GENOME EVOLUTION
PNAS
Ny niandohan'ny evolisiona sy ny tantaran'ny fiompiana trondro volamena (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Bionano Genome Map |Hi-C Genome Assembly |Sarintany Genetika |GWAS |RNA-Seq
Zava-nisongadina
1. Nohavaozina tamin'ny alàlan'ny dika fivoriambe avo lenta ny génome goldfish, mametraka ny 95.75% amin'ny contigs ho pseudochromosomes 50 (Scaffold N50=31.84 Mb).Subgônome roa no nisaraka.
2. Ny faritra génomika amin'ny famafazana voafantina mandritra ny fanompoam-pivavahana dia fantatra tamin'ny famerenan'ny olona 201 ny angon-drakitra, nanehoana ireo fototarazo kandida miisa 390 izay azo inoana fa misy ifandraisany amin'ny toetran'ny trano fonenana.
3. Ny GWAS amin'ny vombony dorsal amin'ny trondro volamena fiompiana dia nahitana fototarazo kandida 378 izay mety ho mifandray.Ny mpanao gazety tyrosine-protein kinase dia fantatra fa fototarazo mahatonga ny kandida mifandray amin'ny mangarahara
lafika
Goldfish (Carassius auratus) dia iray amin'ireo trondro fiompiana manan-danja indrindra, izay avy amin'ny karpa crucian tany Sina fahiny.Nomarihin'i Charles Darwin toy izao izy ireo: "Mandalo ny loko isan-karazany saika tsy manam-petra, dia mihaona amin'ireo fanovana miavaka indrindra amin'ny rafitra".Ny endri-javatra maro samihafa sy ny tantara lava momba ny fiompiana sy ny fiompiana dia mahatonga ny trondro volamena ho rafitra modely fototarazo tena tsara ho an'ny fiziolojia sy ny fivoaran'ny trondro.
zava-bita
génomé goldfish
JNy famakafakana menaka momba ny angon-drakitra momba ny paosin'ny PacBio sy Illumina dia manome drafitra 1.657 G voalohany (Contig N50 = 474 Kb).Ny sarintany optika Bionano dia noforonina ary nanitsy ny fivoriambe ho 1.73 Gb amin'ny habeny (Tombanana ny haben'ny genome: 1.8 Gb).Ny fivoriambe miorina amin'ny Hi-C dia nanatsara kokoa ny scaffold N50 avy amin'ny 606 Kb ka hatramin'ny 31.84 Mb ary nahatratra 95.75% (1.65 Gb) miompana sy nanome baiko ny tahan'ny fanokanana.Ny fototarazo dia misy fototarazo 56,251 coding ary 10,098 transcript tsy misy kaody lava.Ambonin'izany, 38 ny mety ho faritra centromeric novinavinaina tamin'ny 50 chromosomes.
Fig.1 Trondro volamena Genome
TMisy andiana subgôneoma mazava hita ao amin'ireo krômôzôzôma volamena 50 izay vokatry ny fisehoan-javatra natambatra taloha.Ny fitambaran'ny krômôzôma manana ampahany betsaka kokoa amin'ny vakiteny mifanandrify amin'ny trondro volamena sy Barbinae dia nofaritana ho subgenome A (ChrA01~A25), izany hoe subgenome mahazatra an'i Barbinae, ary ny ambiny dia subgenome B (ChrB01~B25).
Famafazana an-trano sy mifantina
ANy fitambaran'ny karpa crucian karazany 16 sy ny karazana trondro volamena 185 dia mitovy amin'ny halalin'ny filaharana eo ho eo amin'ny 12.5X eo ho eo, miteraka angona 4.3 terabases.Ny fanarenana phylogenetic sy ny fanadihadiana PCA dia nanamafy ny fifandraisana akaiky kokoa eo amin'ny trondro volamena mahazatra sy ny karpa crucian noho ny trondro volamena hafa, izay nizara roa farany.
LNy famakafakana ny fahalavoana amin'ireo zana-pokontany efatra etsy ambony dia nanohana ny fisian'ny fitotongan'ny fototarazon'ny mponina nandritra ny fambolena sy ny fifantenana artifisialy matanjaka amin'ny trondro volamena.Ny fampitomboana ny fahasamihafan'ny fototarazo (π) manomboka amin'ny karpa crucian ka hatramin'ny trondro volamena mahazatra mankany amin'ny trondro volamena Wen ary ny trondro volamena atody dia manondro ny fivondronan'ny fiovaovan'ny fototarazo mandritra ny fiompiana azy.Faritra genomika 50 voafantina mandrakotra ny fototarazo 25.2 Mb sy 946 no fantatra tamin'ny angon-drakitra (33 goldfish ary 16 crucian crap).Ny fanitarana ny famakafakana ho an'ny olona 201, ny fototarazo 393 dia manondro ny faritra misy ny famafazana voafantina.Ireo fototarazo ireo dia hita amin'ny fahasamihafàna ambany, izay azo inoana fa tafiditra amin'ny phenotypes mifandray amin'ny toetran'ny fiompiana lehibe amin'ny trondro volamena.
Fig.3 Famakafakana mifandraika amin'ny génôme-wide
GWAS amin'ny trondro volamena fiompiana
DNy vombony orsal dia singa fototra mampiavaka an'i Wen goldfish amin'ny Egg goldfish.Ny GWAS amin'ny vombony dorsal amin'ny trondro volamena 96 Wen sy ny trondro volamena 87 Egg dia nanambara ny fototarazo kandida 378 miparitaka amin'ny krômôzôma 13 ary voamarika ny fizarana tsy mitovy amin'ireo fototarazo ireo eo anelanelan'ny subgôneôma.Ny famakafakana fampiasa amin'ireo fototarazo kandida ireo dia nanasongadina ny fizotran'ny biolojika ao anatin'izany ny "Famantarana ny mpandray ny sela", "Fitaterana Transmembrane", "Fampandrosoana ny rafitra taolana", sns.
Fig.4 GWAS amin'ny vombony amin'ny trondro volamena fiompiana
In GWAS amin'ny toetra mifandraika amin'ny ambaratonga mangarahara, tampon'ny fikambanana matanjaka tokana no hita.Ny fototarazo iray misy ny receptor tyrosine-protein kinase dia hita tany amin'ny iray amin'ireo faritra kandida.
Fig.5 GWAS amin'ny toetra mifandraika amin'ny ambaratonga mangarahara
Reference
Chen D et al.Ny niandohan'ny evolisiona sy ny tantaran'ny fiompiana trondro volamena (Carassius auratus).PNAS (2020)
NEWS mikendry ny hizara ireo tranga mahomby farany amin'ny Biomarker Technologies, maka ireo zava-bita ara-tsiansa vaovao ary koa ireo teknika malaza ampiharina mandritra ny fandalinana.
Fotoana fandefasana: Jan-04-2022