MOLADH GENOME
PNAS
Tùs mean-fhàsach agus eachdraidh dachaigheil iasg òir (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Mapa Genome Bionano |Seanadh Genome Hi-C |Mapa ginteil |GWAS |RNA-Seq
Prìomh thachartasan
Chaidh genome 1.Goldfish ùrachadh le dreach cruinneachaidh àrd-inbhe, a’ acair 95.75% de contigs a-steach do 50 pseudochromosomes (Sgafall N50 = 31.84 Mb).Chaidh dà subgenome a sgaradh.
2. Chaidh roinnean genomic de sguaban roghnach aig àm dachaigheil a chomharrachadh bho bhith ag ath-shuidheachadh dàta de 201 neach, a’ nochdadh còrr air 390 ginean tagraiche a tha dualtach co-cheangailte ri feartan dachaigheil.
Nochd 3.GWAS air eite dorsal ann an iasg òir dachaigheil 378 ginean tagraiche a dh’ fhaodadh a bhith co-cheangailte.Chaidh neach-aithris tyrosine-protein kinase a chomharrachadh mar ghine adhbharach tagraiche co-cheangailte ri follaiseachd
Cùl-fhiosrachadh
Is e iasg òir (Carassius auratus) aon de na h-èisg àitich as cudromaiche, a chaidh a dhachaigh le carp crucian ann an seann Shìona.Thuirt Teàrlach Darwin riutha mar “A’ dol seachad air iomadachd dath cha mhòr gun chrìoch, bidh sinn a ’coinneachadh ris na h-atharrachaidhean structair as iongantach”.Tha feartan air leth eadar-mheasgte agus eachdraidh fhada dachaigheileachd agus briodachaidh a’ fàgail iasg òir na shiostam modal ginteil sàr-mhath airson eòlas-eòlas agus mean-fhàs èisg.
Euchdan
Genome iasg òir
JTha mion-sgrùdadh oint de dhàta sreathachaidh deireadh paidhir PacBio agus Illumina a’ toirt a-mach dreachd co-chruinneachadh 1.657 G tùsail (Contig N50 = 474 Kb).Chaidh mapa optigeach Bionano a chruthachadh agus a cheartachadh gu 1.73 Gb ann am meud (Meud genome tuairmseach: 1.8 Gb).Rinn co-chruinneachadh stèidhichte air Hi-C tuilleadh leasachaidh air sgafaid N50 bho 606 Kb gu 31.84 Mb agus choilean e 95.75% (1.65 Gb) ìre acair stèidhichte agus òrdaichte.Tha an genoma a’ toirt a-steach 56,251 ginean còdaidh agus 10,098 tar-sgrìobhadh fada gun chòd.A bharrachd air an sin, bha dùil ri 38 roinnean centromeric a-mach à 50 cromosoma.
Fig.1 Genome èisg òir
Tchaidh seataichean soilleir de subgenomes a chomharrachadh anns na 50 cromosoma èisg òir a thàinig mar thoradh air tachartas tar-chuiridh àrsaidh.Chaidh an seata de chromosomes le cuibhreann nas àirde de leughaidhean co-thaobhadh eadar iasg òir agus Barbinae a mhìneachadh mar subgenome A (ChrA01 ~ A25), ie subgenome cumanta do Barbinae, agus an còrr mar subgenome B (ChrB01 ~ B25).
Sguabadh dachaigheil agus roghnach
Agu h-iomlan bha 16 carp crucian seòrsa fiadhaich agus 185 caochlaidhean èisg òir riochdachail le doimhneachd seicheamh cuibheasach timcheall air 12.5X, a’ gineadh 4.3 terbases de dhàta.Dhearbh ath-thogail phylogenetic agus mion-sgrùdadh PCA dàimh nas dlùithe eadar iasg òir cumanta agus carp crucian na iasg òir eile, a bha mu dheireadh air a roinn ann an dà shreath.
LBha mion-sgrùdadh D lobhadh air còrr air ceithir fo-àireamhan a’ toirt taic do bhotail ginteil sluaigh a bhith ann aig àm dachaigheil agus taghadh làidir fuadain ann an iasg òir.Chomharraich àrdachadh iomadachd ginteil (π) bho charp crucian gu iasg òir cumanta a bharrachd air iasg òir Wen agus iasg òir Egg cruinneachadh mòr de dh’ atharrachaidhean ginteil fhad ‘s a bha iad dachaigheil.Chaidh roinnean genomic sguab roghnach 50 a ’còmhdach 25.2 Mb agus 946 gine a chomharrachadh bho dhàta riochdachail (iasg òir 33 agus crap crucian 16).A’ leudachadh mion-sgrùdadh gu 201 neach, chomharraich 393 ginean roinnean de sguabadh roghnach crìochnaichte.Chaidh na ginean sin a lorg le iomadachd ìosal, a tha dualtach cur ris na phenotypes co-cheangailte ri prìomh fheartan dachaigheil ann an iasg òir.
Fig.3 Mion-sgrùdadh co-cheangailte ri dachaigheachd air feadh genome
GWAS air iasg òir dachaigheil
DTha eite orsal na phrìomh fheart a tha a’ dèanamh eadar-dhealachadh air iasg òir Wen agus iasg òir Egg.Nochd GWAS de eite dorsal air iasg òir 96 Wen agus iasg òir 87 ugh 378 ginean tagraiche sgapte thairis air 13 chromosomes agus chaidh cuairteachadh neo-chothromach de na ginean sin eadar subgenomes a choimhead.Chomharraich mion-sgrùdadh gnìomh air na ginean tagraiche sin pròiseasan bith-eòlasach a’ toirt a-steach “Soidhne gabhadair uachdar cealla”, “Còmhdhail transmembrane”, “leasachadh siostam cnàimhneach”, msaa.
Fig.4 GWAS de dh'eis dorsal air iasg òir dachaigheil
In GWAS de fheartan follaiseach co-cheangailte ri sgèile, chaidh aon stùc ceangail làidir a lorg.Chaidh gine a’ còdachadh gabhadair kinase tyrosine-protein a chomharrachadh ann an aon de na roinnean tagraiche.
Fig.5 GWAS de fheartan follaiseach co-cheangailte ri sgèile
Iomradh
Ccearc D et al.Tùs mean-fhàs agus eachdraidh dachaigheil iasg òir (Carassius auratus).PNAS (2020)
Naidheachdan ag amas air na cùisean soirbheachail as ùire a cho-roinn le Biomarker Technologies, a’ glacadh euchdan saidheansail ùr-nodha a bharrachd air dòighean follaiseach a chaidh a chuir an sàs tron sgrùdadh.
Ùine puist: Faoilleach-04-2022