Séquençage métagénomique (NGS)
Avantages des services
ØSans isolement ni culture pour le profilage de la communauté microbienne
ØHaute résolution dans la détection d'espèces à faible abondance dans des échantillons environnementaux
ØL'idée de « méta- » intègre toutes les caractéristiques biologiques au niveau fonctionnel, au niveau de l'espèce et au niveau du gène, ce qui reflète une vision dynamique plus proche de la réalité.
ØBMK accumule une expérience massive dans divers types d'échantillons avec plus de 10 000 échantillons traités.
Spécifications des services
| SéquençagePlateforme | Bibliothèque | Rendement de données recommandé | Délai d'exécution estimé |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Balises 50K/100K/300K | 30 jours |
Analyses bioinformatiques
üContrôle qualité des données brutes
üAssemblage du métagénome
üEnsemble de gènes et annotation non redondants
üAnalyse de la diversité des espèces
üAnalyse de la diversité des fonctions génétiques
üAnalyse inter-groupes
üAnalyse d'association avec des facteurs expérimentaux
Exigences et livraison des échantillons
Exemples d'exigences :
Pourextraits d'ADN:
| Échantillon type | Montant | Concentration | Pureté |
| extraits d'ADN | ＞ 30 ng | > 1 ng/µl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pour les échantillons environnementaux :
| Échantillon type | Procédure d'échantillonnage recommandée |
| Sol | Quantité d'échantillonnage : env.5g;La substance flétrie restante doit être retirée de la surface ;Broyez les gros morceaux et passez à travers un filtre de 2 mm;Échantillons aliquotés dans un tube EP stérile ou un cyrotube pour réservation. |
| Fèces | Quantité d'échantillonnage : env.5g;Recueillir et aliquoter les échantillons dans un tube EP stérile ou un cryotube pour réservation. |
| Contenu intestinal | Les échantillons doivent être traités dans des conditions aseptiques.Laver les tissus collectés avec du PBS ;Centrifuger le PBS et recueillir le précipitant dans des tubes EP. |
| Boue | Quantité d'échantillonnage : env.5g;Recueillir et aliquoter l'échantillon de boue dans un tube EP stérile ou un cryotube pour réservation |
| Plan d'eau | Pour les échantillons contenant une quantité limitée de microbes, tels que l'eau du robinet, l'eau de puits, etc., recueillir au moins 1 L d'eau et passer à travers un filtre de 0,22 μm pour enrichir les microbes sur la membrane.Stocker la membrane dans un tube stérile. |
| La peau | Grattez soigneusement la surface de la peau avec un coton-tige stérile ou une lame chirurgicale et placez-le dans un tube stérile. |
Livraison d'échantillon recommandée
Congelez les échantillons dans de l'azote liquide pendant 3 à 4 heures et stockez-les dans de l'azote liquide ou à -80 degrés pour une réservation à long terme.L'envoi d'échantillons avec de la neige carbonique est requis.
Flux de travail des services
Livraison d'échantillon
Construction de la bibliothèque
Séquençage
L'analyse des données
Services après-vente
1.Histogramme : Répartition des espèces
2. Gènes fonctionnels annotés aux voies métaboliques KEGG
3.Carte thermique : fonctions différentielles basées sur l'abondance relative des gènes
4.Circos des gènes de résistance aux antibiotiques CARD
Cas BMK
Prévalence des gènes de résistance aux antibiotiques et des pathogènes bactériens le long du continuum sol-mangrove racinaire
Publié :Journal des matières dangereuses, 2021
Stratégie de séquençage :
Matériaux : Extraits d'ADN de quatre fragments d'échantillons associés à des racines de palétuvier : sol non planté, compartiments de la rhizosphère, de l'épisphère et de l'endosphère
Plate-forme : Illumina HiSeq 2500
Cibles : métagénome
Région V3-V4 du gène ARNr 16S
Principaux résultats
Le séquençage métagénomique et le profilage métabarcode sur le continuum sol-racine des jeunes arbres de mangrove ont été traités afin d'étudier la dissémination des gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) du sol dans les plantes.Les données métagénomiques ont révélé que 91,4 % des gènes de résistance aux antibiotiques étaient couramment identifiés dans les quatre compartiments du sol mentionnés ci-dessus, ce qui a montré une manière continue.Le séquençage de l'amplicon d'ARNr 16S a généré 29 285 séquences, représentant 346 espèces.Combinée au profilage des espèces par séquençage des amplicons, cette dissémination s'est avérée indépendante du microbiote associé aux racines, cependant, elle pourrait être facilitée par la mobilité des éléments génétiques.Cette étude a identifié le flux d'ARG et d'agents pathogènes du sol vers les plantes par le biais d'un continuum sol-racine interconnecté.
Référence
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. et Shu, L. .(2020).Prévalence des gènes de résistance aux antibiotiques et des pathogènes bactériens le long du continuum sol-racine de la mangrove.Journal des Matériaux Dangereux, 408, 124985.
