Éabhlóid GENOME
PNAS
Bunús éabhlóideach agus stair ceansaithe iasc órga (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Léarscáil Géanóim Bionano |Tionól Géanóim Hi-C |Léarscáil Géiniteach |GWAS |RNA-Seq
Buaicphointí
Nuashonraíodh genome 1.Goldfish le leagan cóimeála d'ardchaighdeán, ag ancaireacht 95.75% de na contigí isteach i 50 pseudochromosomes (Scafaill N50=31.84 Mb).Rinneadh dhá fhoghéinim a dhícheangal.
2. Sainaithníodh réigiúin ghéanomacha de scuabadh roghnaíoch le linn an ceansaithe ó shonraí athsheichimh 201 duine aonair, ag nochtadh níos mó ná 390 géinte iarrthóra ar dócha go mbaineann siad le tréithe ceansaithe.
Nocht 3.GWAS ar eite droma in iasc órga ceansaithe 378 géinte iarrthóra a bhféadfadh baint a bheith acu leo.Aithníodh tuairisceoir kinase tyrosine-próitéin mar ghéine cúiseach iarrthóra a bhaineann le trédhearcacht
Cúlra
Tá iasc órga (Carassius auratus) ar cheann de na héisc saothraithe is tábhachtaí, a bhí ceansaithe ó charbán crucian sa tSín ársa.Dúirt Charles Darwin leo mar “Ag dul thar éagsúlacht dath beagnach gan teorainn, buailimid leis na modhnuithe struchtúir is urghnách”.Tá gnéithe thar a bheith éagsúil agus stair fhada an ceansaithe agus an phóraithe ina gcóras eiseamláireach géiniteach den scoth le haghaidh fiseolaíocht agus éabhlóid na n-iasc.
Éachtaí
Géanóm iasc órga
JCruthaíonn anailís oint ar shonraí seicheamhú péire-deireadh PacBio agus Illumina dréacht-tionól tosaigh 1.657 G (Contig N50=474 Kb).Gineadh léarscáil optúil Bionano agus cheartaigh sé an tionól go 1.73 Gb i méid (Méid genome measta: 1.8 Gb).Chuir an tionól bunaithe ar Hi-C tuilleadh feabhais ar scafall N50 ó 606 Kb go 31.84 Mb agus baineadh amach ráta ancaireachta dírithe agus ordaithe 95.75% (1.65 Gb).Cuimsíonn an genome 56,251 géinte códaithe agus 10,098 tras-scríbhinn fhada neamhchódaithe.Ina theannta sin, rinneadh 38 réigiún lárchriosmach féideartha a thuar as 50 crómasóim.
Fíor.1 Géanóm iasc óir
Taithníodh dhá shraith fhoghéine soiléir sna 50 crómasóim iasc órga a d'eascair as imeacht hibridithe ársa.Sainmhíníodh an tacar crómasóm le comhréir níos airde léite ailínithe idir iasc órga agus Barbinae mar fho-ghéine A (ChrA01~A25), .i. subgenome a bhí i gcoiteann ag Barbinae, agus an chuid atá fágtha mar fhoghéinim B (ChrB01~B25).
Baile agus scuabadh roghnach
Asan iomlán bhí 16 charbán crucach de chineál fiáin agus 185 leagan ionadaíoch d’éisc órga ina n-iarmhairt le meándoimhneacht seicheamhaithe de thart ar 12.5X, rud a ghin 4.3 tara bunachar sonraí.Dhearbhaigh atógáil phylogenetic agus anailís PCA gaol níos dlúithe idir iasc órga coiteann agus carbán crucian ná iasc órga eile, a roinneadh ina dhá líne.
LThacaigh anailís D lobhadh ar cheithre fhodhaonra thuas go raibh bac géiniteach daonra ann le linn an ceansaithe agus roghnú láidir saorga in iasc órga.Léirigh méadú ar éagsúlacht ghéiniteach (π) ó charbán crucian go iasc órga coitianta go dtí iasc órga Wen agus iasc órga Uibheacha go raibh carnadh suntasach éagsúlachtaí géiniteacha le linn a gcime.Aithníodh 50 réigiún géanómaigh scuabtha roghnacha a chlúdaigh 25.2 Mb agus 946 ghéin ó shonraí ionadaíocha (33 iasc órga agus 16 géine crucian).Ag méadú na hanailíse go 201 duine aonair, léirigh 393 ghéin réigiúin ina raibh sciúradh roghnaitheach críochnaithe.Fuarthas na géinte seo le héagsúlacht íseal, ar dócha gur chuir siad leis na feinitíopaí a bhaineann le tréithe móra ceansaithe in iasc órga.
Fíor.3 Anailís ceansaithe uile-ghéanóm
GWAS ar iasc órga ceansaithe
DIs gné lárnach í eite béil a dhéanann idirdhealú idir iasc órga Wen agus iasc órga Uibheacha.Nocht GWAS eite droma ar iasc órga 96 Wen agus iasc órga 87 ubh 378 géinte iarrthóra scaipthe thar 13 chrómasóm agus breathnaíodh dáileadh míchothrom na ngéinte seo idir foghéinim.Leag anailís fheidhmiúil ar na géinte iarrthóra seo béim ar phróisis bhitheolaíocha lena n-áirítear “Comharthaíocht gabhdóra dromchla cille”, “Iompar trasmembrane”, “Forbairt córais chnámharlaigh”, etc.
Fíor.4 GWAS eití droma ar iasc órga ceansaithe
In GWAS de thréithe trédhearcacha a bhaineann le scála, braitheadh buaic cheangail láidir amháin.Aithníodh géine a ionchódaíonn gabhdóir kinase tyrosine-próitéin i gceann de na réigiúin is iarrthóirí.
Fíor.5 GWAS de thréithe trédhearcacha a bhaineann le scála
Tagairt
Ccearc D et al.Bunús éabhlóideach agus stair ceansaithe iasc órga (Carassius auratus).PNAS (2020)
Nuacht Tá sé mar aidhm aige na cásanna rathúla is déanaí a roinnt le Biomarker Technologies, gnóthachtálacha eolaíocha úra a ghabháil chomh maith leis na teicníochtaí suntasacha a cuireadh i bhfeidhm le linn an staidéir.
Am postála: Jan-04-2022