MABADILIKO YA GENOME
PNAS
Asili ya mageuzi na historia ya ufugaji wa samaki wa dhahabu (Carassius auratus)
PacBio |Ilumina |Ramani ya Bionano Genome |Mkutano wa Hi-C Genome |Ramani ya Jenetiki |GWAS |RNA-Seq
Vivutio
Jenomu ya 1.Goldfish ilisasishwa kwa toleo la ubora wa juu la kusanyiko, likishikilia 95.75% ya contigi katika pseudochromosomes 50 (Scaffold N50=31.84 Mb).Subjenomu mbili zilitenganishwa.
2. Maeneo ya kijeni ya ufagiaji uliochaguliwa wakati wa ufugaji yalitambuliwa kutokana na kuweka upya data ya watu 201, na kufichua zaidi ya jeni 390 zinazotarajiwa kuhusishwa na sifa za ufugaji wa nyumbani.
3.GWAS kwenye dorsal fin katika goldfish inayofugwa ilifichua jeni 378 ambazo zinaweza kuhusishwa.Ripota wa tyrosine-protein kinase alitambuliwa kama jeni la mgombea linalohusishwa na uwazi.
Usuli
Goldfish (Carassius auratus) ni mojawapo ya samaki muhimu zaidi wanaofugwa, ambao walifugwa kutoka kwa carp crucian katika China ya kale.Walitolewa maoni na Charles Darwin kama "Tunapita karibu aina nyingi za rangi, tunakutana na marekebisho ya ajabu zaidi ya muundo".Vipengele tofauti sana na historia ndefu ya ufugaji na ufugaji hufanya samaki wa dhahabu kuwa mfumo bora wa kijenetiki wa fiziolojia na mageuzi ya samaki.
Mafanikio
Jenomu ya Goldfish
Juchanganuzi wa marashi wa data ya mfuatano wa PacBio na Illumina hutoa mkusanyiko wa awali wa rasimu ya 1.657 G (Contig N50=474 KB).Ramani ya macho ya Bionano ilitolewa na kusahihisha mkusanyiko kuwa ukubwa wa Gb 1.73 (Ukubwa uliokadiriwa wa jenomu: Gb 1.8).Ukusanyaji wa msingi wa Hi-C uliboresha zaidi kiunzi cha N50 kutoka Kb 606 hadi Mb 31.84 na kufikia 95.75% (1.65 Gb) iliyoelekezwa na kuamuru kiwango cha kutia nanga.Jenomu hiyo inajumuisha jeni 56,251 za usimbaji na nakala 10,098 ndefu zisizo za kusimba.Zaidi ya hayo, maeneo 38 yanayoweza kuwa katikati yalitabiriwa kati ya kromosomu 50.
Mtini.1 Samaki wa dhahabu Genome
Tole seti zilizo wazi za subjenomu zilitambuliwa katika kromosomu 50 za samaki wa dhahabu zilizotokana na tukio la kale la mseto.Seti ya kromosomu zilizo na sehemu kubwa zaidi za usomaji zilizopangiliwa kati ya goldfish na Barbinae zilifafanuliwa kama subgenome A (ChrA01~A25), yaani subgenome inayojulikana kwa Barbinae, na iliyosalia kama subgenome B (ChrB01~B25).
Ufagiaji wa nyumbani na wa kuchagua
Ajumla ya aina 16 za aina ya crucian carps na lahaja wakilishi 185 za samaki wa dhahabu zilifuatana na kina cha wastani cha takriban 12.5X, na kutoa terabases 4.3 za data.Uundaji upya wa phylogenetic na uchambuzi wa PCA ulithibitisha uhusiano wa karibu kati ya samaki wa dhahabu wa kawaida na crucian carp kuliko samaki wengine wa dhahabu, ambao baadaye waligawanywa katika safu mbili.
LUchambuzi wa D kuoza juu ya idadi ndogo ya watu wanne uliunga mkono kuwepo kwa vikwazo vya kinasaba vya idadi ya watu wakati wa ufugaji na uteuzi dhabiti wa bandia katika samaki wa dhahabu.Kuongezeka kwa anuwai ya kijeni (π) kutoka kwa crucian carp hadi samaki wa dhahabu wa kawaida hadi Wen goldfish na Egg goldfish kulionyesha mkusanyiko mkubwa wa tofauti za kijeni wakati wa ufugaji wao.Maeneo 50 mahususi ya kufagia genomic yanayofunika 25.2 Mb na jeni 946 yalitambuliwa kutoka kwa data wakilishi (samaki 33 wa dhahabu na crucian crap 16).Kupanua uchanganuzi kwa watu 201, jeni 393 zilionyesha maeneo ya ufagiaji uliokamilika.Jeni hizi zilipatikana za anuwai ya chini, ambayo inawezekana ilichangiwa na phenotypes zinazohusiana na sifa kuu za ufugaji wa samaki wa dhahabu.
Mtini.3 Uchanganuzi unaohusiana na ufugaji wa nyumbani kwa upana wa genome
GWAS juu ya samaki wa kufugwa wa dhahabu
Dorsal fin ni kipengele muhimu hutofautisha Wen goldfish kutoka Egg goldfish.GWAS ya dorsal fin kwenye 96 Wen goldfish na 87 Egg goldfish ilifichua jeni 378 tahini zilizoenea katika kromosomu 13 na mgawanyo usio sawa wa jeni hizi kati ya subgenomes ulionekana.Uchanganuzi wa kiutendaji kwenye jeni hizi za mteuliwa uliangazia michakato ya kibayolojia ikijumuisha "alama ya kipokezi cha uso wa seli", "Usafirishaji wa Transmembrane", "Ukuzaji wa mfumo wa mifupa", n.k.
Mtini.4 GWAS wa dorsal fin kwenye goldfish wafugwao
In GWAS ya sifa za uwazi zinazohusiana na mizani, kilele kimoja chenye nguvu cha uhusiano kiligunduliwa.Jeni inayosimba kipokezi cha tyrosine-protini kinase ilitambuliwa katika mojawapo ya maeneo yaliyopendekezwa.
Mtini.5 GWAS ya sifa za uwazi zinazohusiana na mizani
Rejea
Ckuku D et al.Asili ya mageuzi na historia ya ufugaji wa samaki wa dhahabu (Carassius auratus).PNAS (2020)
Habari inalenga kushiriki kesi za hivi punde zilizofaulu na Biomarker Technologies, kupata mafanikio mapya ya kisayansi na pia mbinu maarufu zilizotumika wakati wa utafiti.
Muda wa kutuma: Jan-04-2022