उत्पादने

लांब नॉन-कोडिंग अनुक्रम-इलुमिना

लाँग नॉन-कोडिंग RNAs (lncRNAs) हे 200 nt पेक्षा जास्त लांबीचे RNA रेणू आहेत, जे अत्यंत कमी कोडिंग क्षमतेने वैशिष्ट्यीकृत आहेत.LncRNA, नॉन-कोडिंग RNA मध्ये एक प्रमुख सदस्य म्हणून, मुख्यतः न्यूक्लियस आणि प्लाझ्मामध्ये आढळतो.सिक्वेन्सिंग टेक्नॉलॉजी आणि बायोइन्फॉर्मटिक्समधील विकासामुळे असंख्य नवीन lncRNAs ओळखणे शक्य होते आणि त्यांना जैविक कार्यांशी जोडले जाते.संचयी पुरावे सूचित करतात की lncRNA एपिजेनेटिक नियमन, ट्रान्सक्रिप्शन नियमन आणि पोस्ट-ट्रान्सक्रिप्शन नियमन यामध्ये मोठ्या प्रमाणावर गुंतलेले आहे.

आमच्याशी संपर्क साधा

सेवा तपशील

बायोइन्फॉरमॅटिक्स

डेमो परिणाम

केस स्टडी

सेवा फायदे

● सेवा फायदे

● सेल्युलर आणि ऊतक विशिष्ट

● विशिष्ट स्टेज डायनॅमिक अभिव्यक्ती बदल व्यक्त करतो आणि सादर करतो

● वेळ आणि स्थान अभिव्यक्तीचे अचूक नमुने

● mRNA डेटासह संयुक्त विश्लेषण.

● BMKCloud-आधारित परिणाम वितरण: सानुकूलित डेटा-मायनिंग प्लॅटफॉर्मवर उपलब्ध आहे.

● प्रकल्प पूर्ण झाल्यानंतर 3 महिन्यांसाठी विक्री-पश्चात सेवा वैध

नमुना आवश्यकता आणि वितरण

लायब्ररी	प्लॅटफॉर्म	शिफारस केलेला डेटा	डेटा QC
rRNA कमी होणे	Illumina PE150	10 Gb	Q30≥85%

Conc.(ng/μl)

रक्कम (μg)

पवित्रता

सचोटी

≥ १००

≥ ०.५

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

जेलवर मर्यादित किंवा कोणतेही प्रथिने किंवा डीएनए दूषित नाही.

वनस्पतींसाठी: RIN≥6.5;

प्राण्यांसाठी: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

मर्यादित किंवा बेसलाइन उंची नाही

न्यूक्लियोटाइड्स:

ऊती: वजन (कोरडे): ≥1 ग्रॅम

*5 मिग्रॅ पेक्षा लहान टिश्यूसाठी, आम्ही फ्लॅश फ्रोझन (द्रव नायट्रोजनमध्ये) ऊतक नमुना पाठविण्याची शिफारस करतो.

सेल निलंबन: सेल संख्या = 3×10⁷
*आम्ही फ्रोझन सेल लाइसेट पाठवण्याची शिफारस करतो.त्या सेलची संख्या 5×10 पेक्षा लहान असल्यास⁵, द्रव नायट्रोजनमध्ये फ्लॅश गोठविण्याची शिफारस केली जाते.

रक्ताचे नमुने:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol आणि 2mL रक्त(TRIzol:Blood=3:1)

शिफारस केलेले नमुना वितरण
कंटेनर: 2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉइलची शिफारस केलेली नाही)
नमुना लेबलिंग: गट+प्रतिकृती उदा. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

शिपमेंट:
1.ड्राय-बर्फ: नमुने पिशव्यामध्ये पॅक करणे आणि कोरड्या बर्फात पुरणे आवश्यक आहे.
2.RNAstable tubes: RNA नमुने RNA स्थिरीकरण ट्यूब (उदा. RNAstable®) मध्ये वाळवले जाऊ शकतात आणि खोलीच्या तापमानात पाठवले जाऊ शकतात.

सेवा कार्य प्रवाह

प्रयोग डिझाइन

नमुना वितरण

आरएनए काढणे

ग्रंथालय बांधकाम

अनुक्रम

डेटा विश्लेषण

विक्रीनंतर सेवा

मागील: लहान आरएनए अनुक्रम-इलुमिना

पुढे: गैर-संदर्भ आधारित mRNA सिक्वेन्सिंग-इलुमिना

बायोइन्फॉरमॅटिक्स

1.LncRNA वर्गीकरण

वरील चार सॉफ्टवेअर्सद्वारे भाकीत केलेल्या LncRNA चे 4 श्रेणींमध्ये वर्गीकरण केले गेले: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;अर्थ-LncRNA.LncRNA वर्गीकरण खालील हिस्टोग्राममध्ये दर्शविले होते.

LncRNA-वर्गीकरण

LncRNA वर्गीकरण

2. DE-lncRNA संवर्धन विश्लेषणाचे सीआयएस-लक्ष्यित जीन्स

ClusterProfiler जैविक प्रक्रिया, आण्विक कार्ये आणि सेल्युलर घटकांच्या दृष्टीने भिन्न व्यक्त केलेल्या lncRNA (DE-lncRNA) च्या cis-लक्ष्यित जनुकांवर GO संवर्धन विश्लेषणामध्ये कार्यरत होते.GO संवर्धन विश्लेषण ही संपूर्ण जीनोमच्या तुलनेत DEG-निर्देशित लक्षणीय समृद्ध GO संज्ञा ओळखण्याची प्रक्रिया आहे.खाली दर्शविल्याप्रमाणे समृद्ध संज्ञा हिस्टोग्राम, बबल चार्ट इ. मध्ये सादर केल्या होत्या.

DE-lncRNA-संवर्धन-विश्लेषण--बबल-चार्टचे सीआयएस-लक्ष्यित-जीन्स- DE-lncRNA संवर्धन विश्लेषणाचे सीआयएस-लक्ष्यित जीन्स - बबल चार्ट

3. mRNA आणि lncRNA ची लांबी, exon संख्या, ORF आणि अभिव्यक्ती रक्कम यांची तुलना करून, आम्ही त्यांच्यातील रचना, क्रम आणि याप्रमाणेच फरक समजू शकतो आणि आमच्याद्वारे भाकीत केलेली कादंबरी lncRNA सामान्य वैशिष्ट्यांशी सुसंगत आहे की नाही हे देखील सत्यापित करू शकतो.

बीएमके केस

KRAS-G12D उत्परिवर्तन आणि P53 नॉकआउटसह माऊस फुफ्फुसाच्या एडेनोकार्सिनोमासमध्ये नियंत्रणमुक्त lncRNA अभिव्यक्ती प्रोफाइल

प्रकाशित:सेल्युलर आणि आण्विक औषध जर्नल,2019

अनुक्रम धोरण

इल्युमिना

नमुना संकलन

NONMMUT015812-नॉकडाउन KP (shRNA-2) पेशी आणि नकारात्मक नियंत्रण (sh-Scr) पेशी विशिष्ट विषाणू संसर्गाच्या 6 व्या दिवशी प्राप्त झाल्या.

मुख्य परिणाम

हा अभ्यास P53 नॉकआउट आणि KrasG12D उत्परिवर्तनासह माऊसच्या फुफ्फुसाच्या एडेनोकार्सिनोमामध्ये स्पष्टपणे व्यक्त केलेल्या lncRNA चा तपास करतो.
1.6424 lncRNA वेगळेपणे व्यक्त केले गेले (≥ 2-पट बदल, P <0.05).
2.सर्व 210 lncRNAs(FC≥8) पैकी, 11 lncRNAs ची अभिव्यक्ती P53 द्वारे, 33 lncRNAs KRAS द्वारे आणि 13 lncRNAs प्राथमिक KP पेशींमध्ये हायपोक्सियाद्वारे नियंत्रित केली गेली.
3.NONMMUT015812, जो माऊसच्या फुफ्फुसाच्या एडेनोकार्सिनोमामध्ये उल्लेखनीयपणे नियमन केलेला होता आणि P53 री-एक्सप्रेशनद्वारे नकारात्मकरित्या नियंत्रित केला गेला होता, त्याच्या सेल्युलर कार्याचे विश्लेषण करण्यासाठी शोधण्यात आले.
4. shRNAs द्वारे NONMMUT015812 च्या नॉकडाउनमुळे KP पेशींचा प्रसार आणि स्थलांतर क्षमता कमी झाली.NONMMUT015812 हे संभाव्य ऑन्कोजीन होते.

NONMMUT015812-नॉकडाउन केपी पेशींमध्ये भिन्नपणे व्यक्त केलेल्या जनुकांचे KEGG मार्ग विश्लेषण

NONMMUT015812-नॉकडाउन केपी पेशींमध्ये भिन्नपणे व्यक्त केलेल्या जनुकांचे जीन ऑन्टोलॉजी विश्लेषण

संदर्भ

KRAS-G12D उत्परिवर्तन आणि P53 नॉकआउट[J] सह माऊस फुफ्फुसाच्या एडेनोकार्सिनोमासमध्ये नियंत्रणमुक्त lncRNA अभिव्यक्ती प्रोफाइल.जर्नल ऑफ सेल्युलर अँड मॉलिक्युलर मेडिसिन, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584