GENOME EVOLUTION
PNAS
Dîroka pêşveçûn û kedîkirina masiyên zêrîn (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Nexşeya Genome ya Bionano |Civîna Genome ya Hi-C |Nexşeya Genetîkî |GWAS |RNA-Seq
Highlights
Genoma 1.Goldfish bi guhertoyek kombûnê ya bi kalîte ve hate nûve kirin, 95,75% ji kontekan di nav 50 pseudokromozoman de girêdide (Scaffold N50=31,84 Mb).Du subgenom ji hev veqetiyan.
2. Herêmên genomîk ên şûştinên bijartî yên di dema kedîkirinê de ji daneyên ji nû ve veguheztina 201 kesan hatine nas kirin, ku zêdetirî 390 genên berendam ên ku îhtîmal e bi taybetmendiyên kedîbûnê re têkildar in eşkere kirin.
3.GWAS li ser perika piştê ya di masiyên zêrîn ên kedîkirî de 378 genên berendam ên ku potansiyel bi hev re têkildar in eşkere kirin.Nûçegihanek tyrosine-protein kinase wekî genek berendamek ku bi zelalbûnê ve girêdayî ye hate nas kirin.
Paşî
Masiyê zêr (Carassius auratus) yek ji girîngtirîn masiyên çandiniyê ye, ku li Çîna kevnar ji kerba xaçparêzan hatine kedîkirin.Ew ji hêla Charles Darwin ve wekî "Derbasbûna li ser pirrengiyek hema hema bêsînor a rengan, em bi guheztinên herî awarte yên strukturê re rû bi rû dimînin" hatin şîrove kirin.Taybetmendiyên pir cihêreng û dîroka dirêj a kedîkirin û mezinbûnê masiyên zêr ji bo fîzolojî û pêşkeftina masiyan pergala modela genetîkî ya hêja dike.
Achievements
Genoma masiya zêr
JAnalîzkirina rûnê ya daneheva rêzika pacBio û Illumina ya cotek-dawî berhevokek pêşîn a 1.657 G (Contig N50=474 Kb) dide.Nexşeya optîkî ya Bionano hate çêkirin û kombûn di mezinahiya 1,73 Gb de hate rast kirin (Mezinahiya genomê ya texmînkirî: 1,8 Gb).Civîna bingeha Hi-C îskeleya N50 ji 606 Kb berbi 31,84 Mb çêtir kir û 95,75% (1,65 Gb) rêjeya lengerkirinê ya rêgez û fermankirî bi dest xist.Genom ji 56,251 genên kodker û 10,098 transkripta dirêj a ne-kodkirî pêk tê.Wekî din, 38 herêmên sentromerîkî yên potansiyel ji 50 kromozoman hatine pêşbînîkirin.
Fig.1 Genoma masiyê zêr
TDi 50 kromozomên masiyên zêrîn ên ku di encama bûyereke hîbrîdîzasyonê ya kevnar de derketine, komên zelal ên binejenoman hatine nas kirin.Koma kromozomên ku bi rêjeya xwendinê ya bilind di navbera masiyên zêr û Barbinae de hatine rêz kirin, wekî binavjenoma A (ChrA01~A25), ango binejenomek hevpar a Barbinae, û yên mayî wekî binavjenoma B (ChrB01~B25) hatine destnîşankirin.
Xwedîkirin û şûştinên bijartî
Abi giştî 16 kerpên xaçparêzên cureyên çolê û 185 guhertoyên masiyên zêrîn ên temsîlî bi kûrahiya rêziknameya navînî ya bi qasî 12,5X ve nûve bûne, û 4,3 terabase daneyan çêdikin.Veavakirina fîlogenetîkî û analîza PCA têkiliyek nêzîktir di navbera masiyên zêrîn ên hevpar û kerpa xaçê de ji masiyên din ên zêr, ku paşîn li du rêzan dabeş kirin, piştrast kir.
LD analîza rizîbûnê ya li ser çar binepopulasyonên jorîn hebûna gemarek genetîkî ya nifûsê di dema kedîkirin û hilbijartina sûnî ya xurt di masiyên zêr de piştgirî kir.Zêdebûna cihêrengiya genetîkî (π) ji kerba xaçê bigire heya masiyên zêr ên hevpar, ji masiyên zêr ên Wen û masiyên zêrîn ên hêk, kombûnek girîng a guhertoyên genetîkî di dema kedîkirina wan de destnîşan kir.50 herêmên genomîk ên hilbijartî yên ku 25,2 Mb û 946 genan vedigirin ji daneyên nûnerê (33 masiyên zêr û 16 xaçparêzan) hatin tespît kirin.Berfirehkirina analîzê li ser 201 kesan, 393 gen herêmên şûştina bijartî ya temamkirî destnîşan kirin.Van genan cûrbecûr kêm hatin dîtin, ku dibe ku beşdarî fenotîpên ku bi taybetmendiyên sereke yên kedîkirinê di masiyên zêr de têkildar in.
Fig.3 Analîzên bi malîbûnê-girêdayî li seranserê Genomê
GWAS li ser masiyên zêrîn ên kedîkirî
Dfin orsal taybetmendiyek sereke ye ku masiyê zêr Wen ji masiyê zêr hêk cuda dike.GWAS ya dorsalê li ser 96 masiyên zêr Wen û 87 masiyên zêr hêk, 378 genên berendam li ser 13 kromozoman belav bûne û belavbûneke nehevseng a van genan di navbera binejenoman de hate dîtin.Analîzên fonksiyonel ên li ser van genên berendam pêvajoyên biyolojîkî yên di nav de "Sînyalkirina receptorê rûxara hucreyê", "veguhestina transmembrane", "Pêşveçûna pergala skeletal", hwd.
Fig.4 GWAS ya dorsalê li ser masiyên zêrîn ên kedî
In GWAS ji taybetmendiyên bi pîvana şefaf ve girêdayî, lûtkeyek yekane ya bihêz hate dîtin.Genek ku receptorek tyrosine-protein kinase kod dike li yek ji herêmên berendam hate nas kirin.
Fig.5 GWAS yên taybetiyên bi pîvana zelal
Balkêşî
Chen D et al.Dîroka pêşkeftin û kedîkirina masiyên zêrîn (Carassius auratus).PNAS (2020)
Nûçe armanc dike ku dozên serketî yên herî dawîn bi Biomarker Technologies re parve bike, destkeftiyên zanistî yên nû û her weha teknîkên berbiçav ên ku di dema lêkolînê de hatine bikar anîn bigire.
Dema şandinê: Jan-04-2022