जीनोम उत्क्रांती
PNAS
गोल्डफिश (कॅरॅसियस ऑरॅटस) चे उत्क्रांती मूळ आणि पाळीव इतिहास
PacBio |इलुमिना |Bionano जीनोम नकाशा |हाय-सी जीनोम असेंब्ली |अनुवांशिक नकाशा |GWAS |RNA-Seq
हायलाइट्स
1.गोल्डफिश जीनोम उच्च-गुणवत्तेच्या असेंब्ली आवृत्तीसह अद्ययावत केले गेले, 95.75% कॉन्टिग्ज 50 स्यूडोक्रोमोसोम्स (स्कॅफोल्ड N50=31.84 Mb) मध्ये अँकर केले गेले.दोन सबजीनोम वेगळे झाले.
2. 201 व्यक्तींच्या डेटा रेसिक्वेंसिंगवरून पाळीवपणा दरम्यान निवडक स्वीपचे जीनोमिक क्षेत्र ओळखले गेले, 390 पेक्षा जास्त उमेदवार जीन्सचे अनावरण केले गेले जे कदाचित पाळीव गुणांशी संबंधित आहेत.
3.गोल्ड फिशमधील डोर्सल फिनवरील GWAS ने संभाव्यपणे संबंधित 378 उमेदवार जीन्स उघड केले.एक टायरोसिन-प्रोटीन किनेज रिपोर्टर पारदर्शकतेशी संबंधित उमेदवार कारक जनुक म्हणून ओळखले गेले.
पार्श्वभूमी
गोल्डफिश (कॅरॅसियस ऑरॅटस) हा सर्वात महत्वाचा मासा आहे, जो प्राचीन चीनमधील क्रूशियन कार्पपासून पाळण्यात आला होता.त्यांच्यावर चार्ल्स डार्विनने टिप्पणी केली होती की "रंगाच्या जवळजवळ अमर्याद विविधता ओलांडून, आम्ही संरचनेतील सर्वात विलक्षण बदलांसह भेटतो".अत्यंत वैविध्यपूर्ण वैशिष्ट्ये आणि पाळीव आणि प्रजननाचा दीर्घ इतिहास गोल्डफिशला माशांच्या शरीरविज्ञान आणि उत्क्रांतीसाठी एक उत्कृष्ट अनुवांशिक मॉडेल प्रणाली बनवते.
उपलब्धी
गोल्डफिश जीनोम
JPacBio आणि Illumina पेअर-एंड सीक्वेन्सिंग डेटाचे ऑइंट विश्लेषण प्रारंभिक 1.657 G मसुदा असेंबली (Contig N50=474 Kb) देते.Bionano ऑप्टिकल नकाशा तयार केला गेला आणि असेंबली 1.73 Gb आकारात दुरुस्त केली (अंदाजे जीनोम आकार: 1.8 Gb).हाय-सी आधारित असेंब्लीने स्कॅफोल्ड N50 606 Kb वरून 31.84 Mb पर्यंत सुधारला आणि 95.75% (1.65 Gb) ओरिएंटेड आणि ऑर्डर केलेला अँकरिंग दर गाठला.जीनोममध्ये 56,251 कोडिंग जीन्स आणि 10,098 लांब नॉन-कोडिंग ट्रान्सक्रिप्ट समाविष्ट आहे.शिवाय, 50 गुणसूत्रांपैकी 38 संभाव्य सेंट्रोमेरिक प्रदेशांचा अंदाज होता.
Fig.1 गोल्ड फिश जीनोम
Two 50 गोल्डफिश गुणसूत्रांमध्ये सबजीनोमचे स्पष्ट संच ओळखले गेले जे एका प्राचीन संकरित घटनेमुळे उद्भवले.गोल्डफिश आणि बार्बिनी यांच्यामध्ये संरेखित रीड्सच्या उच्च प्रमाणासह गुणसूत्रांचा संच सबजीनोम A (ChrA01~A25), म्हणजे बार्बिनीला सामान्य सबजीनोम आणि उर्वरित सबजीनोम B (ChrB01~B25) म्हणून परिभाषित केले गेले.
घरगुती आणि निवडक स्वीप
Aएकूण 16 जंगली प्रकारचे क्रूशियन कार्प्स आणि 185 प्रतिनिधी गोल्ड फिश व्हेरियंटचे अनुक्रमण सरासरी अनुक्रमण खोली अंदाजे 12.5X होते, ज्यामुळे डेटाचे 4.3 टेराबेसेस निर्माण झाले.फिलोजेनेटिक पुनर्रचना आणि पीसीए विश्लेषणाने इतर गोल्डफिशच्या तुलनेत सामान्य गोल्डफिश आणि क्रूशियन कार्प यांच्यातील जवळच्या संबंधाची पुष्टी केली, जी नंतर दोन वंशांमध्ये विभागली गेली.
Lवरील चार उप-लोकसंख्येवरील डी क्षय विश्लेषणाने पाळीव प्राण्यांमध्ये लोकसंख्येच्या अनुवांशिक अडथळ्याचे अस्तित्व आणि गोल्डफिशमध्ये मजबूत कृत्रिम निवडीचे समर्थन केले.क्रुशियन कार्पपासून सामान्य गोल्डफिशपर्यंत वेन गोल्डफिश आणि एग गोल्डफिशपर्यंत वाढणारी अनुवांशिक विविधता (π) त्यांच्या पाळीवपणादरम्यान अनुवांशिक भिन्नतेचे लक्षणीय संचय दर्शवते.25.2 Mb आणि 946 जनुके कव्हर करणारे 50 निवडक स्वीप जीनोमिक क्षेत्र प्रातिनिधिक डेटावरून (33 गोल्डफिश आणि 16 क्रूशियन क्रॅप) ओळखले गेले.201 व्यक्तींपर्यंत विश्लेषणाचा विस्तार करणे, 393 जीन्सने पूर्ण केलेल्या निवडक स्वीपचे क्षेत्र सूचित केले.ही जनुके कमी-विविधतेची आढळली, जी कदाचित गोल्डफिशमधील प्रमुख पाळीव गुणांशी संबंधित असलेल्या फिनोटाइपमध्ये योगदान देत आहेत.
Fig.3 जीनोम-वाइड डोमेस्टिकेशन-संबंधित विश्लेषण
घरगुती गोल्डफिशवर GWAS
Dओर्सल फिन हे वेन गोल्डफिशला एग गोल्डफिशपासून वेगळे करणारे प्रमुख वैशिष्ट्य आहे.96 वेन गोल्डफिश आणि 87 एग गोल्डफिश वरील पृष्ठीय पंखाच्या GWAS ने 13 गुणसूत्रांमध्ये पसरलेल्या 378 उमेदवार जीन्स उघड केल्या आणि उपजीनोममध्ये या जनुकांचे असमान वितरण दिसून आले.या उमेदवार जनुकांवरील कार्यात्मक विश्लेषणाने जैविक प्रक्रियांवर प्रकाश टाकला ज्यामध्ये “सेल पृष्ठभाग रिसेप्टर सिग्नलिंग”, “ट्रान्समेम्ब्रेन ट्रान्सपोर्टेशन”, “स्केलेटल सिस्टम डेव्हलपमेंट” इ.
अंजीर. 4 GWAS पाळीव गोल्ड फिशवर पृष्ठीय पंख
In पारदर्शक स्केल-संबंधित वैशिष्ट्यांचे GWAS, एकच मजबूत असोसिएशन शिखर आढळले.टायरोसिन-प्रोटीन किनेज रिसेप्टरचे एन्कोडिंग जनुक उमेदवार क्षेत्रांपैकी एकामध्ये ओळखले गेले.
Fig.5 GWAS पारदर्शक स्केल-संबंधित वैशिष्ट्यांचे
संदर्भ
Cहेन डी आणि इतर.गोल्डफिश (कॅरॅसियस ऑरॅटस) चा उत्क्रांतीवादी मूळ आणि पाळीव इतिहास.PNAS (2020)
बातम्या बायोमार्कर टेक्नॉलॉजीजसह नवीनतम यशस्वी प्रकरणे सामायिक करणे, नवीन वैज्ञानिक कामगिरी तसेच अभ्यासादरम्यान लागू केलेली प्रमुख तंत्रे कॅप्चर करणे हे उद्दिष्ट आहे.
पोस्ट वेळ: जानेवारी-०४-२०२२