16S/18S/ITS अँप्लिकॉन सिक्वेन्सिंग-एनजीएस
सेवा फायदे
● पर्यावरणीय नमुन्यांमधील सूक्ष्मजीवांच्या संरचनेची अलगाव-मुक्त आणि जलद ओळख
● पर्यावरणीय नमुन्यांमधील कमी-विपुल घटकांमध्ये उच्च रिझोल्यूशन
● डेटाबेस, भाष्य, OTU/ASV च्या दृष्टीने विविध विश्लेषणांसह नवीनतम QIIME2 विश्लेषण प्रवाह.
● उच्च-थ्रूपुट, उच्च अचूकता
● विविध सूक्ष्मजीव समुदाय अभ्यासांना लागू
● BMK कडे माती, पाणी, वायू, गाळ, विष्ठा, आतडे, त्वचा, किण्वन मटनाचा रस्सा, कीटक, वनस्पती इ. झाकून 100,000 हून अधिक नमुने/वर्षासोबत विस्तृत अनुभव आहे.
● BMKCloud 45 वैयक्तिक विश्लेषण साधने असलेले डेटा इंटरप्रिटेशन सुलभ करते
सेवा तपशील
| अनुक्रमप्लॅटफॉर्म | लायब्ररी | शिफारस केलेले डेटा उत्पन्न | अंदाजे टर्न-अराउंड वेळ |
| इलुमिना नोव्हासेक प्लॅटफॉर्म | PE250 | 50K/100K/300K टॅग | 30 दिवस |
बायोइन्फॉरमॅटिक्स विश्लेषण
● कच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
● OTU क्लस्टरिंग/डी-आवाज(ASV)
● OTU भाष्य
● अल्फा विविधता
● बीटा विविधता
● आंतर-समूह विश्लेषण
● प्रायोगिक घटकांविरुद्ध असोसिएशन विश्लेषण
● कार्य जनुक अंदाज
नमुना आवश्यकता आणि वितरण
नमुना आवश्यकता:
च्या साठीडीएनए अर्क:
| नमुना प्रकार | रक्कम | एकाग्रता | पवित्रता |
| डीएनए अर्क | > 30 एनजी | 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
पर्यावरणीय नमुन्यांसाठी:
| नमुना प्रकार | शिफारस केलेली नमुना प्रक्रिया |
| माती | नमुना रक्कम: अंदाजे.5 ग्रॅम;उरलेला वाळलेला पदार्थ पृष्ठभागावरून काढून टाकणे आवश्यक आहे;मोठे तुकडे बारीक करा आणि 2 मिमी फिल्टरमधून जा;आरक्षणासाठी निर्जंतुकीकरण EP-ट्यूब किंवा सायरोट्यूबमध्ये अलिकट नमुने. |
| विष्ठा | नमुना रक्कम: अंदाजे.5 ग्रॅम;आरक्षणासाठी निर्जंतुक EP-ट्यूब किंवा क्रायोट्यूबमध्ये अॅलिकोट नमुने गोळा करा. |
| आतड्यांसंबंधी सामग्री | अॅसेप्टिक स्थितीत नमुन्यांची प्रक्रिया करणे आवश्यक आहे.पीबीएससह गोळा केलेले ऊतक धुवा;पीबीएस सेंट्रीफ्यूज करा आणि EP-ट्यूबमध्ये प्रक्षेपक गोळा करा. |
| गाळ | नमुना रक्कम: अंदाजे.5 ग्रॅम;आरक्षणासाठी निर्जंतुक EP-ट्यूब किंवा क्रायोट्यूबमध्ये अलिकट गाळाचा नमुना गोळा करा |
| पाणवठा | नळाचे पाणी, विहिरीचे पाणी इत्यादीसारख्या मर्यादित प्रमाणात सूक्ष्मजीव असलेल्या नमुन्यासाठी, कमीतकमी 1 लिटर पाणी गोळा करा आणि पडद्यावरील सूक्ष्मजीव समृद्ध करण्यासाठी 0.22 μm फिल्टरमधून जा.पडदा निर्जंतुकीकरण ट्यूबमध्ये साठवा. |
| त्वचा | त्वचेच्या पृष्ठभागावर निर्जंतुकीकरण सूती घासून किंवा सर्जिकल ब्लेडने काळजीपूर्वक स्क्रॅप करा आणि ते निर्जंतुकीकरण ट्यूबमध्ये ठेवा. |
शिफारस केलेले नमुना वितरण
नमुने द्रव नायट्रोजनमध्ये 3-4 तासांसाठी गोठवा आणि द्रव नायट्रोजनमध्ये किंवा -80 अंश ते दीर्घकालीन आरक्षणामध्ये ठेवा.कोरड्या बर्फासह नमुना शिपिंग आवश्यक आहे.
सेवा कार्य प्रवाह
नमुना वितरण
ग्रंथालय बांधकाम
अनुक्रम
डेटा विश्लेषण
विक्रीनंतर सेवा
1. प्रजातींचे वितरण
2.उष्णता नकाशा: प्रजाती समृद्धता क्लस्टरिंग
3. दुर्मिळ दुफळी वक्र
4.NMDS विश्लेषण
5.Lefse विश्लेषण
बीएमके केस
टाइप 2 मधुमेह असलेल्या आणि नसलेल्या लठ्ठ व्यक्तींमध्ये आतड्यांतील सूक्ष्मजीवांची कार्यक्षम क्षमता आणि रचना वेगवेगळी असते.
प्रकाशित:सेल होस्ट आणि मायक्रोब, 2019
अनुक्रम धोरण:
दुबळे नसलेले मधुमेह (n=633);लठ्ठ नसलेला मधुमेह (n=494);लठ्ठ-प्रकार 2 मधुमेह (n=153);
लक्ष्य क्षेत्र: 16S rDNA V1-V2
प्लॅटफॉर्म: Illumina Miseq (NGS-आधारित amplicon अनुक्रम)
डीएनए अर्कांचा उपसंच इलुमिना हिसेकवर मेटाजेनॉमिक सिक्वेन्सिंगच्या अधीन होता
मुख्य परिणाम
या चयापचय रोगांचे सूक्ष्मजीव प्रोफाइलिंग यशस्वीरित्या वेगळे केले गेले.
16S सिक्वेन्सिंगद्वारे व्युत्पन्न केलेल्या सूक्ष्मजीव वैशिष्ट्यांची तुलना करून, लठ्ठपणा सूक्ष्मजीव रचना, वैयक्तिक वैशिष्ट्ये, विशेषत: अकरमॅनसिया, फॅकॅलिबॅक्टेरियम, ऑसिलिबॅक्टर, अॅलिस्टिप्स इ. मध्ये लक्षणीय घट यांच्याशी संबंधित असल्याचे आढळून आले. याव्यतिरिक्त, T2D Escherichia/shigella वाढीशी संबंधित असल्याचे आढळले. .
संदर्भ
थिंगहोम, LB , et al."टाइप 2 मधुमेह असलेल्या आणि त्याशिवाय लठ्ठ व्यक्ती वेगवेगळ्या आतड्यांसंबंधी सूक्ष्मजीव कार्यक्षम क्षमता आणि रचना दर्शवतात."सेल होस्ट आणि सूक्ष्मजीव26.2 (2019).
