मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिंग-नॅनोपोर
सेवा फायदे
● उच्च-गुणवत्तेची असेंब्ली-प्रजाती ओळख आणि कार्यात्मक जनुक अंदाजाची अचूकता वाढवणे
● बंद जिवाणू जीनोम अलगाव
● विविध क्षेत्रात अधिक शक्तिशाली आणि विश्वासार्ह अनुप्रयोग, उदा. रोगजनक सूक्ष्मजीव किंवा प्रतिजैविक प्रतिकार संबंधित जनुकांचा शोध
● तुलनात्मक मेटाजेनोम विश्लेषण
सेवा तपशील
| प्लॅटफॉर्म | अनुक्रम | शिफारस केलेला डेटा | कार्यवाही पूर्ण |
| नानोपोर | ओएनटी | 6 G/10 G | 65 कामाचे दिवस |
बायोइन्फॉरमॅटिक्स विश्लेषण
● कच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
● मेटाजेनोम असेंब्ली
● गैर-रिडंडंट जनुक संच आणि भाष्य
● प्रजाती विविधता विश्लेषण
● अनुवांशिक कार्य विविधता विश्लेषण
● आंतर-समूह विश्लेषण
● प्रायोगिक घटकांविरुद्ध असोसिएशन विश्लेषण
नमुना आवश्यकता आणि वितरण
नमुना आवश्यकता आणि वितरण
नमुना आवश्यकता:
च्या साठीडीएनए अर्क:
| नमुना प्रकार | रक्कम | एकाग्रता | पवित्रता |
| डीएनए अर्क | 1-1.5 μg | 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
पर्यावरणीय नमुन्यांसाठी:
| नमुना प्रकार | शिफारस केलेली नमुना प्रक्रिया |
| माती | नमुना रक्कम: अंदाजे.5 ग्रॅम;उरलेला वाळलेला पदार्थ पृष्ठभागावरून काढून टाकणे आवश्यक आहे;मोठे तुकडे बारीक करा आणि 2 मिमी फिल्टरमधून जा;आरक्षणासाठी निर्जंतुकीकरण EP-ट्यूब किंवा सायरोट्यूबमध्ये अलिकट नमुने. |
| विष्ठा | नमुना रक्कम: अंदाजे.5 ग्रॅम;आरक्षणासाठी निर्जंतुक EP-ट्यूब किंवा क्रायोट्यूबमध्ये अॅलिकोट नमुने गोळा करा. |
| आतड्यांसंबंधी सामग्री | अॅसेप्टिक स्थितीत नमुन्यांची प्रक्रिया करणे आवश्यक आहे.पीबीएससह गोळा केलेले ऊतक धुवा;पीबीएस सेंट्रीफ्यूज करा आणि EP-ट्यूबमध्ये प्रक्षेपक गोळा करा. |
| गाळ | नमुना रक्कम: अंदाजे.5 ग्रॅम;आरक्षणासाठी निर्जंतुक EP-ट्यूब किंवा क्रायोट्यूबमध्ये अलिकट गाळाचा नमुना गोळा करा |
| पाणवठा | नळाचे पाणी, विहिरीचे पाणी इत्यादीसारख्या मर्यादित प्रमाणात सूक्ष्मजीव असलेल्या नमुन्यासाठी, कमीतकमी 1 लिटर पाणी गोळा करा आणि पडद्यावरील सूक्ष्मजीव समृद्ध करण्यासाठी 0.22 μm फिल्टरमधून जा.पडदा निर्जंतुकीकरण ट्यूबमध्ये साठवा. |
| त्वचा | त्वचेच्या पृष्ठभागावर निर्जंतुकीकरण सूती घासून किंवा सर्जिकल ब्लेडने काळजीपूर्वक स्क्रॅप करा आणि ते निर्जंतुकीकरण ट्यूबमध्ये ठेवा. |
शिफारस केलेले नमुना वितरण
नमुने द्रव नायट्रोजनमध्ये 3-4 तासांसाठी गोठवा आणि द्रव नायट्रोजनमध्ये किंवा -80 अंश ते दीर्घकालीन आरक्षणामध्ये ठेवा.कोरड्या बर्फासह नमुना शिपिंग आवश्यक आहे.
सेवा कार्य प्रवाह
नमुना वितरण
ग्रंथालय बांधकाम
अनुक्रम
डेटा विश्लेषण
विक्रीनंतर सेवा
1.हीटमॅप: प्रजाती समृद्धता क्लस्टरिंग
2.केईजीजी चयापचय मार्गांवर भाष्य केलेले कार्यात्मक जीन्स
3. प्रजाती सहसंबंध नेटवर्क
4. CARD प्रतिजैविक प्रतिरोधक जनुकांचे सर्कोस
बीएमके केस
नॅनोपोर मेटाजेनोमिक्स बॅक्टेरियाच्या खालच्या श्वसनमार्गाच्या संसर्गाचे जलद क्लिनिकल निदान करण्यास सक्षम करते
प्रकाशित:नेचर बायोटेक्नॉलॉजी, 2019
तांत्रिक ठळक मुद्दे
अनुक्रम: नॅनोपोर मिनियन
क्लिनिकल मेटाजेनोमिक्स बायोइन्फॉरमॅटिक्स: होस्ट डीएनए कमी होणे, WIMP आणि ARMA विश्लेषण
जलद शोध: 6 तास
उच्च संवेदनशीलता: 96.6%
मुख्य परिणाम
2006 मध्ये, लोअर रेस्पीरेटरी इन्फेक्शन (LR) मुळे जगभरात 3 दशलक्ष लोकांचा मृत्यू झाला.LR1 रोगजनक शोधण्याची विशिष्ट पद्धत म्हणजे लागवड करणे, ज्यामध्ये संवेदनशीलता कमी असते, दीर्घकाळ चालू असतो आणि लवकर प्रतिजैविक थेरपीमध्ये मार्गदर्शनाचा अभाव असतो.जलद आणि अचूक सूक्ष्मजीव निदान ही फार पूर्वीपासून तातडीची गरज आहे.ईस्ट अँग्लिया विद्यापीठातील डॉ. जस्टिन आणि त्यांच्या भागीदारांनी रोगजनकांच्या शोधासाठी नॅनोपोर-आधारित मेटाजेनोमिक पद्धत यशस्वीरित्या विकसित केली.त्यांच्या कार्यप्रवाहानुसार, 99.99% होस्ट डीएनए कमी होऊ शकतो.रोगजनक आणि प्रतिजैविक प्रतिरोधक जनुकांची तपासणी 6 तासांत पूर्ण केली जाऊ शकते.
संदर्भ
चारलाम्पस, टी., के, जीएल, रिचर्डसन, एच., आयडिन, ए., आणि ओ'ग्रेडी, जे.(२०१९).नॅनोपोर मेटाजेनोमिक्स जीवाणूंच्या खालच्या श्वसनमार्गाच्या संसर्गाचे जलद क्लिनिकल निदान करण्यास सक्षम करते.नेचर बायोटेक्नॉलॉजी, ३७(७), १.
