EVOLUZIONE GENOME
PNAS
L'origine évolutive et l'histoire de la domestication du poisson rouge (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Bionano Genome Map |Assemblea Genomu Hi-C |Mappa Genetica |GWAS |RNA-Seq
Highlights
1.Goldfish genome hè statu aghjurnatu cù una versione assemblea high-di qualità, ancoraring 95.75% di contigs in 50 pseudochromosomes (Scaffold N50 = 31.84 Mb).Dui subgenomi sò stati sbulicati.
2.Genomic regions of sweeps selective during domestication sò stati identificati da resequencing data di 201 individui, unveiling over 390 candidate genes chì sò prubabilmente assuciati cù tratti domestication.
3.GWAS nantu à l'aletta dorsale in goldfish domesticati hà revelatu 378 genes candidati chì potenzalmentu assuciatu.Un reporter di tirosina-proteina kinase hè statu identificatu cum'è un gene causale candidatu assuciatu à a trasparenza.
Sfondate
U Goldfish (Carassius auratus) hè unu di i pesci d'allevamentu più impurtanti, chì sò stati domesticati da a carpa crucian in l'antica Cina.Eranu cummentati da Charles Darwin cum'è "Passendu una diversità quasi infinita di culore, scuntràmu cù e mudificazioni più straordinarie di a struttura".E caratteristiche estremamente diverse è una longa storia di domesticazione è di ripruduzzione facenu di u pesciu d'oru un sistema di mudellu geneticu eccellente per a fisiologia è l'evoluzione di i pesci.
Rializazioni
Genomu di pesci rossi
Janalisi oint di PacBio è Illumina pair-end sequencing dati rende un iniziale 1.657 G draft assemblea (Contig N50 = 474 Kb).A mappa ottica Bionano hè stata generata è corretta l'assemblea in 1.73 Gb in size (Stima stimata di u genoma: 1.8 Gb).L'assemblea basata in Hi-C hà ancu migliuratu u scaffold N50 da 606 Kb à 31.84 Mb è hà ottinutu u 95.75% (1.65 Gb) orientatu è urdinatu a tarifa di ancoraggio.U genoma comprende 56 251 geni codificanti è 10 098 trascritti non codificanti longu.Inoltre, 38 regioni centromeriche potenziali sò state previste da 50 cromusomi.
Fig.1 Genomu di pesci d'oru
TDui setti chjaru di subgenomi sò stati identificati in i 50 cromusomi di pesci d'oru chì risultanu da un anticu avvenimentu di hibridazione.L'inseme di cromusomi cù una proporzione più alta di letture allineati trà i pesci rossi è Barbinae sò stati definiti cum'è sottogenoma A (ChrA01 ~ A25), vale à dì u sottugenomu cumuni à Barbinae, è i restanti cum'è subgenome B (ChrB01 ~ B25).
Domesticazione è sweeps selettivi
Atotale di 16 carpe crucian di tipu salvaticu è 185 varianti rapprisentanti di pesci rossi sò stati resequence cù una prufundità di sequenza media di circa 12.5X, generando 4.3 terabases di dati.A ricustruzzione filogenetica è l'analisi PCA anu cunfirmatu una relazione più stretta trà u pesciu rossu cumuni è a carpa crucian chì l'altri pesci rossi, chì l'ultimi divisu in dui lignaggi.
LL'analisi di decadenza di D sopra quattru subpopulazioni sustene l'esistenza di un collu geneticu di a pupulazione durante a domesticazione è una forte selezzione artificiale in pesci d'oru.L'augmentation de la diversité génétique (π) de la carpe carasienne au poisson rouge commun en plus du poisson rouge de Wen et du poisson rouge d'œuf a indiqué une accumulation significative de variations génétiques au cours de leur domestication.50 regioni genomiche di spazzatura selettiva chì coprenu 25,2 Mb è 946 geni sò stati identificati da dati rapprisentanti (33 goldfish è 16 crap crucian).Espansione di l'analisi à 201 individui, 393 geni indicanu regioni di spazzatura selettiva cumpleta.Questi geni sò stati trovati di bassa diversità, chì sò prubabilmente cuntribuiti à i fenotipi assuciati à i tratti di domesticazione maiò in goldfish.
Fig.3 Analisi assuciata à a domesticazione in tuttu u genoma
GWAS nantu à i pesci rossi domesticati
DL'aletta orsale hè una caratteristica chjave chì distingue u pesciu rossu Wen da u pesciu rossu Egg.GWAS di pinna dorsale nantu à 96 Wen goldfish è 87 Egg goldfish hà revelatu 378 geni candidati sparsi in 13 cromusomi è una distribuzione ineguale di questi geni trà i subgenomi hè stata osservata.L'analisi funzionale nantu à questi geni candidati hà evidenziatu i prucessi biologichi cumpresi "Segnale di u receptore di a superficia cellulare", "Trasportu transmembrana", "Sviluppu di u sistema scheletrico", etc.
Fig.4 GWAS di pinna dorsale nantu à i pesci rossi domesticati
In GWAS di tratti trasparenti in scala, hè stata rilevata una sola forte associazione.Un genu chì codifica un receptore di tirosina-proteina kinase hè statu identificatu in una di e regioni candidate.
Fig.5 GWAS di tratti trasparenti di scala
Riferimentu
Cgallina D et al.L'origine évolutive et l'histoire de la domestication du poisson rouge (Carassius auratus).PNAS (2020)
News hà u scopu di sparta l'ultimi casi di successu cù Biomarker Technologies, catturà novi successi scientifichi è tecniche prominenti applicate durante u studiu.
Tempu di Postu: 04-Jan-2022