वनस्पती/प्राणी डी नोव्हो जीनोम सिक्वेन्सिंग
सेवा फायदे
मध्ये सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्म आणि बायोइन्फॉर्मेटिक्सचा विकासडी नोव्होजीनोम असेंब्ली
(अमरसिंघे एस एल इ.,जीनोम जीवशास्त्र, 2020)
● नवीन जीनोम तयार करणे आणि स्वारस्य असलेल्या प्रजातींसाठी विद्यमान संदर्भ जीनोम सुधारणे.
● असेंबलीमध्ये उच्च अचूकता, सातत्य आणि पूर्णता
● अनुक्रम बहुरूपता, QTLs, जनुक संपादन, प्रजनन इ. संशोधनासाठी मूलभूत संसाधने तयार करणे.
● थर्ड-जनरेशन सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्मच्या संपूर्ण स्पेक्ट्रमसह सुसज्ज: वन-स्टॉप जीनोम असेंब्ली सोल्यूशन
● विविध वैशिष्ट्यांसह वैविध्यपूर्ण जीनोम पूर्ण करणाऱ्या लवचिक अनुक्रम आणि एकत्रीकरण धोरणे
● पॉलिप्लॉइड्स, जायंट जीनोम इत्यादींसह जटिल जीनोम असेंब्लीमध्ये उत्तम अनुभव असलेली अत्यंत कुशल बायोइन्फॉर्मेटिशियन टीम.
● 900 पेक्षा जास्त संचित प्रकाशित प्रभाव घटकांसह 100 हून अधिक यशस्वी प्रकरणे
● क्रोमोसोम-स्तरीय जीनोम असेंब्लीसाठी 3 महिन्यांइतका जलद टर्न-अराउंड-टाइम.
● प्रायोगिक बाजू आणि बायोइन्फॉरमॅटिक्स दोन्हीमध्ये पेटंट आणि सॉफ्टवेअर कॉपीराइटच्या मालिकेसह ठोस तांत्रिक समर्थन.
सेवा तपशील
|
सामग्री
|
प्लॅटफॉर्म
|
वाचा लांबी
|
कव्हरेज
|
| जीनोम सर्वेक्षण
| इलुमिना नोव्हासेक
| PE150
| ≥ ५०X
|
| जीनोम सिक्वेन्सिंग
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi रीड्स
| ≥ ३०X
|
| हाय-सी
| इलुमिना नोव्हासेक
| PE150
| ≥100X
|
कामाचा प्रवाह
नमुना आवश्यकता आणि वितरण
नमुना आवश्यकता:
| प्रजाती | मेदयुक्त | PacBio साठी | नानोपोर साठी |
| प्राणी | व्हिसेरल अवयव (यकृत, प्लीहा इ.) | ≥ 1.0 ग्रॅम | ≥ 3.5 ग्रॅम |
| स्नायू | ≥ 1.5 ग्रॅम | ≥ 5.0 ग्रॅम | |
| सस्तन प्राण्यांचे रक्त | ≥ 1.5 मिली | ≥ 5.0 मिली | |
| मासे किंवा पक्ष्यांचे रक्त | ≥ ०.२ मिली | ≥ ०.५ मिली | |
| वनस्पती | ताजी पाने | ≥ 1.5 ग्रॅम | ≥ 5.0 ग्रॅम |
| पाकळी किंवा स्टेम | ≥ 3.5 ग्रॅम | ≥ 10.0 ग्रॅम | |
| मुळे किंवा बिया | ≥ 7.0 ग्रॅम | ≥ 20.0 ग्रॅम | |
| पेशी | सेल संस्कृती | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
शिफारस केलेले नमुना वितरण
कंटेनर: 2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉइलची शिफारस केलेली नाही)
बहुतेक नमुन्यांसाठी, आम्ही इथेनॉलमध्ये जतन न करण्याची शिफारस करतो.
नमुना लेबलिंग: नमुना माहिती फॉर्म सबमिट करण्यासाठी नमुने स्पष्टपणे लेबल केलेले आणि एकसारखे असणे आवश्यक आहे.
शिपमेंट: ड्राय-बर्फ: नमुने प्रथम पिशव्यामध्ये पॅक करणे आणि कोरड्या बर्फात पुरणे आवश्यक आहे.
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिझाइन
नमुना वितरण
डीएनए काढणे
ग्रंथालय बांधकाम
अनुक्रम
डेटा विश्लेषण
विक्रीनंतर सेवा
*येथे दाखवलेले डेमो परिणाम सर्व बायोमार्कर टेक्नॉलॉजीजसह प्रकाशित केलेल्या जीनोमचे आहेत
च्या क्रोमोसोम-स्तरीय जीनोम असेंब्लीवर 1.सर्कोसG. रोटुंडिफोलियमनॅनोपोर सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्मद्वारे
वांग एम आणि इतर.,आण्विक जीवशास्त्र आणि उत्क्रांती, २०२१
2.वेनिंग राय जीनोम असेंबली आणि भाष्याची आकडेवारी
ली जी आणि इतर.,नेचर जेनेटिक्स, २०२१
3.चा जीन अंदाजसेचियम एड्यूलजीनोम, तीन अंदाज पद्धतींमधून व्युत्पन्न:डी नोव्होअंदाज, होमोलॉजी-आधारित अंदाज आणि RNA-Seq डेटा आधारित अंदाज
फू ए इ.,फलोत्पादन संशोधन, २०२१
4.तीन कापूस जीनोममध्ये अखंड दीर्घ टर्मिनल पुनरावृत्तीची ओळख
वांग एम आणि इतर.,आण्विक जीवशास्त्र आणि उत्क्रांती, २०२१
5.चा हाय-सी उष्णता नकाशाC. एक्युमिनाटाजीनोम जीनोम-व्यापी सर्व-बाय-सर्व परस्परसंवाद दर्शवितो.हाय-सी परस्परसंवादाची तीव्रता कॉन्टिग्जमधील रेषीय अंतराच्या प्रमाणात असते.या उष्णतेच्या नकाशावरील स्वच्छ सरळ रेषा गुणसूत्रांवर अत्यंत अचूक अँकरिंग दर्शवते.(कॉन्टिग अँकरिंग रेशो: 96.03%)
kang M et al.,निसर्ग संप्रेषण,2021
बीएमके केस
उच्च-गुणवत्तेची जीनोम असेंब्ली राई जीनोमिक वैशिष्ट्ये आणि कृषीदृष्ट्या महत्त्वपूर्ण जीन्स हायलाइट करते
प्रकाशित: नेचर जेनेटिक्स, २०२१
अनुक्रम धोरण:
जीनोम असेंब्ली: 20 kb लायब्ररीसह PacBio CLR मोड (497 Gb, अंदाजे 63×)
अनुक्रम सुधारणा: इलुमिना प्लॅटफॉर्मवर 270 bp DNA लायब्ररी (430 Gb, अंदाजे 54×) सह NGS
कॉन्टिग्स अँकरिंग: इलुमिना प्लॅटफॉर्मवर हाय-सी लायब्ररी (५६० जीबी, अंदाजे ७१×)
ऑप्टिकल नकाशा: Bionano Irys वर (779.55 Gb, अंदाजे 99×)
मुख्य परिणाम
1.वेनिंग राई जीनोमची एक असेंब्ली 7.74 Gb (प्रवाह सायटोमेट्रीद्वारे अंदाजे जीनोम आकाराच्या 98.74%) च्या एकूण जीनोम आकारासह प्रकाशित करण्यात आली.या असेंब्लीच्या स्कॅफोल्ड N50 ने 1.04 Gb गाठले.93.67% कॉन्टिग्स 7 स्यूडो-क्रोमोसोम्सवर यशस्वीरित्या अँकर करण्यात आले.या असेंब्लीचे लिंकेज मॅप, LAI आणि BUSCO द्वारे मूल्यमापन केले गेले, ज्यामुळे सर्व मूल्यांकनांमध्ये उच्च गुण मिळाले.
2. या जीनोमच्या आधारावर तुलनात्मक जीनोमिक्स, अनुवांशिक लिंकेज मॅप, ट्रान्सक्रिप्टॉमिक्सवरील पुढील अभ्यास करण्यात आला.जीनोम-व्यापी जीन डुप्लिकेशन्स आणि स्टार्च जैवसंश्लेषण जनुकांवर त्यांचा प्रभाव यासह वैशिष्ट्यांशी संबंधित जीनोमिक वैशिष्ट्यांची मालिका प्रकट झाली;कॉम्प्लेक्स प्रोलामिन लोकी, जीन एक्स्प्रेशन वैशिष्ट्ये अंतर्निहित प्रारंभिक शीर्षस्थानी वैशिष्ट्य आणि पोटेटिव्ह डोमेस्टिकेशन-संबंधित क्रोमोसोमल क्षेत्र आणि राई मधील लोकी.
 वेनिंग राई जीनोमच्या जीनोमिक वैशिष्ट्यांवरील सर्कस आकृती |  राई जीनोमचे उत्क्रांतीवादी आणि गुणसूत्र सिंटेनी विश्लेषण |
ली, जी., वांग, एल., यांग, जे.इत्यादी.उच्च-गुणवत्तेची जीनोम असेंब्ली राई जीनोमिक वैशिष्ट्ये आणि कृषीदृष्ट्या महत्त्वपूर्ण जीन्स हायलाइट करते.नॅट जेनेट ५३,५७४–५८४ (२०२१).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
