ජෙනෝම් පරිණාමය
PNAS
රන් මසුන්ගේ පරිණාමීය සම්භවය සහ ගෘහාශ්‍රිත ඉතිහාසය (Carassius auratus)
PacBio |ඉලුමිනා |Bionano Genome සිතියම |Hi-C Genome එකලස් |ජාන සිතියම |GWAS |RNA-Seq
ඉස්මතු කිරීම්
1.Goldfish ජෙනෝමය උසස් තත්ත්වයේ එකලස් කිරීමේ අනුවාදයක් සමඟ යාවත්කාලීන කරන ලද අතර, කොන්ටිග්ස් වලින් 95.75%ක් ව්‍යාජ වර්ණදේහ 50කට නැංගුරම් ලා ඇත (Scaffold N50=31.84 Mb).උප ප්‍රජනක දෙකක් විසන්ධි විය.
2. ගෘහාශ්‍රිතකරණයේදී තෝරාගත් ස්වීප් වල ප්‍රවේණික කලාප හඳුනාගෙන ඇත්තේ පුද්ගලයන් 201 දෙනෙකුගේ දත්ත අනුපිළිවෙලින්, ගෘහාශ්‍රිත ලක්ෂණ සමඟ සම්බන්ධ විය හැකි අපේක්ෂක ජාන 390කට අධික ප්‍රමාණයක් අනාවරණය කරමිනි.
3. ගෘහාශ්‍රිත රන් මසුන්ගේ පෘෂ්ඨීය වරල් මත GWAS මගින් සම්බන්ධ විය හැකි අපේක්ෂක ජාන 378ක් අනාවරණය විය.ටයිරොසීන්-ප්‍රෝටීන් කයිනාස් වාර්තාකරුවෙකු විනිවිදභාවය හා සම්බන්ධ අපේක්ෂක හේතුකාරක ජානයක් ලෙස හඳුනාගෙන ඇත.
පසුබිම
ගෝල්ඩ් ෆිෂ් (Carassius auratus) යනු පුරාණ චීනයේ කුරුසියානු කාප් වලින් ගෘහාශ්‍රිත කරන ලද ඉතා වැදගත් ගොවිතැන් කරන ලද මසුන්ගෙන් එකකි.ඒවා චාල්ස් ඩාවින් විසින් ප්‍රකාශ කරන ලද්දේ “අසීමිත වර්ණ විවිධත්වයක් හරහා ගමන් කරමින්, අපට වඩාත් අසාමාන්‍ය ව්‍යුහාත්මක වෙනස් කිරීම් හමුවෙමු” යනුවෙනි.අතිශයින්ම විවිධ වූ ලක්ෂණ සහ ගෘහාශ්‍රිතකරණය සහ අභිජනනය පිළිබඳ දිගු ඉතිහාසයක් රන් මසුන් මත්ස්‍ය කායික විද්‍යාව සහ පරිණාමය සඳහා විශිෂ්ට ප්‍රවේණි ආකෘති පද්ධතියක් බවට පත් කරයි.
ජයග්රහණ
ගෝල්ඩ් ෆිෂ් ජෙනෝමය
JPacBio සහ Illumina යුගල-අවසාන අනුක්‍රමික දත්තවල ඔයින්ට් විශ්ලේෂණය මූලික 1.657 G කෙටුම්පත් එකලස් කිරීමක් ලබා දෙයි (Contig N50=474 Kb).Bionano දෘශ්‍ය සිතියම ජනනය කර එකලස් කිරීම ප්‍රමාණයෙන් 1.73 Gb බවට නිවැරදි කරන ලදී (ඇස්තමේන්තුගත ජෙනෝම ප්‍රමාණය: 1.8 Gb).Hi-C පදනම් වූ එකලස් කිරීම තවදුරටත් පලංචිය N50 606 Kb සිට 31.84 Mb දක්වා වැඩි දියුණු කළ අතර 95.75% (1.65 Gb) දිශානුගත සහ ඇණවුම් කළ නැංගුරම් අනුපාතය ලබා ගත්තේය.ජෙනෝමය කේතීකරණ ජාන 56,251 කින් සහ දිගු කේතීකරණය නොවන පිටපත් 10,098 කින් සමන්විත වේ.එපමණක් නොව, වර්ණදේහ 50 කින් විභව කේන්ද්‍රීය කලාප 38 ක් පුරෝකථනය කරන ලදී.
Fig.1 රන් මාළු ජෙනෝමය
Tපුරාණ දෙමුහුන් කිරීමේ සිදුවීමක ප්‍රතිඵලයක් ලෙස ගෝල්ඩ් ෆිෂ් වර්ණදේහ 50 ක් තුළ පැහැදිලි උප ප්‍රජනක කට්ටල හඳුනාගෙන ඇත.ගෝල්ඩ් ෆිෂ් සහ බාබිනේ අතර පෙලගැසී ඇති වැඩි ප්‍රමාණයේ කියවීම් සහිත වර්ණදේහ කට්ටලය උප ප්‍රවේණි A (ChrA01~A25) ලෙස අර්ථ දක්වා ඇත, එනම් බාබිනේට පොදු උප ප්‍රජනක වන අතර ඉතිරිය උප ප්‍රජනක B (ChrB01~B25) ලෙස අර්ථ දක්වා ඇත.
ගෘහාශ්‍රිතකරණය සහ තෝරාගත් අතුගා දැමීම
Aදළ වශයෙන් 12.5X ක සාමාන්‍ය අනුක්‍රමික ගැඹුරකින් යුත් වල් වර්ගයේ crucian කාප්ස් 16 ක් සහ ගෝල්ඩ් ෆිෂ් ප්‍රභේද 185 ක්, දත්ත ටෙරාබේස් 4.3 ක් ජනනය කරයි.ෆයිලොජෙනටික් ප්‍රතිනිර්මාණය සහ PCA විශ්ලේෂණය අනෙකුත් ගෝල්ඩ් ෆිෂ් වලට වඩා පොදු ගෝල්ඩ් ෆිෂ් සහ කුරුසියන් කාප් අතර සමීප සම්බන්ධතාවයක් තහවුරු කරන ලද අතර පසුව ඒවා පෙළපත් දෙකකට බෙදා ඇත.
Lඉහත උප ජනගහන හතරක් පිළිබඳ D ක්ෂය විශ්ලේෂණ මගින් ගෝල්ඩ් ෆිෂ් තුළ ගෘහාශ්‍රිතකරණය සහ ප්‍රබල කෘත්‍රිම වරණයේදී ජනගහන ජානමය බාධාවක් පැවතීමට සහාය විය.කුරුසියන් කාප් සිට සාමාන්‍ය ගෝල්ඩ් ෆිෂ් දක්වා වැඩි වන ජාන විවිධත්වය (π) තවදුරටත් වෙන් ගෝල්ඩ් ෆිෂ් සහ බිත්තර ගෝල්ඩ් ෆිෂ් දක්වා වැඩි වීම ඔවුන්ගේ ගෘහාශ්‍රිතකරණයේදී සැලකිය යුතු ප්‍රවේණික වෙනස්කම් සමුච්චයක් පෙන්නුම් කරයි.25.2 Mb ආවරණය වන පරිදි තෝරාගත් ස්වීප් ප්‍රවේණික කලාප 50 ක් සහ ජාන 946 නියෝජිත දත්ත වලින් හඳුනාගෙන ඇත (ගෝල්ඩ්ෆිෂ් 33 ක් සහ කුරුස ජරා 16 ක්).පුද්ගලයන් 201 දෙනෙකුට විශ්ලේෂණය පුළුල් කිරීම, ජාන 393 ක් සම්පූර්ණ කරන ලද තෝරාගත් ස්වීප් කලාප පෙන්නුම් කරයි.මෙම ජාන අඩු-විවිධත්වයක් ඇති බව සොයාගෙන ඇති අතර, ඒවා ගෝල්ඩ් ෆිෂ්හි ප්‍රධාන ගෘහාශ්‍රිත ලක්ෂණ හා සම්බන්ධ ෆීනෝටයිප් වලට දායක විය හැකිය.
Fig.3 Genome-wide ගෘහස්ථකරණය ආශ්‍රිත විශ්ලේෂණය
ගෘහාශ්‍රිත රන් මාළු මත GWAS
Dorsal fin යනු වෙන් ගෝල්ඩ්ෆිෂ් බිත්තර ගෝල්ඩ් ෆිෂ් වෙතින් වෙන්කර හඳුනා ගන්නා ප්‍රධාන ලක්ෂණයකි.96 Wen Goldfish සහ 87 Egg Goldfish මත පෘෂ්ඨීය වරල් GWAS මගින් වර්ණදේහ 13ක් පුරා පැතිරුණු අපේක්ෂක ජාන 378ක් අනාවරණය වූ අතර උප ප්‍රජනක අතර මෙම ජානවල අසමාන ව්‍යාප්තියක් නිරීක්ෂණය විය.මෙම අපේක්ෂක ජානවල ක්‍රියාකාරී විශ්ලේෂණය මගින් “සෛල මතුපිට ප්‍රතිග්‍රාහක සංඥා”, “ට්‍රාන්ස්මෙම්බ්‍රේන් ප්‍රවාහනය”, “අස්ථි පද්ධතිය සංවර්ධනය” ඇතුළු ජීව විද්‍යාත්මක ක්‍රියාවලීන් ඉස්මතු කරන ලදී.
Fig.4 ගෘහාශ්‍රිත රන් මාළු මත පෘෂ්ඨීය වරල් GWAS
In GWAS විනිවිද පෙනෙන පරිමාණයට අදාළ ලක්ෂණ, තනි ශක්තිමත් ආශ්‍රිත උච්චයක් අනාවරණය විය.එක් අපේක්ෂක ප්‍රදේශයක ටයිරොසීන්-ප්‍රෝටීන් කයිනාස් ප්‍රතිග්‍රාහකයක් කේතනය කරන ජානයක් හඳුනා ගන්නා ලදී.
Fig.5 GWAS විනිවිද පෙනෙන පරිමාණයට අදාළ ලක්ෂණ
යොමුව
Chen D et al.රන් මසුන්ගේ පරිණාමීය සම්භවය සහ ගෘහාශ්‍රිත ඉතිහාසය (Carassius auratus).PNAS (2020)
පුවත් Biomarker Technologies සමඟ නවතම සාර්ථක සිද්ධීන් බෙදාගැනීම, නව විද්‍යාත්මක ජයග්රහණ මෙන්ම අධ්‍යයනයේදී යොදාගත් ප්‍රමුඛ තාක්ෂණික ක්‍රම ග්‍රහණය කර ගැනීම අරමුණු කරයි.
පසු කාලය: ජනවාරි-04-2022