बीएमकेक्लाउड लॉग इन
१

संदर्भ जीनोमसह mRNA-seq (NGS)

百迈客云网站-11

संदर्भ जीनोमसह mRNA-seq (NGS)

RNA-seq हे जीवशास्त्र आणि पीक विज्ञान या दोन्ही क्षेत्रांमधील एक मानक साधन आहे, जे जीनोम आणि प्रोटिओम यांच्यातील दरी सांधते. नवीन ट्रान्सक्रिप्ट्स शोधणे आणि एकाच चाचणीमध्ये त्यांच्या अभिव्यक्तीचे प्रमाण निश्चित करणे, ही त्याची ताकद आहे. याचा उपयोग तुलनात्मक ट्रान्सक्रिप्टोमिक अभ्यासांसाठी मोठ्या प्रमाणावर केला जातो, ज्यामुळे विविध गुणधर्म किंवा फिनोटाइपशी संबंधित जनुकांवर प्रकाश टाकला जातो, जसे की म्युटंट्सची वाइल्ड-टाइप्सशी तुलना करणे किंवा विशिष्ट परिस्थितीत जनुकीय अभिव्यक्ती उघड करणे. BMKCloud mRNA(Reference) APP हे अभिव्यक्तीचे प्रमाण निश्चित करणे, भिन्न अभिव्यक्ती विश्लेषण (DEG), आणि अनुक्रम रचना विश्लेषण यांना mRNA-seq(NGS) बायोइन्फॉर्मेटिक्स पाइपलाइनमध्ये एकत्रित करते आणि तत्सम सॉफ्टवेअरची बलस्थाने एकत्र आणते, ज्यामुळे सोयीस्करता आणि वापरकर्त्यासाठी सुलभता सुनिश्चित होते. वापरकर्ते त्यांचा RNA-seq डेटा क्लाउडवर अपलोड करू शकतात, जिथे हे ॲप एक व्यापक, एकाच ठिकाणी मिळणारे बायोइन्फॉर्मेटिक्स विश्लेषण समाधान प्रदान करते. याव्यतिरिक्त, ते ग्राहकांच्या अनुभवाला प्राधान्य देते आणि वापरकर्त्यांच्या विशिष्ट गरजांनुसार वैयक्तिकृत कार्यप्रणाली प्रदान करते. वापरकर्ते स्वतः पॅरामीटर्स सेट करून पाइपलाइन मिशन सबमिट करू शकतात, इंटरॅक्टिव्ह रिपोर्ट तपासू शकतात, डेटा/आकृत्या पाहू शकतात आणि डेटा मायनिंग पूर्ण करू शकतात, जसे की: लक्ष्य जीन निवड, कार्यात्मक क्लस्टरिंग, आकृती काढणे, इत्यादी.

डेमो परिणाम
डेटा मायनिंग
आयात आवश्यकता
मुख्य विश्लेषण
संदर्भ
डेमो परिणाम

डेटा मायनिंग

आयात आवश्यकता

प्लॅटफॉर्म:इलुमिना, एमजीआय
रणनीती:आरएनए-सीक
लेआउट: जोडलेले, स्वच्छ-डेटा.
लायब्ररीचा प्रकार:fr-unstranded, fr-firststrand किंवा fr-secondstrand
वाचनाची लांबी:१५० बीपी
फाईलचा प्रकार:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz किंवा *.fq.gz. सिस्टम.fastq फाईल्सना त्यांच्या नावांप्रमाणे आपोआप जोड्या लावा.उदा. *_1.fastq ची *._2.fastq सोबत जोडी.
नमुन्यांची संख्या:संख्येवर कोणतेही निर्बंध नाहीतनमुन्यांची संख्या वाढल्याने विश्लेषणाचा वेळ वाढेल.नमुने वाढतात.
शिफारस केलेली डेटा मात्रा:प्रति नमुना ६ ग्रॅम

मुख्य विश्लेषण
mRNA-seq ची मुख्य विश्लेषण आणि बायोइन्फॉर्मेटिक्स साधने (संदर्भ)पाइपलाइन खालीलप्रमाणे आहे:
१. कच्च्या डेटाची गुणवत्ता नियंत्रण:
• कमी दर्जाचे सिक्वेन्स, अ‍ॅडॉप्टर सिक्वेन्स काढून टाकणे,इत्यादी;
• साधने: संस्थेमध्येच विकसित केलेली पाइपलाइन;
२. संदर्भ जीनोमशी डेटाचे संरेखन:
• स्प्लिस-अवेअर अल्गोरिदम वापरून रीड्सचे संरेखन करणेसंदर्भ जीनोम.
• साधने:HISAT2, सॅमटूल्स
३. ग्रंथालयाच्या गुणवत्तेचे विश्लेषण:
•इन्सर्ट लांबी विश्लेषण, अनुक्रम संपृक्तता विश्लेषण, इत्यादी;
• साधने:सॅमटूल्स;
४. अनुक्रम संरचना विश्लेषण:
•पर्यायी स्प्लायसिंग विश्लेषण, जनुकीय संरचनेचे अनुकूलन,नवीन जनुकांचे भाकीत, इत्यादी;
• साधने:स्ट्रिंगटाय, gffcompare, जीएटीके,डायमंड, इंटरप्रोस्कॅनआणिएचएमएमईआर.
५. विभेदक अभिव्यक्ती विश्लेषण:
• डीईजी स्क्रिनिंग, सहसंबंध विश्लेषण, कार्यात्मकसमृद्धी;
विविध व्हिज्युअलायझेशन परिणाम;
RसोबतSEGseq, डीईएसईक्यू२, ggplot2, डेक्ससेक
संदर्भ
१. किम, देहवान आणि इतर. “ग्राफ-आधारित जीनोम संरेखन आणिHISAT2 आणि HISAT-जीनोटाइप वापरून जीनोटाइपिंग.”निसर्गजैवतंत्रज्ञान37 (2019): 907 - 915.
२. मॅकेना, ॲरॉन आणि इतर. “जीनोम विश्लेषण टूलकिट: एकपुढच्या पिढीच्या डीएनएचे विश्लेषण करण्यासाठी मॅप-रिड्यूस फ्रेमवर्कअनुक्रमण डेटा.”जीनोम संशोधन२० ९ (२०१०): १२९७-३०३.
३. ली, हेंग आणि इतर. “अनुक्रम संरेखन/नकाशा स्वरूप आणिसॅमटूल्स.”बायोइन्फॉर्मेटिक्स25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea, Mihaela et al. “StringTie सुधारित सक्षम करतेआरएनए-सीक रीड्समधून ट्रान्सक्रिप्टोमची पुनर्रचना.निसर्गजैवतंत्रज्ञान३३ (२०१५): २९०-२९५.
५. लव्ह, मायकल आय. आणि इतर. “फोल्ड चेंज आणि चा नियंत्रित अंदाजDESeq2 वापरून RNA-seq डेटासाठी विचलन.”जीनोमजीवशास्त्र१५ (२०१४): n. pag.
६. एडी, शॉन आर.. “त्वरित प्रोफाइल एचएमएम शोध.”पीएलओएस संगणकीय जीवशास्त्र7 (2011): n. pag.

कोटेशन मिळवा

तुमचा संदेश येथे लिहा आणि आम्हाला पाठवा.

तुमचा संदेश आम्हाला पाठवा: