-
मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिंग -एनजीएस
मेटाजेनोम म्हणजे पर्यावरणीय मेटाजेनोम, मानवी मेटाजेनोम इ. अशा मिश्रित जीवांच्या एकूण अनुवांशिक सामग्रीचा संग्रह आहे. यामध्ये लागवडीयोग्य आणि लागवडीयोग्य नसलेल्या सूक्ष्मजीवांचे जीनोम असतात.मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिंग हे एक आण्विक साधन आहे जे पर्यावरणीय नमुन्यांमधून काढलेल्या मिश्रित जीनोमिक सामग्रीचे विश्लेषण करण्यासाठी वापरले जाते, जे प्रजाती विविधता आणि विपुलता, लोकसंख्येची रचना, फायलोजेनेटिक संबंध, कार्यात्मक जीन्स आणि पर्यावरणीय घटकांसह परस्परसंबंध नेटवर्कची तपशीलवार माहिती प्रदान करते.
प्लॅटफॉर्म:इलुमिना नोव्हासेक प्लॅटफॉर्म
-
मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिंग-नॅनोपोर
मेटाजेनॉमिक्स हे एक आण्विक साधन आहे जे पर्यावरणीय नमुन्यांमधून काढलेल्या मिश्रित जीनोमिक सामग्रीचे विश्लेषण करण्यासाठी वापरले जाते, जे प्रजाती विविधता आणि विपुलता, लोकसंख्येची रचना, फायलोजेनेटिक संबंध, कार्यात्मक जीन्स आणि पर्यावरणीय घटकांसह सहसंबंध नेटवर्क इत्यादींची तपशीलवार माहिती प्रदान करते. नॅनोपोर सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्मने अलीकडेच सादर केले आहे. मेटाजेनोमिक अभ्यासासाठी.वाचन लांबीमध्ये त्याची उत्कृष्ट कामगिरी मोठ्या प्रमाणात डाउन स्ट्रीम मेटाजेनोमिक विश्लेषण, विशेषत: मेटाजेनोम असेंब्ली वाढवते.वाचन-लांबीचा फायदा घेऊन, नॅनोपोर-आधारित मेटाजेनोमिक अभ्यास शॉट-गन मेटाजेनोमिक्सच्या तुलनेत अधिक सतत असेंब्ली प्राप्त करण्यास सक्षम आहे.हे प्रकाशित झाले आहे की नॅनोपोर-आधारित मेटाजेनोमिक्सने मायक्रोबायोम्स (मॉस, ईएल, इ. अल.नेचर बायोटेक, 2020)
प्लॅटफॉर्म:नॅनोपोर प्रोमेथिओन P48
-
16S/18S/ITS अँप्लिकॉन सिक्वेन्सिंग-PacBio
16S आणि 18S rRNA वरील सबयुनिट ज्यामध्ये उच्च संरक्षित आणि हायपर-व्हेरिएबल दोन्ही प्रदेश आहेत हे प्रोकेरियोटिक आणि युकेरियोटिक जीव ओळखण्यासाठी एक परिपूर्ण आण्विक फिंगरप्रिंट आहे.सिक्वेन्सिंगचा फायदा घेऊन, हे अॅम्प्लिकॉन संरक्षित भागांच्या आधारे लक्ष्यित केले जाऊ शकतात आणि सूक्ष्मजीव ओळखण्यासाठी हायपर-व्हेरिएबल क्षेत्र पूर्णपणे वैशिष्ट्यीकृत केले जाऊ शकतात जे सूक्ष्मजीव विविधता विश्लेषण, वर्गीकरण, फायलोजेनी इत्यादींचा समावेश असलेल्या अभ्यासांमध्ये योगदान देतात. सिंगल-मॉलिक्युल रिअल-टाइम(SMRT) ) PacBio प्लॅटफॉर्मचे अनुक्रम अत्यंत अचूक लांब रीड्स प्राप्त करण्यास सक्षम करते, जे पूर्ण-लांबीचे amplicons (अंदाजे 1.5 Kb) कव्हर करू शकते.अनुवांशिक क्षेत्राच्या विस्तृत दृश्यामुळे जीवाणू किंवा बुरशी समुदायातील प्रजाती भाष्यातील रिझोल्यूशन मोठ्या प्रमाणात वाढले.
प्लॅटफॉर्म:PacBio सिक्वेल II
-
16S/18S/ITS अँप्लिकॉन सिक्वेन्सिंग-एनजीएस
16S/18S/ITS अॅम्प्लिकॉन सिक्वेन्सिंगचा उद्देश मायक्रोबियल समुदायामध्ये फिलोजेनी, वर्गीकरण आणि प्रजातींचे विपुलता प्रकट करणे हे हाऊसकीपिंग अनुवांशिक मार्करच्या पीसीआर उत्पादनांची तपासणी करून आहे ज्यामध्ये उच्च संभाषण आणि हायपरव्हेरिएबल दोन्ही भाग असतात.Woeses et al, (1977) द्वारे या परिपूर्ण आण्विक फिंगरप्रिंटचा परिचय आयसोलेशन-फ्री मायक्रोबायोम प्रोफाइलिंगला सामर्थ्य देते.16S (बॅक्टेरिया), 18S (बुरशी) आणि अंतर्गत लिप्यंतरित स्पेसर (ITS, बुरशी) च्या अनुक्रमाने मुबलक प्रजाती तसेच दुर्मिळ आणि अनोळखी प्रजाती दोन्ही ओळखता येतात.हे तंत्रज्ञान मानवी तोंड, आतडे, विष्ठा इत्यादी विविध वातावरणात विभेदक सूक्ष्मजीव रचना ओळखण्यासाठी मोठ्या प्रमाणावर लागू केलेले आणि प्रमुख साधन बनले आहे.
प्लॅटफॉर्म:इलुमिना नोव्हासेक प्लॅटफॉर्म
-
जिवाणू आणि बुरशीजन्य संपूर्ण जीनोम री-सिक्वेंसिंग
ज्ञात जीवाणू आणि बुरशीचे जीनोम पूर्ण करण्यासाठी, तसेच अनेक जीनोमची तुलना करण्यासाठी किंवा नवीन जीवांचे जीनोम मॅप करण्यासाठी बॅक्टेरिया आणि बुरशीजन्य संपूर्ण जीनोम री-सिक्वेंसिंग हे एक महत्त्वपूर्ण साधन आहे.अचूक संदर्भ जीनोम तयार करण्यासाठी, सूक्ष्मजीव ओळखण्यासाठी आणि इतर तुलनात्मक जीनोम अभ्यास करण्यासाठी जीवाणू आणि बुरशीचे संपूर्ण जीनोम अनुक्रमित करणे खूप महत्वाचे आहे.
प्लॅटफॉर्म: इलुमिना नोव्हासेक प्लॅटफॉर्म
-
मेटाट्रान्सक्रिप्टोम सिक्वेन्सिंग
मेटाट्रान्सक्रिप्टोम सिक्वेन्सिंग नैसर्गिक वातावरणात (जसे की माती, पाणी, समुद्र, विष्ठा आणि आतडे.) सूक्ष्मजंतू (युकेरियोट्स आणि प्रोकेरियोट्स दोन्ही) च्या जनुक अभिव्यक्तीची ओळख पटवते. विशेषत: या सेवा आपल्याला जटिल सूक्ष्मजीव समुदायांचे संपूर्ण जीन अभिव्यक्ती प्रोफाइलिंग प्राप्त करण्यास अनुमती देते, वर्गीकरणानुसार. प्रजातींचे, वेगळ्या पद्धतीने व्यक्त केलेल्या जनुकांचे कार्यात्मक संवर्धन विश्लेषण आणि बरेच काही.
प्लॅटफॉर्म: Illumina NovaSeq प्लॅटफॉर्म
-
बुरशीजन्य जीनोम
बायोमार्कर तंत्रज्ञान जीनोम सर्वेक्षण, सूक्ष्म जीनोम आणि बुरशीचे पेन-पूर्ण जीनोम विशिष्ट संशोधनाच्या उद्दिष्टावर अवलंबून प्रदान करते.उच्च-स्तरीय जीनोम असेंब्ली साध्य करण्यासाठी नेक्स्ट-जनरेशन सिक्वेन्सिंग + थर्ड जनरेशन सिक्वेन्सिंग एकत्र करून जीनोम सिक्वेन्सिंग, असेंबली आणि फंक्शनल एनोटेशन मिळवता येते.गुणसूत्र स्तरावर जीनोम असेंबली सुलभ करण्यासाठी हाय-सी तंत्रज्ञान देखील वापरले जाऊ शकते.
प्लॅटफॉर्म:PacBio सिक्वेल II
नॅनोपोर प्रोमेथिओन P48
इलुमिना नोव्हासेक प्लॅटफॉर्म
-
बॅक्टेरिया पूर्ण जीनोम
बायोमार्कर टेक्नॉलॉजीज शून्य अंतरासह जीवाणूंचे संपूर्ण जीनोम तयार करण्यासाठी अनुक्रम सेवा प्रदान करते.बॅक्टेरिया पूर्ण जीनोम बांधणीच्या मुख्य कार्यप्रवाहामध्ये तृतीय पिढीचे अनुक्रम, असेंबली, कार्यात्मक भाष्य आणि विशिष्ट संशोधन उद्दिष्टे पूर्ण करणारे प्रगत जैव सूचनात्मक विश्लेषण यांचा समावेश होतो.बॅक्टेरिया जीनोमचे अधिक व्यापक प्रोफाइलिंग त्यांच्या जैविक प्रक्रियांच्या अंतर्निहित मूलभूत यंत्रणेचे प्रकटीकरण करण्यास सक्षम करते, जे उच्च युकेरियोटिक प्रजातींमध्ये जीनोमिक संशोधनासाठी मौल्यवान संदर्भ देखील प्रदान करू शकते.
प्लॅटफॉर्म:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq प्लॅटफॉर्म
PacBio सिक्वेल II
