जीनोम इभोलुसन
PNAS
सुनौलो माछाको विकासवादी उत्पत्ति र घरपालन इतिहास (कारासियस ओरेटस)
PacBio |इल्युमिना |Bionano जीनोम नक्सा |हाई-सी जीनोम असेंबली |आनुवंशिक नक्सा |GWAS |RNA-Seq
हाइलाइटहरू
1.Goldfish जीनोमलाई 50 pseudochromosomes (Scaffold N50=31.84 Mb) मा 95.75% कन्टिगहरू एङ्कर गर्दै, उच्च-गुणस्तरको असेंबली संस्करणको साथ अद्यावधिक गरिएको थियो।दुई उपजीनोमहरू विच्छेदन गरिएका थिए।
2. 201 व्यक्तिहरूको पुनरावृत्ति तथ्याङ्कबाट घरपालुवाको समयमा चयन गरिएका स्वीपहरूको जीनोमिक क्षेत्रहरू पहिचान गरिएको थियो, 390 भन्दा बढी उम्मेद्वार जीनहरू अनावरण गर्दै जुन सम्भवतः घरेलु विशेषताहरूसँग सम्बन्धित छन्।
3. घरेलु सुनको माछामा डोरसल फिनमा GWAS ले सम्भावित रूपमा सम्बद्ध 378 उम्मेद्वार जीनहरू पत्ता लगाए।एक tyrosine-प्रोटिन किनेज रिपोर्टर पारदर्शिता संग सम्बन्धित एक उम्मेद्वार कारण जीन को रूप मा पहिचान गरिएको थियो।
पृष्ठभूमि
सुनको माछा (Carassius auratus) सबैभन्दा महत्त्वपूर्ण खेती गरिएको माछा मध्ये एक हो, जुन पुरातन चीनमा क्रुसियन कार्पबाट पालिएको थियो।तिनीहरूलाई चार्ल्स डार्विनले "रङको लगभग असीम विविधता पार गर्दै, हामी संरचनाको सबैभन्दा असाधारण परिमार्जनहरू भेट्छौं" भनेर टिप्पणी गरेका थिए।अत्यधिक विविध विशेषताहरू र घरपालन र प्रजननको लामो इतिहासले सुनको माछालाई माछाको शरीर विज्ञान र विकासको लागि उत्कृष्ट आनुवंशिक मोडेल प्रणाली बनाउँछ।
उपलब्धिहरू
गोल्डफिश जीनोम
JPacBio र Illumina जोडी-अन्त अनुक्रमण डेटाको ओइन्ट विश्लेषणले प्रारम्भिक 1.657 G ड्राफ्ट असेंबली (Contig N50=474 Kb) उत्पादन गर्छ।Bionano अप्टिकल नक्सा उत्पन्न गरिएको थियो र 1.73 Gb आकारमा (अनुमानित जीनोम आकार: 1.8 Gb) मा एसेम्बलीलाई सच्याइएको थियो।हाई-सी आधारित एसेम्बलीले स्क्याफोल्ड N50 लाई 606 Kb बाट 31.84 Mb मा सुधार गर्यो र 95.75% (1.65 Gb) उन्मुख र अर्डर एंकरिङ दर हासिल गर्यो।जीनोममा 56,251 कोडिङ जीन र 10,098 लामो गैर-कोडिङ ट्रान्सक्रिप्ट समावेश छ।यसबाहेक, 50 क्रोमोजोमहरू मध्ये 38 सम्भावित सेन्ट्रोमेरिक क्षेत्रहरूको भविष्यवाणी गरिएको थियो।
Fig.1 सुनको माछा जीनोम
Tपुरानो हाइब्रिडाइजेशन घटनाको परिणामस्वरूप 50 गोल्डफिश क्रोमोजोमहरूमा सबजीनोमहरूको स्पष्ट सेटहरू पहिचान गरियो।सुनको माछा र बार्बिना बीचमा पङ्क्तिबद्ध उच्च अनुपातमा क्रोमोजोमहरूको सेटलाई सबजीनोम A (ChrA01~A25) को रूपमा परिभाषित गरिएको थियो, अर्थात् Barbinae को लागि सामान्य subgenome, र बाँकीलाई subgenome B (ChrB01~B25) को रूपमा परिभाषित गरिएको थियो।
घरेलु र चयनात्मक स्वीपहरू
Aकुल 16 वाइल्ड टाइप क्रुसियन कार्प र 185 प्रतिनिधि गोल्डफिश भेरियन्टहरू लगभग 12.5X को औसत अनुक्रमण गहिराइको साथ अनुक्रम थियो, डेटाको 4.3 टेराबेसहरू उत्पन्न गर्दै।फाइलोजेनेटिक पुनर्निर्माण र PCA विश्लेषणले अन्य सुनको माछाको तुलनामा सामान्य सुनको माछा र क्रुसियन कार्प बीचको घनिष्ठ सम्बन्ध पुष्टि गर्यो, जुन पछि दुई वंशहरूमा विभाजित भयो।
Lमाथिका चार उप-जनसंख्याहरूमा D क्षय विश्लेषणले घरपालन र सुनको माछामा बलियो कृत्रिम चयनको समयमा जनसंख्या आनुवंशिक अवरोधको अस्तित्वलाई समर्थन गर्यो।आनुवंशिक विविधता (π) लाई क्रुसियन कार्पबाट सामान्य सुनको माछामा थप वेन गोल्डफिस र एग गोल्डफिशमा वृद्धिले तिनीहरूको घरपालनको समयमा आनुवंशिक भिन्नताहरूको महत्त्वपूर्ण संचयलाई संकेत गर्दछ।50 चयनात्मक स्वीप जीनोमिक क्षेत्रहरू 25.2 Mb र 946 जीनहरू प्रतिनिधित्व डेटाबाट पहिचान गरियो (33 सुनौलो माछा र 16 क्रुसियन क्र्याप)।201 व्यक्तिहरूमा विश्लेषण विस्तार गर्दै, 393 जीनहरूले पूर्ण चयनात्मक स्वीपको क्षेत्रहरू संकेत गरे।यी जीनहरू कम-विविधताको फेला परेका थिए, जुन सुनौला माछामा प्रमुख घरपालुवा विशेषताहरूसँग सम्बन्धित फेनोटाइपहरूमा योगदान पुर्याउँछ।
Fig.3 जीनोम-विस्तृत घरेलु-सम्बन्धित विश्लेषण
घरेलु सुनको माछा मा GWAS
Dओर्सल फिन एउटा प्रमुख विशेषता हो जुन वेन गोल्डफिसलाई एग गोल्डफिसबाट अलग गर्दछ।96 वेन गोल्डफिश र 87 एग गोल्डफिसमा डोरसल फिनको GWAS ले 13 क्रोमोजोमहरूमा फैलिएको 378 उम्मेद्वार जीनहरू पत्ता लगाए र सबजीनोमहरू बीच यी जीनको असमान वितरण देखियो।यी उम्मेद्वार जीनहरूमा कार्यात्मक विश्लेषणले जैविक प्रक्रियाहरूलाई हाइलाइट गर्यो जसमा "सेल सतह रिसेप्टर सिग्नलिंग", "ट्रान्समेम्ब्रेन यातायात", "कंकाल प्रणाली विकास" आदि।
चित्र। घरेलु सुनको माछामा पृष्ठीय फिनको GWAS
In पारदर्शी स्केल-सम्बन्धित लक्षणहरूको GWAS, एकल बलियो एसोसिएशन शिखर पत्ता लगाइएको थियो।उम्मेद्वार क्षेत्रहरू मध्ये एकमा टायरोसिन-प्रोटिन किनेज रिसेप्टरलाई एन्कोड गर्ने जीन पहिचान गरिएको थियो।
Fig.5 GWAS पारदर्शी स्केल-सम्बन्धित विशेषताहरू
सन्दर्भ
Cहेन डी एट अल।सुनको माछाको विकासवादी उत्पत्ति र घरपालन इतिहास (Carassius auratus)।PNAS (२०२०)
समाचार बायोमार्कर टेक्नोलोजीहरूसँग नवीनतम सफल केसहरू साझेदारी गर्ने उद्देश्य, उपन्यास वैज्ञानिक उपलब्धिहरू र अध्ययनको क्रममा लागू गरिएका प्रमुख प्रविधिहरू क्याप्चर गर्ने।
पोस्ट समय: जनवरी-०४-२०२२