10x जीनोमिक्स व्हिजियम स्पेशियल ट्रान्सक्रिप्टोम
तांत्रिक योजना
वैशिष्ट्ये
● रिझोल्यूशन: 100 µM
● स्पॉट व्यास: 55 µM
● स्पॉट्सची संख्या: 4992
● कॅप्चर क्षेत्र: 6.5 x 6.5 मिमी
● प्रत्येक बारकोड केलेला स्पॉट 4 विभागांनी बनलेल्या प्राइमर्सने भरलेला असतो:
- एमआरएनए प्राइमिंग आणि सीडीएनए संश्लेषणासाठी पॉली(डीटी) शेपटी
- प्रवर्धन पूर्वाग्रह दुरुस्त करण्यासाठी अद्वितीय आण्विक ओळखकर्ता (UMI).
- अवकाशीय बारकोड
- आंशिक रीड 1 सिक्वेन्सिंग प्राइमरचा बंधनकारक क्रम
● H&E विभागांचे डाग
फायदे
●वन-स्टॉप सेवा: क्रायो-सेक्शनिंग, स्टेनिंग, टिश्यू ऑप्टिमायझेशन, अवकाशीय बारकोडिंग, लायब्ररीची तयारी, अनुक्रम आणि जैव सूचना विज्ञान यासह सर्व अनुभव आणि कौशल्य-आधारित पायऱ्या एकत्रित करते.
● उच्च-कुशल तांत्रिक संघ: मानव, उंदीर, सस्तन प्राणी, मासे आणि वनस्पतींसह 250 हून अधिक ऊतींचे प्रकार आणि 100+ प्रजातींचा अनुभव.
●संपूर्ण प्रकल्पावर रिअल-टाइम अपडेट: प्रायोगिक प्रगतीच्या पूर्ण नियंत्रणासह.
●व्यापक मानक बायोइन्फॉरमॅटिक्स:पॅकेजमध्ये 29 विश्लेषणे आणि 100+ उच्च-गुणवत्तेचे आकडे समाविष्ट आहेत.
●सानुकूलित डेटा विश्लेषण आणि व्हिज्युअलायझेशन: विविध संशोधन विनंत्यांसाठी उपलब्ध.
●सिंगल-सेल एमआरएनए सिक्वेन्सिंगसह वैकल्पिक संयुक्त विश्लेषण
तपशील
| नमुना आवश्यकता | लायब्ररी | अनुक्रम धोरण | डेटाची शिफारस केली आहे | गुणवत्ता नियंत्रण |
| OCT-एम्बेडेड क्रायो नमुने, FFPE नमुने (इष्टतम व्यास: अंदाजे 6x6x6 मिमी3) प्रति नमुना 3 ब्लॉक | 10X व्हिजियम सीडीएनए लायब्ररी | Illumina PE150 | प्रति स्पॉट 50K PE रीड (60Gb) | RIN>7 |
नमुना तयारी मार्गदर्शन आणि सेवा कार्यप्रवाह बद्दल अधिक तपशीलांसाठी, कृपया मोकळ्या मनाने अ शी बोलाBMKGENE तज्ञ
सेवा कार्यप्रवाह
नमुना तयार करण्याच्या टप्प्यात, उच्च-गुणवत्तेचा आरएनए मिळू शकतो याची खात्री करण्यासाठी प्रारंभिक मोठ्या प्रमाणात आरएनए निष्कर्षण चाचणी केली जाते. टिश्यू ऑप्टिमायझेशन स्टेजमध्ये विभाग डाग आणि दृश्यमान केले जातात आणि ऊतकांमधून mRNA सोडण्यासाठी पारगम्यीकरण परिस्थिती अनुकूल केली जाते. त्यानंतर लायब्ररीच्या बांधकामादरम्यान ऑप्टिमाइझ केलेला प्रोटोकॉल लागू केला जातो, त्यानंतर अनुक्रम आणि डेटा विश्लेषण केले जाते.
पूर्ण सेवा वर्कफ्लोमध्ये रिअल-टाइम अपडेट्स आणि क्लायंट पुष्टीकरणांचा समावेश असतो, ज्यामुळे प्रकल्पाची सुरळीत अंमलबजावणी सुनिश्चित होते.
खालील विश्लेषणाचा समावेश आहे:
डेटा गुणवत्ता नियंत्रण:
o डेटा आउटपुट आणि गुणवत्ता स्कोअर वितरण
o प्रति स्पॉट जनुक शोध
o टिश्यू कव्हरेज
आतील नमुना विश्लेषण:
o जनुक समृद्धता
o स्पॉट क्लस्टरिंग, कमी परिमाण विश्लेषणासह
o क्लस्टर्समधील विभेदक अभिव्यक्ती विश्लेषण: मार्कर जीन्सची ओळख
o कार्यात्मक भाष्य आणि मार्कर जनुकांचे संवर्धन
आंतर-समूह विश्लेषण
o दोन्ही नमुन्यांमधून स्पॉट्सचे पुन्हा संयोजन (उदा. रोगग्रस्त आणि नियंत्रण) आणि पुन्हा क्लस्टर
o प्रत्येक क्लस्टरसाठी मार्कर जनुकांची ओळख
o कार्यात्मक भाष्य आणि मार्कर जनुकांचे संवर्धन
o गटांमधील समान क्लस्टरची विभेदक अभिव्यक्ती
आतील नमुना विश्लेषण
स्पॉट क्लस्टरिंग
मार्कर जनुकांची ओळख आणि अवकाशीय वितरण
आंतर-समूह विश्लेषण
दोन्ही गट आणि री-क्लस्टरमधील डेटा संयोजन
नवीन क्लस्टर्सचे मार्कर जीन्स
या वैशिष्ट्यीकृत प्रकाशनांमध्ये 10X Visium द्वारे BMKGene च्या स्थानिक ट्रान्सक्रिप्टॉमिक्स सेवेद्वारे सुलभ केलेल्या प्रगतीचे अन्वेषण करा:
चेन, डी. आणि इतर. (2023) 'mthl1, सस्तन प्राणी आसंजन GPCRs चे संभाव्य ड्रोसोफिला होमोलोग, माशांमध्ये इंजेक्ट केलेल्या ऑन्कोजेनिक पेशींवर अँटीट्यूमर प्रतिक्रियांमध्ये सामील आहे',युनायटेड स्टेट्स ऑफ अमेरिकाच्या नॅशनल ॲकॅडमी ऑफ सायन्सेसची कार्यवाही, 120(30), p. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
चेन, वाय. वगैरे. (2023) 'STEEL स्पॅटिओटेम्पोरल ट्रान्सक्रिप्टोमिक डेटाचे उच्च-रिझोल्यूशन वर्णन सक्षम करते',बायोइन्फॉरमॅटिक्स मध्ये ब्रीफिंग, 24(2), pp. 1-10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
लिऊ, सी. आणि इतर. (2022) 'ऑर्किड फुलांच्या विकासात ऑर्गनोजेनेसिसचा एक स्पॅटिओटेम्पोरल ॲटलस',न्यूक्लिक ॲसिड संशोधन, 50(17), पृ. 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
वांग, जे. आणि इतर. (2023) 'इंटिग्रेटिंग स्पेशियल ट्रान्सक्रिप्टॉमिक्स आणि सिंगल-न्यूक्लियस आरएनए सिक्वेन्सिंग गर्भाशयाच्या लियोमायोमासाठी संभाव्य उपचारात्मक धोरणे प्रकट करते',इंटरनॅशनल जर्नल ऑफ बायोलॉजिकल सायन्सेस, 19(8), pp. 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
