גענאָם עוואָלוציע
PNAS
די עוואָלוטיאָנאַרי אָנהייב און דאָמעסטיקאַטיאָן געשיכטע פון גאָלדפיש (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |ביאָנאַנאָ גענאָמע מאַפּע |הי-C גענאָמע אַסעמבלי |גענעטיק מאַפּע |GWAS |RNA-Seq
כיילייץ
1. גאָלדפיש גענאָמע איז דערהייַנטיקט מיט אַ הויך-קוואַליטעט פֿאַרזאַמלונג ווערסיע, אַנגקערינג 95.75% פון קאָנטיגס אין 50 פּסעודאָטהראָמאָסאָמעס (סקאַפאַלד נ 50 = 31.84 מב).צװ ײ אונטערגענומע ן זײנע ן געװע ן צעשלאגן .
2. גענאָמיק מקומות פון סעלעקטיוו סוויפּס בעשאַס דאַמעסטאַקיישאַן זענען יידענאַפייד פון רעסקווענסינג דאַטן פון 201 מענטשן, אַנוויילד איבער 390 קאַנדידאַט גענעס וואָס זענען מסתּמא פארבונדן מיט דאָמעסטיקאַטיאָן טרייץ.
3.GWAS אויף דאָרסאַל פלוספעדער אין דאַמעסטאַקייטיד גאָלדפיש גילוי 378 קאַנדידאַט גענעס אַז פּאַטענטשאַלי פארבונדן.א רעפּאָרטער פון טיראָסינע-פּראָטעין קינאַסע איז יידענאַפייד ווי אַ קאַנדידאַט קאַוסאַל דזשין פֿאַרבונדן מיט דורכזעיקייַט
הינטערגרונט
גאָלדפיש (Carassius auratus) איז איינער פון די מערסט וויכטיק פאַרמד פיש, וואָס זענען דאַמעסטאַקייטיד פון קרוסיאַן קאַרפּ אין אלטע טשיינאַ.זיי זענען קאַמענטאַד דורך טשאַרלעס דאַרווין ווי "פּאַסינג איבער אַ כּמעט ינפאַנאַט דייווערסיטי פון קאָלירן, מיר טרעפן מיט די מערסט ויסערגעוויינלעך מאָדיפיקאַטיאָנס פון סטרוקטור."גאָר דייווערס פֿעיִקייטן און לאַנג געשיכטע פון דאָמעסטיקאַטיאָן און ברידינג מאַכן גאָלדפיש אַ ויסגעצייכנט גענעטיק מאָדעל סיסטעם פֿאַר פיש פיזיאַלאַדזשי און עוואָלוציע.
דערגרייכונגען
גאָלדפיש גענאָמע
Jאָינט אַנאַליסיס פון PacBio און Illumina פּאָר-סוף סיקוואַנסינג דאַטן גיט אַן ערשט 1.657 ג פּלאַן פֿאַרזאַמלונג (Contig N50 = 474 Kb).ביאָנאַנאָ אָפּטיש מאַפּע איז דזשענערייטאַד און קערעקטאַד די פֿאַרזאַמלונג אין 1.73 גיגאבייט אין גרייס (עסטימאַטעד גענאָמע גרייס: 1.8 גיגאבייט).Hi-C באזירט פֿאַרזאַמלונג ווייַטער ימפּרוווד סקאַפאָולד N50 פון 606 קב צו 31.84 מב און אַטשיווד 95.75% (1.65 גיגאבייט) אָריענטיד און אָרדערד אַנגקערינג קורס.די גענאָמע קאַמפּרייזיז 56,251 קאָדירונג גענעס און 10,098 לאַנג ניט-קאָדינג טראַנסקריפּט.דערצו, 38 פּאָטענציעל סענטראָמעריק מקומות זענען פּרעדיקטעד פון 50 טשראָמאָסאָומז.
פיג.1 גאָלד פיש גענאָמע
Tאין די 50 גאָלדפיש טשראָמאָסאָומז זענען יידענאַפייד קלאָר שטעלט פון סובגענאָמעס וואָס ריזאַלטיד פון אַן אלטע כייברידיזאַטיאָן געשעעניש.די סכום פון טשראָמאָסאָומז מיט אַ העכער פּראָפּאָרציע פון לייענען אַליינד צווישן גאָלדפיש און באַרבינאַע זענען דיפיינד ווי סובגענאָמע א (ChrA01 ~ A25), דאָס הייסט, סובגענאָמע פּראָסט צו Barbinae, און די רוען ווי סובגענאָמע ב (ChrB01 ~ B25).
דאָמעסטיקאַטיאָן און סעלעקטיוו סוויפּס
Aגאַנץ 16 ווילד טיפּ קרוסיאַן קאַרפּס און 185 רעפּריזענאַטיוו גאָלדפיש וועריאַנץ זענען ריסיקוואַנס מיט אַ דורכשניטלעך סיקוואַנסינג טיפקייַט פון בעערעך 12.5 קס, דזשענערייטינג 4.3 טעראַבאַסעס פון דאַטן.פילאָגענעטיק ריקאַנסטראַקשאַן און פּקאַ אַנאַליסיס באשטעטיקט אַ נעענטער באַציונג צווישן פּראָסט גאָלדפיש און קרוסיאַן קאַרפּ ווי אנדערע גאָלדפיש, וואָס איז צעטיילט אין צוויי לינעס.
Lד פאַרפוילן אַנאַליסיס אויף אויבן פיר סובפּאָפּולאַטיאָנס געשטיצט די עקזיסטענץ פון אַ באַפעלקערונג גענעטיק באַטאַלנעק בעשאַס די דאַמעסטאַקיישאַן און שטאַרק קינסטלעך סעלעקציע אין גאָלדפיש.ינקרעאַסינג גענעטיק דייווערסיטי (π) פון קרוסיאַן קאַרפּ צו פּראָסט גאָלדפיש ווייַטער צו ווענ גאָלדפיש און יי גאָלדפיש אנגעוויזן אַ באַטייטיק אַקיומיאַליישאַן פון גענעטיק ווערייישאַנז בעשאַס זייער דאַמעסטאַקיישאַן.50 סעלעקטיוו סוויפּ גענאָמיק מקומות וואָס דעקן 25.2 מב און 946 גענעס זענען יידענאַפייד פֿון רעפּריזענאַטיוו דאַטן (33 גאָלדפיש און 16 קרוסיאַן באָבקעס).יקספּאַנדינג אַנאַליסיס צו 201 מענטשן, 393 גענעס ינדיקייץ מקומות פון געענדיקט סעלעקטיוו ויסקערן.די גענעס זענען געפונען פון נידעריק דייווערסיטי, וואָס זענען מסתּמא קאַנטריביוטיד צו די פענאָטיפּעס פֿאַרבונדן מיט הויפּט דאָמעסטיקאַטיאָן טרייץ אין גאָלדפיש.
Fig.3 גענאָמע-ברייט דאָמעסטיקאַטיאָן-פארבונדן אַנאַליסיס
GWAS אויף דאַמעסטאַקייטיד גאָלדפיש
Dאָרסאַל פלוספעדער איז אַ שליסל שטריך דיסטינגגווישיז ווען גאָלדפיש פון יי גאָלדפיש.GWAS פון דאָרסאַל פלוספעדער אויף 96 ווענ גאָלדפיש און 87 יי גאָלדפיש גילוי 378 קאַנדידאַט גענעס פאַרשפּרייטן איבער 13 טשראָמאָסאָמעס און אַן אַניוואַן פאַרשפּרייטונג פון די גענעס צווישן סובגענאָמעס איז באמערקט.פאַנגקשאַנאַל אַנאַליסיס אויף די קאַנדידאַט גענעס כיילייטיד בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז אַרייַנגערעכנט "צעל ייבערפלאַך רעסעפּטאָר סיגנאַלינג", "טראַנסמעמבראַנע טראַנספּערטיישאַן", "סקעלעטאַל סיסטעם אַנטוויקלונג", אאז"ו ו.
Fig.4 GWAS פון דאָרסאַל פלוספעדער אויף דאַמעסטאַקייטיד גאָלדפיש
Iאין GWAS פון טראַנספּעראַנט וואָג-פֿאַרבונדענע טרייץ, אַ איין שטאַרק פאַרבאַנד שפּיץ איז געווען דיטעקטאַד.א דזשין קאָדירונג פון אַ טיראָסינע-פּראָטעין קינאַסע רעסעפּטאָר איז יידענאַפייד אין איינער פון קאַנדידאַט מקומות.
Fig.5 GWAS פון טראַנספּעראַנט וואָג-פֿאַרבונדענע טרייץ
רעפערענץ
Cהען ד עט על.די עוואָלוטיאָנאַרי אָנהייב און דאָמעסטיקאַטיאָן געשיכטע פון גאָלדפיש (Carassius auratus).PNAS (2020)
נייַעס יימז צו טיילן די לעצטע געראָטן קאַסעס מיט Biomarker Technologies, קאַפּטשערינג ראָמאַן וויסנשאפטלעכע דערגרייכונגען ווי געזונט ווי באַוווסט טעקניקס געווענדט בעשאַס די לערנען.
פּאָסטן צייט: Jan-04-2022