GENOME ÞRÓUN
PNAS
Þróunaruppruni og heimilissaga gullfiska (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Bionano Erfðamengi Kort |Hi-C erfðamengi samkoma |Erfðafræðilegt kort |GWAS |RNA-Seq
Hápunktar
1. Erfðamengi gullfiska var uppfært með hágæða samsetningarútgáfu, sem festir 95,75% samfellda í 50 gervilitninga (Scaffold N50=31,84 Mb).Tvö undirerfðaefni voru sundruð.
2.Erfðafræðileg svæði sérhæfðs sópa við tæmingu voru auðkennd út frá endurraðgreiningu gagna um 201 einstakling, sem afhjúpaði yfir 390 kandídata gen sem eru líklega tengd tæmingareiginleikum.
3.GWAS á bakugga í tamuðum gullfiskum leiddi í ljós 378 kandidatgen sem hugsanlega tengdust.Týrósín-prótein kínasa fréttaritari var auðkenndur sem frambjóðandi orsakagen sem tengist gagnsæi
Bakgrunnur
Gullfiskur (Carassius auratus) er einn mikilvægasti eldisfiskurinn, sem temdur var úr krossfiski í Kína til forna.Charles Darwin sagði þá „Þegar við förum yfir nánast óendanlegan litafjölbreytileika mætum við ótrúlegustu breytingum á uppbyggingu“.Einstaklega fjölbreyttir eiginleikar og langur saga ræktunar og ræktunar gera gullfiska að frábæru erfðalíkani fyrir lífeðlisfræði og þróun fiska.
Afrek
Erfðamengi gullfiska
Jsmurgreining á PacBio og Illumina para-enda raðgreiningargögnum gefur upphaflega 1.657 G uppkastssamsetningu (Contig N50=474 Kb).Bionano sjónkort var búið til og leiðrétti samsetninguna í 1,73 Gb að stærð (Áætluð erfðamengisstærð: 1,8 Gb).Hi-C byggð samsetning bætti vinnupallinum N50 enn frekar úr 606 Kb í 31,84 Mb og náði 95,75% (1,65 Gb) stilltu og röðuðum festingarhraða.Erfðamengið samanstendur af 56.251 erfðaefnisgenum og 10.098 löngu umriti sem ekki er kóðað.Þar að auki var spáð fyrir um 38 hugsanleg miðlæg svæði af 50 litningum.
Mynd.1 Erfðamengi gullfisks
Two skýr sett af undirgefnum voru auðkennd í 50 gullfiska litningunum sem komu til vegna fornrar blendingaratburðar.Litningasamstæðan með hærra hlutfalli af aflestri á milli gullfiska og Barbinae var skilgreint sem undirerfðaefni A (ChrA01~A25), þ.e. undirerfðaefni sameiginlegt fyrir Barbinae, og eftirstöðvarnar sem undirerfðaefni B (ChrB01~B25).
Húsnæði og sértækar getraunir
AAlls voru 16 villigerð krosskarpar og 185 dæmigerð gullfiskafbrigði endurröðuð með meðalröðunardýpt um það bil 12,5X, sem myndaði 4,3 terabasa af gögnum.Endurreisn fæðubótarefna og PCA greining staðfestu nánari tengsl á milli algengra gullfiska og krossfiska en annarra gullfiska, sem síðarnefndu skiptu í tvær ættir.
LD rotnunargreining á ofangreindum fjórum undirstofnum studdi tilvist stofnerfðafræðilegs flöskuhálss við tæmingu og öflugt gervival í gullfiskum.Aukinn erfðafræðilegur fjölbreytileiki (π) frá krossfiski til algengra gullfiska frekar til Wen gullfiska og Eggagullfiska benti til umtalsverðrar uppsöfnunar erfðabreytileika meðan á tæmingu þeirra stóð.50 sérhæfð erfðafræðileg svæði sem ná yfir 25,2 Mb og 946 gen voru auðkennd úr dæmigerðum gögnum (33 gullfiskar og 16 krossfiskar).Með því að stækka greininguna til 201 einstaklings, bentu 393 gen til svæðis þar sem sértækur sópi var lokið.Þessi gen fundust af litlum fjölbreytileika, sem líklega eiga þátt í svipgerðum sem tengjast helstu tæmingareiginleikum gullfiska.
Mynd 3 Erfðamengi-breiður tæmingu tengd greining
GWAS á tamda gullfiska
Dmunnuggi er lykilatriði sem aðgreinir Wen gullfisk frá egggullfiski.GWAS bakugga á 96 Wen gullfiskum og 87 eggja gullfiskum leiddi í ljós 378 kandídat gen dreifð yfir 13 litninga og ójafn dreifing þessara gena milli undirerfða.Virk greining á þessum umsækjendum genum var lögð áhersla á líffræðilega ferla, þar á meðal „Frumuyfirborðsviðtakamerkjaboð“, „Transhimnuflutningur“, „þróun beinakerfis“ o.s.frv.
Mynd 4 GWAS bakugga á tamuðum gullfiskum
In GWAS af gagnsæjum kvarðatengdum eiginleikum, greindist einn sterkur tengslatopp.Gen sem kóðar týrósín-prótein kínasa viðtaka var auðkennt á einu af umsækjendum svæðum.
Mynd 5 GWAS af gagnsæjum kvarðatengdum eiginleikum
Tilvísun
Chen D o.fl.Þróunaruppruni og heimilissaga gullfiska (Carassius auratus).PNAS (2020)
Fréttir miðar að því að deila nýjustu farsælu málum með Biomarker Technologies, fanga ný vísindaleg afrek sem og áberandi tækni sem beitt var meðan á rannsókninni stóð.
Pósttími: Jan-04-2022