EVOLUSI GENOME
PNAS
Asal usul evolusi lan sejarah domestikasi iwak mas (Carassius auratus)
PacBio |Ilumina |Peta Genome Bionano |Majelis Genom Hi-C |Peta genetik |GWAS |RNA-Seq
Sorotan
1.Gonom iwak mas dianyari karo versi perakitan kualitas dhuwur, anchoring 95,75% contigs menyang 50 pseudochromosomes (Scaffold N50 = 31,84 Mb).Loro subgenom padha dipisahake.
2. Wilayah genom saka sapuan selektif sajrone domestikasi diidentifikasi saka data resequencing saka 201 individu, mbukak luwih saka 390 gen calon sing bisa digandhengake karo sifat domestikasi.
3.GWAS ing sirip dorsal ing iwak emas domestik dicethakaké 378 gen calon sing duweni potensi gadhah.Wartawan kinase protein-tirosin diidentifikasi minangka gen penyebab calon sing ana gandhengane karo transparansi
Latar mburi
Iwak mas (Carassius auratus) minangka salah sawijining iwak ternak sing paling penting, sing didhasarake saka ikan mas crucian ing China kuno.Dheweke dikomentari dening Charles Darwin minangka "Ngliwati keragaman warna sing meh tanpa wates, kita ketemu karo modifikasi struktur sing paling luar biasa".Fitur sing maneka warna lan sajarah domestikasi lan breeding sing dawa ndadekake iwak mas minangka sistem model genetik sing apik banget kanggo fisiologi lan evolusi iwak.
Prestasi
Genom iwak emas
Janalisis oint saka PacBio lan Illumina pasangan-mburi data urutan pametumu awal 1,657 G konsep perakitan (Contig N50 = 474 Kb).Peta optik Bionano diasilake lan didandani perakitan kasebut dadi ukuran 1,73 Gb (ukuran genom perkiraan: 1,8 Gb).Hi-C adhedhasar perakitan luwih apik scaffold N50 saka 606 Kb kanggo 31,84 Mb lan ngrambah 95,75% (1,65 Gb) oriented lan dhawuh anchoring rate.Genom kasebut kalebu 56.251 gen pengkodean lan 10.098 transkrip non-coding sing dawa.Kajaba iku, 38 wilayah centromeric potensial diprediksi saka 50 kromosom.
Fig.1 iwak emas Genome
Twolung subgenom sing cetha diidentifikasi ing 50 kromosom iwak mas sing asil saka acara hibridisasi kuna.Sakumpulan kromosom kanthi proporsi bacaan sing luwih dhuwur sing didadekake siji antarane iwak mas lan Barbinae ditetepake minangka subgenome A (ChrA01~A25), yaiku subgenome umum kanggo Barbinae, lan sisane minangka subgenome B (ChrB01~B25).
Domestikasi lan nyapu selektif
Atotal 16 carps crucian jinis alam bébas lan 185 varian iwak mas wakil padha resequence karo ambane urutan rata-rata saka kira-kira 12,5X, ngasilaken 4,3 terabases data.Rekonstruksi filogenetik lan analisis PCA ngonfirmasi hubungan sing luwih cedhak antarane iwak mas umum lan iwak mas crucian tinimbang iwak mas liyane, sing dipérang dadi rong garis keturunan.
LAnalisis bosok D ing ndhuwur papat subpopulasi ndhukung anané bottleneck genetis populasi sajrone domestikasi lan pilihan buatan sing kuat ing iwak mas.Nambah keragaman genetis (π) saka iwak mas crucian nganti iwak mas umum nganti iwak mas Wen lan iwak mas Egg nunjukake akumulasi variasi genetik sing signifikan sajrone domestikasi.50 wilayah genomik Sapuan Milih panutup 25,2 Mb lan 946 gen dikenali saka data perwakilan (33 iwak mas lan 16 crucian crap).Ngembangake analisis kanggo 201 individu, 393 gen nuduhake wilayah sapuan selektif rampung.Gen iki ditemokake kanthi keragaman sing kurang, sing bisa uga nyumbang kanggo fenotipe sing ana gandhengane karo sifat domestikasi utama ing iwak mas.
Fig.3 Analisis genom-sudhut domestikasi-sudhut
GWAS ing iwak emas domestik
Dsirip orsal minangka fitur utama sing mbedakake Wen goldfish saka Egg goldfish.GWAS sirip punggung ing iwak mas 96 Wen lan iwak mas 87 Egg ngungkapake 378 gen calon sing nyebar ing 13 kromosom lan distribusi gen kasebut ora rata ing antarane subgenom diamati.Analisis fungsional ing gen calon kasebut nyorot proses biologis kalebu "Sinyal reseptor permukaan sel", "Transportasi Transmembrane", "Pengembangan sistem rangka", lsp.
Fig.4 GWAS sirip punggung ing iwak mas domestik
In GWAS saka sipat sing gegandhengan karo skala transparan, puncak asosiasi sing kuat dideteksi.Gen sing ngode reseptor kinase protein tirosin diidentifikasi ing salah sawijining wilayah calon.
Fig.5 GWAS saka sipat sing gegandhengan karo skala transparan
Referensi
Cpitik D et al.Asal-usul evolusi lan sejarah domestikasi iwak mas (Carassius auratus).PNAS (2020)
Kabar ngarahake nuduhake kasus sukses paling anyar karo Biomarker Technologies, njupuk prestasi ilmiah novel uga teknik penting sing ditrapake sajrone sinau.
Wektu kirim: Jan-04-2022