : 0,5 à 2 g
● Contenu intestinal-insecte : 0,1-0,25 g
● Surface de la plante (sédiment enrichi) : 0,5-1 g
● Sédiment enrichi en bouillon de fermentation) : 0,2-0,5 g
● Fèces (gros animaux) : 0,5-2 g
● Fèces (souris) : 3-5grains
● Liquide de lavage alvéolaire pulmonaire : papier filtre
● Écouvillonnage vaginal : 5 à 6 écouvillons
● Écouvillonnage cutané/génital/salive/tissus mous oraux/écouvillonnage pharyngé/écouvillonnage rectal : 2 à 3 écouvillons
● Microorganisme de surface : 5 à 6 écouvillons
● Plan d'eau/air/biofilm : papier filtre
● Endophytes : 2-3 g
● Plaque dentaire : 0,5 à 1 g
Flux de travail des services
Livraison d'échantillon
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
Comprend l’analyse suivante :
● Contrôle qualité des données de séquençage
● Assemblage du métagénome et prédiction génétique
● Annotation des gènes
● Analyse de la diversité alpha taxonomique
● Analyse fonctionnelle de la communauté : fonction biologique, métabolique, résistance aux antibiotiques
● Analyse sur la diversité fonctionnelle et taxonomique :
Analyse de la diversité bêta
Analyse inter-groupes
Analyse de corrélation : entre les facteurs environnementaux et la composition et la diversité des OUT
Analyse fonctionnelle : résistance aux antibiotiques CARD
Analyse différentielle des voies métaboliques KEGG : carte thermique des voies significatives
Diversité alpha de la distribution taxonomique : indice ACE
Diversité bêta de la distribution taxonomique : PCoA
Explorez les progrès facilités par les services de séquençage du métagénome de BMKGene avec Illumina à travers une collection organisée de publications.
Hai, Q. et al. (2023) « Analyse métagénomique et métabolomique des modifications du contenu intestinal de la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) infectée par le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse à différentes températures de l'eau de culture »,Frontières de la microbiologie, 14, p. 1275649. est ce que je : 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et coll. (2023) « Communautés microbiennes, gènes de résistance et risques de résistome dans les lacs urbains de différents états trophiques : liens internes et influences externes »,Journal des progrès des matières dangereuses, 9, p. 100233. est ce que je : 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) « L'analyse métagénomique a révélé des différences de composition et de fonction entre les micro-organismes associés aux liquides et aux solides du rumen de mouton »,Frontières de la microbiologie, 13, p. 851567. est ce que je : 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) « Le microbiote dérivé du porc obèse du Ningxiang recâble le métabolisme de la carnitine pour favoriser le dépôt d'acides gras musculaires chez les porcs maigres DLY »,L'innovation, 4(5), p. 100486. est ce que je : 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) « Aperçus métagénomiques sur les risques potentiels liés aux débris représentatifs de plastiques et de non-plastiques bio/non dégradables dans les cours supérieurs et inférieurs de l'estuaire de Haihe, en Chine »,Science de l'environnement total, 887, p. 164026. est ce que je : 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
