Mmalite evolushọn na akụkọ ihe mere eme nke azụ azụ (Carassius auratus)

GENOME EVOLUTION

PNAS

Mmalite evolushọn na akụkọ ihe mere eme nke azụ azụ (Carassius auratus)

Isi ihe

1.Goldfish genome ejiri ụdị mgbakọ dị elu emelitere, na-etinye 95.75% nke contigs n'ime 50 pseudochromosomes (Scaffold N50=31.84 Mb).A kpapụrụ subgenom abụọ.

2.Genomic mpaghara nke ahọpụtara sweeps n'oge domestication ka achọpụtara si resequencing data nke 201 ndị mmadụ n'otu n'otu, unveiling n'elu 390 nwa akwukwo mkpụrụ ndụ ihe nketa na eleghị anya jikọtara ya na homeation àgwà.

3.GWAS na azụ azụ n'ime azụ ọla edo nke ụlọ kpughere mkpụrụ ndụ ihe nketa 378 nwere ike jikọta.Achọpụtara onye nta akụkọ tyrosine-protein kinase dị ka mkpụrụ ndụ ihe na-akpata nwa akwukwo jikọtara ya na nghọta

ndabere

Azụ ọla edo (Carassius auratus) bụ otu n'ime azụ kachasị mkpa a na-akọ ugbo, nke sitere na crucian carp na China oge ochie.Charles Darwin kwuru ha dị ka "N'ịgafefe ụdị agba dị iche iche na-enweghị ngwụcha, anyị na-ezute mgbanwe nhazi kachasị mma".Ngosipụta dị iche iche na ogologo akụkọ ihe mere eme nke ụlọ na ịzụ nwa na-eme ka azụ̀zụ ọla edo bụrụ usoro ihe atụ mkpụrụ ndụ ihe nketa magburu onwe ya maka physiology azụ na evolushọn.

Mmezu

genome azụ azụ

JNtụle mmanụ nke PacBio na Illumina na-eme ka data ngwụcha ngwụcha na-eweta mgbakọ mbụ 1.657 G (Contig N50=474 Kb).Emepụtara maapụ anya nke Bionano wee mezie ọgbakọ ahụ ka ọ bụrụ 1.73 Gb n'ogo (Nha genome a tụrụ atụ: 1.8 Gb).Mgbakọ dabere na Hi-C gara n'ihu na-emeziwanye scaffold N50 site na 606 Kb ruo 31.84 Mb wee nweta 95.75% (1.65 Gb) gbakwasara ụkwụ na ọnụego mgbakwasa iwu.Mkpụrụ ndụ ihe nketa ahụ nwere mkpụrụ ndụ ihe nketa 56,251 yana nde 10,098 ogologo na-abụghị koodu.Ọzọkwa, mpaghara 38 centromeric nwere ike buru amụma n'ime chromosomes 50.

Fig.1 Azụ ọla edo Genome

Two nso nso a ka amapụtara n'ime chromosomes azụ azụ ọla edo 50 sitere na mmemme ngwakọ oge ochie.A kọwapụtara usoro chromosomes nwere ọnụ ọgụgụ dị elu nke agụ nke dabara n'etiti azụ azụ ọla edo na Barbinae dị ka subgenome A (ChrA01 ~ A25), ya bụ subgenome nkịtị na Barbinae, yana nke fọdụrụ dị ka subgenome B (ChrB01 ~ B25).

Ime ụlọ na nhọpụta nhọrọ

Angụkọta nke ụdị anụ ọhịa crucian carps iri na isii na ụdị azụ azụ ọla edo 185 nọchitere anya bụ usoro na nkezi omimi usoro nke ihe dịka 12.5X, na-ewepụta data 4.3 terabases.Nrụgharị phylogenetic na nyocha PCA gosipụtara mmekọrịta chiri anya n'etiti azụ̀zụ ọla edo nkịtị na carp crucian karịa azụ̀zụ ọla edo ndị ọzọ, nke emesịa kewara ụzọ abụọ.

LNyocha nke ire ere na mpaghara anọ dị n'elu kwadoro ịdị adị nke mkpụrụ ndụ mkpụrụ ndụ ihe nketa ọnụ ọgụgụ mmadụ n'oge a na-eme ụlọ na nhọrọ siri ike na-arụ na azụ ọla edo.Ịbawanye ụdị mkpụrụ ndụ ihe nketa dị iche iche (π) site na crucian carp ruo na azụ ọla edo nkịtị na-aga n'ihu ruo Wen goldfish na Egg goldfish gosiri nnukwu mmụkọ dị iche iche nke mkpụrụ ndụ ihe nketa n'oge obibi ha.Achọpụtara mpaghara genomic 50 nhọrọ na-ekpuchi 25.2 Mb na 946 site na data nnọchite anya (33 goldfish na 16 crucian crap).N'ịgbasawanye nyocha na mmadụ 201, mkpụrụ ndụ ihe nketa 393 gosipụtara mpaghara ihichapụ ahọpụtara.Achọpụtara mkpụrụ ndụ ihe nketa ndị a dị obere dị iche iche, bụ nke nwere ike iso na phenotypes jikọtara ya na àgwà ndị bụ isi n'ime ụlọ na azụ gold.

Fig.3 Ntụle metụtara ụlọ-n'obosara genome

GWAS na azụ̀zụ ọla edo emebere n'ụlọ

Dfin orsal bụ isi ihe na-egosi ọdịiche Wen goldfish na azụ gold egg.GWAS nke azụ azụ azụ na 96 Wen goldfish na 87 Egg goldfish kpughere mkpụrụ ndụ ihe nketa 378 gbasara gafee chromosomes 13 na nkesa na-ezighi ezi nke mkpụrụ ndụ ihe nketa ndị a n'etiti subgenomes.Nyocha ọrụ na mkpụrụ ndụ ihe nketa ndị a gosipụtara usoro ndu nke gụnyere “nrịbama nnabata cell elu”, “ụgbọ njem transmembrane”, “mmepe sistemu ọkpụkpụ”, wdg.

Fig.4 GWAS nke azụ azụ n'azụ ọla edo arụrụ arụ

In GWAS nke njiri mara njiri mara nha, achọpụtara otu ọnụ ọgụgụ kacha elu mkpakọrịta.Achọpụtara mkpụrụ ndụ ihe nketa nke tyrosine-protein kinase nnata n'otu mpaghara ndị na-eme ntuli aka.

Fig.5 GWAS nke njiri mara ọnụ ọgụgụ ndị metụtara

Ntụaka

Cnne D et al.Mmalite evolushọn na akụkọ ihe mere eme nke azụ azụ (Carassius auratus).PNAS (2020)

Akụkọ Ebumnuche iji Biomarker Teknụzụ kekọrịta ikpe kachasị ọhụrụ na-aga nke ọma, na-ewepụta mmezu sayensị ọhụụ yana usoro ama ama etinyere n'oge ọmụmụ ihe ahụ.

Oge nzipu: Jan-04-2022