Die evolusionêre oorsprong en mak geskiedenis van goudvis (Carassius auratus)

GENOME EVOLUSIE

PNAS

Die evolusionêre oorsprong en mak geskiedenis van goudvis (Carassius auratus)

Hoogtepunte

1.Goudvis-genoom is opgedateer met 'n hoë-gehalte samestelling weergawe, wat 95.75% van contigs in 50 pseudochromosome geanker het (Scaffold N50=31.84 Mb).Twee subgenome is ontstrengel.

2.Genomiese streke van selektiewe vee tydens makmaak is geïdentifiseer uit hervolgorde van data van 201 individue, wat meer as 390 kandidaatgene onthul wat waarskynlik met makmaakeienskappe geassosieer word.

3.GWAS op dorsale vin in mak goudvisse het 378 kandidaatgene geopenbaar wat moontlik geassosieer word.'n Tirosien-proteïenkinase-verslaggewer is geïdentifiseer as 'n kandidaat-oorsaaklike geen wat met deursigtigheid geassosieer word

Agtergrond

Goudvis (Carassius auratus) is een van die belangrikste gekweekte visse, wat in antieke China van kruiskarp mak gemaak is.Hulle is deur Charles Darwin opgemerk as "As ons verby 'n byna oneindige kleurverskeidenheid gaan, ontmoet ons die mees buitengewone veranderinge van struktuur".Uiters diverse kenmerke en lang geskiedenis van makmaak en teling maak goudvis 'n uitstekende genetiese modelstelsel vir visfisiologie en -evolusie.

Prestasies

Goudvis genoom

Joint analise van PacBio en Illumina paar-end volgorde data lewer 'n aanvanklike 1.657 G konsep samestelling (Contig N50 = 474 Kb).Bionano optiese kaart is gegenereer en het die samestelling in 1.73 Gb groot (Geskatte genoomgrootte: 1.8 Gb) gekorrigeer.Hi-C-gebaseerde samestelling het steier N50 verder verbeter van 606 Kb tot 31,84 Mb en 95,75% (1,65 Gb) georiënteerde en geordende ankertempo behaal.Die genoom bestaan uit 56 251 koderende gene en 10 098 lang nie-koderende transkripsie.Boonop is 38 potensiële sentromere streke uit 50 chromosome voorspel.

Fig.1 Goue vis Genoom

Ttwee duidelike stelle subgenome is geïdentifiseer in die 50 goudvis-chromosome wat voortgespruit het uit 'n antieke verbastering gebeurtenis.Die stel chromosome met 'n hoër proporsie van lees wat in lyn is tussen goudvis en Barbinae is gedefinieer as subgenoom A (ChrA01~A25), dws subgenoom algemeen aan Barbinae, en die oorblyfsels as subgenoom B (ChrB01~B25).

Huishoudelike en selektiewe vee

Atotaal van 16 wilde tipe kruiskarpe en 185 verteenwoordigende goudvis variante was hervolgorde met 'n gemiddelde volgorde diepte van ongeveer 12.5X, wat 4.3 terabasisse data genereer.Filogenetiese rekonstruksie en PCA-analise het 'n nouer verband tussen gewone goudvis en kruiskarp bevestig as ander goudvis, wat laasgenoemde in twee afstammelinge verdeel het.

LD bederfanalise op bogenoemde vier subpopulasies het die bestaan van 'n populasie genetiese bottelnek tydens die makmaak en sterk kunsmatige seleksie in goudvis ondersteun.Toenemende genetiese diversiteit (π) van kruiskarp tot gewone goudvis verder tot Wen goudvis en eier goudvis het 'n beduidende opeenhoping van genetiese variasies tydens hul makmaak aangedui.50 selektiewe sweep genomiese streke wat 25.2 Mb en 946 gene dek, is geïdentifiseer uit verteenwoordigende data (33 goudvisse en 16 crucian crap).Met die uitbreiding van analise na 201 individue, het 393 gene streke van voltooide selektiewe vee aangedui.Hierdie gene is gevind met 'n lae diversiteit, wat waarskynlik bygedra het tot die fenotipes wat verband hou met belangrike huishoudelike eienskappe in goudvis.

Fig.3 Genoomwye huishouding-geassosieerde analise

GWAS op mak goudvis

Dmondvin is 'n sleutelkenmerk wat Wen goudvis van eier goudvis onderskei.GWAS van dorsale vin op 96 Wen-goudvisse en 87 Eiergoudvisse het 378 kandidaatgene geopenbaar wat oor 13 chromosome versprei is en 'n ongelyke verspreiding van hierdie gene tussen subgenome is waargeneem.Funksionele analise van hierdie kandidaatgene het biologiese prosesse uitgelig, insluitend "Seloppervlakreseptorsein", "Transmembraanvervoer", "Skeletale stelselontwikkeling", ens.

Fig.4 GWAS van rugvin op mak goudvis

In GWAS van deursigtige skaalverwante eienskappe, is 'n enkele sterk assosiasiepiek opgespoor.'n Geen wat vir 'n tirosien-proteïenkinase-reseptor kodeer, is in een van kandidaatstreke geïdentifiseer.

Fig.5 GWAS van deursigtige skaalverwante eienskappe

Verwysing

Chen D et al.Die evolusionêre oorsprong en makmaakgeskiedenis van goudvis (Carassius auratus).PNAS (2020)

Nuus poog om die nuutste suksesvolle gevalle met Biomarker Technologies te deel, nuwe wetenskaplike prestasies vas te lê sowel as prominente tegnieke wat tydens die studie toegepas is.

Postyd: Jan-04-2022